3dyf

T. Brucei Farnesyl Diphosphate Synthase Complexed with Bisphosphonate BPH-461 and Isopentyl Diphosphate

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FARNESYL PYROPHOSPHATE SYNTHASE

Trypanosoma brucei

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	MAGNESIUM ION × 6 ACETATE ION × 1 3-FLUORO-1-(2-HYDROXY-2,2-DIPHOSPHONOETHYL)PYRIDINIUM × 2 ISOPENTYL PYROPHOSPHATE × 2 (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 BETA-MERCAPTOETHANOL × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q86C09_9TRYP
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 24–390； UniProt 1–367 作者链 B； PDB构建体 24–390； UniProt 1–367

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3dyf
沉积日期 deposition_date	2008-07-27
结构标题 title	T. Brucei Farnesyl Diphosphate Synthase Complexed with Bisphosphonate BPH-461 and Isopentyl Diphosphate
关键词 keywords	PROTEIN-BISPHOSPHONATE COMPLEX, Isoprene biosynthesis, Transferase; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3dyf__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3dyf__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3dyf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.13 Å
Rg（电子密度）	26.27 Å
总 Rg	27.00 Å
原子数	5819
残基数	715
排除体积	104030 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3dyf__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	FARNESYL PYROPHOSPHATE SYNTHASE
分子量 formula_weight	44475.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.5.1.10
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6117

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMASMPMQMFMQVYDEIQMFLLEELELKFDMDPNRVRYLRKMMDTTCLGGKYNRGLTVIDVAESLLSLSPNNNGEEDDGARRKRVLHDACVCGWMIEFLQAHYLVEDDIMDNSVTRRGKPCWYRHPDVTVQCAINDGLLLKSWTHMMAMHFFADRPFLQDLLCRFNRVDYTTAVGQLYDVTSMFDSNKLDPDVSQPTTTDFAEFTLSNYKRIVKYKTAYYTYLLPLVMGLIVSEALPTVDMGVTEELAMLMGEYFQVQDDVMDCFTPPERLGKVGTDIQDAKCSWLAVTFLAKASSAQVAEFKANYGSGDSEKVATVRRLYEEADLQGDYVAYEAAVAEQVKELIEKLRLCSPGFAASVETLWGKTYKRQK

来源 Source

来源生物 organism	Trypanosoma brucei
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5691
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	3-FLUORO-1-(2-HYDROXY-2,2-DIPHOSPHONOETHYL)PYRIDINIUM
分子量 formula_weight	302.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ISOPENTYL PYROPHOSPHATE
分子量 formula_weight	248.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	BETA-MERCAPTOETHANOL
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	298

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3dyfa_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.128 — Terpenoid synthases
超家族 Superfamily superfamily	a.128.1 — Terpenoid synthases
家族 Family family	a.128.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3dyfb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.128 — Terpenoid synthases
超家族 Superfamily superfamily	a.128.1 — Terpenoid synthases
家族 Family family	a.128.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3dyfA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	600 — Farnesyl Diphosphate Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Farnesyl Diphosphate Synthase

结构域编号 domain_id	3dyfB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	600 — Farnesyl Diphosphate Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Farnesyl Diphosphate Synthase

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晶胞边长 a length_a	133.939 Å
晶胞边长 b length_b	117.898 Å
晶胞边长 c length_c	63.274 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	111.27 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.650 Å
最低分辨率 resolution_low	29.480 Å
R 因子 r_factor	0.2010
R_work r_work	0.2010
R_free r_free	0.2680

T. Brucei Farnesyl Diphosphate Synthase Complexed with Bisphosphonate BPH-461 and Isopentyl Diphosphate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FARNESYL PYROPHOSPHATE SYNTHASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3dyf__assembly_1__model_1

3dyf__assembly_1__model_1 | I(q)

3dyf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

T. Brucei Farnesyl Diphosphate Synthase Complexed with Bisphosphonate BPH-461 and Isopentyl Diphosphate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FARNESYL PYROPHOSPHATE SYNTHASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3dyf__assembly_1__model_1

3dyf__assembly_1__model_1 | I(q)

3dyf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)