SAXSdb — 3e0d

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase III subunit alpha

Thermus aquaticus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 2	DNA substrate template strand × 1 DNA substrate primer strand × 1 CALCIUM ION × 1 ;2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE ; × 1	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 2	DNA substrate template strand × 1 DNA substrate primer strand × 1 CALCIUM ION × 1 ;2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE ; × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPO3A_THEAQ
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1220； UniProt 1–1220 作者链 B； PDB构建体 1–1220； UniProt 1–1220

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3e0d
沉积日期 deposition_date	2008-07-31
结构标题 title	Insights into the Replisome from the Crystral Structure of the Ternary Complex of the Eubacterial DNA Polymerase III alpha-subunit
关键词 keywords	;OB fold, nucleotidyl transferase, polymerase, beta barrel, Cytoplasm, DNA replication, DNA-directed DNA polymerase, Nucleotidyltransferase, Transferase, TRANSFERASE-DNA COMPLEX ;; TRANSFERASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3e0d__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3e0d__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3e0d__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	36.43 Å
Rg（电子密度）	36.38 Å
总 Rg	36.69 Å
原子数	9991
残基数	1186
排除体积	175600 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3e0d__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3e0d__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA substrate template strand
分子量 formula_weight	8287.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,E
原子数 atom_count	19982

TTTTTTGTGGCACTGGCCGTCGTTTCG

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA substrate primer strand
分子量 formula_weight	6411.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D,F

CGAAACGACGGCCAGTGCCAC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA polymerase III subunit alpha
分子量 formula_weight	137614.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7
突变 mutation	D20N, D212N, I539F, Q540E, V541A, V542E
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

MGSKLKFAHLHQHTQFSLLNGAAKLQDLLKWVKETTPEDPALAMTDHGNLFGAVEFYKKATAMGVKPIIGYEAYVAAESRFDRKRGKGLDGGYFHLTLLAKDFTGYQNLVRLASRAYLEGFYEKPRIDREILREHAQGLIALSGCLGAEIPQFILQDRLDLAEARLNEDLSIFGDRFFIEIQNHGLPEQKKVNQVLKEFARKYGLGMVATNNGHYVRKEDARAHEVLLAIQSKTTLDDPERWRFPCDEFYVKTPEEMRAMLPEAEWGDEPFDNTVEIARMCDVDLPIGDKMVYRIPRFPLPEGRTEAQYLRELTFLGLLRRYPDRITEAFYREVLRLLGTMPPHGDERALAEALARVEEKAWEELRKRLPPLEGVREWTAEAILHRALYELSVIERMGFPGYFLIVQDYINWARGHGVSVGPGRGSAAGSLVAYAVGITNIDPLRFGLLFERFLNPERVSMPDIDTDFSDRERDRVIQYVRERYGEDKVAQIGTFGSLASKAALKDVARVYGIPHKKAEELAKLIPVQFGKPKPLQEAFEAEPELRAEMEKDERIRQVIEVAMRLEGLNRHASVHAAGVVIAAEPLTDLVPLMRDQEGRPVTQYDMGAVEALGLLKMDFLGLRTLTFLDEARRIVKESKGVELDYDRLPLDDPKTFELLSRGETKGVFQLESGGMTATVRGLKPRRLEDIIALVSLYRPGPMEHIPTYIRRHHGQEPVSYAEFPHAEKYLRPILDETYGIPVYQEQIMQIASQVAGYSLGEADLLRRAMGKKRVEEMQKHRERFVRGAKERGVPEEEANRLFDMLEAFANYGFNKSHAAAYSLLSYQTAYVKAHYPVEFMAALLSVERHDSDKVAEYIRDARALGIPVLPPDVNRSGFDFKVVGEEILFGLSAVKNVGEMAARAILEERERGGPFKSLGDFLKRLPEQVVNKRALESLVKAGALDAFGDRARLLASLEPLLRWAAETRERGRSGLVGLFAEVEEPPLVEASPLDEITMLRYEKEALGIYVSGHPVLRYPGLREVASCTIEELSEFVRELPGKPKVLLSGMVEEVVRKPTRSGGMMARFTLSDETGALEVVVFGRAYEGVSPKLKEDIPLLVLAEVEKGEELRVLAQAVWTLEEVLEAPKALEVEVDHALLDEKGVARLKSLLDEHPGSLPVYLRVLGPFGEALFALREVRVGEEALGLLEAEGYRAYLVPDREVFLQGNGGGPKEEVVPF

来源 Source

来源生物 organism	Thermus aquaticus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	271
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	;2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE ;
分子量 formula_weight	491.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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晶胞边长 a length_a	149.546 Å
晶胞边长 b length_b	149.546 Å
晶胞边长 c length_c	163.338 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41
空间群编号 int_tables_number	76
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.600 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2870
R_free r_free	0.2710

Insights into the Replisome from the Crystral Structure of the Ternary Complex of the Eubacterial DNA Polymerase III alpha-subunit

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase III subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3e0d__assembly_1__model_1

3e0d__assembly_1__model_1 | I(q)

3e0d__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Insights into the Replisome from the Crystral Structure of the Ternary Complex of the Eubacterial DNA Polymerase III alpha-subunit

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase III subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3e0d__assembly_1__model_1

3e0d__assembly_1__model_1 | I(q)

3e0d__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)