3e0j

X-ray structure of the complex of regulatory subunits of human DNA polymerase delta

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase subunit delta-2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	DNA polymerase subunit delta-3 × 1 （Q15054） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	DNA polymerase subunit delta-3 × 1 （Q15054） water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	DNA polymerase subunit delta-3 × 1 （Q15054） water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	DNA polymerase subunit delta-3 × 1 （Q15054） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPOD2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 8–476； UniProt 1–469 作者链 C； PDB构建体 8–476； UniProt 1–469 作者链 E； PDB构建体 8–476； UniProt 1–469 作者链 G； PDB构建体 8–476； UniProt 1–469

DNA polymerase subunit delta-3

Homo sapiens

UniProt Q15054

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	DNA polymerase subunit delta-2 × 1 （P49005） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	DNA polymerase subunit delta-2 × 1 （P49005） water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	DNA polymerase subunit delta-2 × 1 （P49005） water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	DNA polymerase subunit delta-2 × 1 （P49005） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPOD3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–144； UniProt 1–144 作者链 D； PDB构建体 1–144； UniProt 1–144 作者链 F； PDB构建体 1–144； UniProt 1–144 作者链 H； PDB构建体 1–144； UniProt 1–144

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3e0j
沉积日期 deposition_date	2008-07-31
结构标题 title	X-ray structure of the complex of regulatory subunits of human DNA polymerase delta
关键词 keywords	;DNA Polymerase Delta, p66 subunit, p50 subunit, human, DNA replication, DNA-directed DNA polymerase, Nucleotidyltransferase, Nucleus, Polymorphism, Transferase, Phosphoprotein ;; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3e0j__assembly_4__model_1

Assembly 4 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3e0j__assembly_4__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3e0j__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.85 Å
Rg（电子密度）	27.42 Å
总 Rg	28.04 Å
原子数	4316
残基数	559
排除体积	76971 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3e0j__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3e0j__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3e0j__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3e0j__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA polymerase subunit delta-2
分子量 formula_weight	52224.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	17153

HHHHHHGMFSEQAAQRAHTLLSPPSANNATFARVPVATYTNSSQPFRLGERSFSRQYAHIYATRLIQMRPFLENRAQQHWGSGVGVKKLCELQPEEKCCVVGTLFKAMPLQPSILREVSEEHNLLPQPPRSKYIHPDDELVLEDELQRIKLKGTIDVSKLVTGTVLAVFGSVRDDGKFLVEDYCFADLAPQKPAPPLDTDRFVLLVSGLGLGGGGGESLLGTQLLVDVVTGQLGDEGEQCSAAHVSRVILAGNLLSHSTQSRDSINKAKYLTKKTQAASVEAVKMLDEILLQLSASVPVDVMPGEFDPTNYTLPQQPLHPCMFPLATAYSTLQLVTNPYQATIDGVRFLGTSGQNVSDIFRYSSMEDHLEILEWTLRVRHISPTAPDTLGCYPFYKTDPFIFPECPHVYFCGNTPSFGSKIIRGPEDQTVLLVTVPDFSATQTACLVNLRSLACQPISFSGFGAEDDDLGGLGLGP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA polymerase subunit delta-3
分子量 formula_weight	16233.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

MADQLYLENIDEFVTDQNKIVTYKWLSYTLGVHVNQAKQMLYDYVERKRKENSGAQLHVTYLVSGSLIQNGHSCHKVAVVREDKLEAVKSKLAVTASIHVYSIQKAMLKDSGPLFNTDYDILKSNLQNCSKFSAIQCAAAVPRA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	61

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	3e0jA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	3e0jA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	430 —

结构域编号 domain_id	3e0jB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1030 — 50s Ribosomal Protein L17; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — DNA polymerase delta, p66 (Cdc27) subunit, wHTH domain

结构域编号 domain_id	3e0jC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	3e0jC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	430 —

结构域编号 domain_id	3e0jD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1030 — 50s Ribosomal Protein L17; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — DNA polymerase delta, p66 (Cdc27) subunit, wHTH domain

结构域编号 domain_id	3e0jE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	3e0jE02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	430 —

结构域编号 domain_id	3e0jF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1030 — 50s Ribosomal Protein L17; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — DNA polymerase delta, p66 (Cdc27) subunit, wHTH domain

结构域编号 domain_id	3e0jG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	3e0jG02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	430 —

结构域编号 domain_id	3e0jH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1030 — 50s Ribosomal Protein L17; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — DNA polymerase delta, p66 (Cdc27) subunit, wHTH domain

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晶胞边长 a length_a	95.128 Å
晶胞边长 b length_b	248.535 Å
晶胞边长 c length_c	103.461 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	106.94 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	29.890 Å
R 因子 r_factor	0.2570
R_work r_work	0.2570
R_free r_free	0.2810

X-ray structure of the complex of regulatory subunits of human DNA polymerase delta

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase subunit delta-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA polymerase subunit delta-3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3e0j__assembly_4__model_1

3e0j__assembly_4__model_1 | I(q)

3e0j__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (2)

X-ray structure of the complex of regulatory subunits of human DNA polymerase delta

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase subunit delta-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA polymerase subunit delta-3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3e0j__assembly_4__model_1

3e0j__assembly_4__model_1 | I(q)

3e0j__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (2)