3e1m

Crystal structure of E. coli Bacterioferritin (BFR) obtained after soaking APO-BFR crystals for 2.5 minutes in FE2+ (2.5M FE(II)-BFR)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 131.8 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BACTERIOFERRITIN

ESCHERICHIA COLI

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–158 链 B； UniProt 1–158 链 C； UniProt 1–158 链 D； UniProt 1–158 链 E； UniProt 1–158 链 F； UniProt 1–158 链 G； UniProt 1–158 链 H； UniProt 1–158 链 I； UniProt 1–158 链 J； UniProt 1–158 链 K； UniProt 1–158 链 L； UniProt 1–158	未记录	SO4 SULFATE ION × 32 FE2 FE (II) ION × 72 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；298 K；1.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M TRI- SODIUM CITRATE PH 5.0. SUBSEQUENTLY, APO-BFR CRYSTALS WERE SOAKED IN A CRYOPROTECTANCT CONTAINING FE2+ AND BUFFERED USING MOPS PH 7 IN PLACE OF CITRATE PH 5. EXPOSURE TO IRON WAS LIMITED TO 2.5 MINUTES BEFORE FLASH FREEZING IN LIQUID NITROGEN. SEE PAPER FOR FULL DETAILS., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 5.00	分辨率 2.70 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3E1M	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BCF THE STRUCTURE OF A UNIQUE, TWO-FOLD SYMMETRIC, HAEM-BINDING SITE 提交 1993-12-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–158（158 aa）链 B 1–158（158 aa）链 C 1–158（158 aa）链 D 1–158（158 aa）链 E 1–158（158 aa）链 F 1–158（158 aa）链 G 1–158（158 aa）链 H 1–158（158 aa）链 I 1–158（158 aa）链 J 1–158（158 aa）链 K 1–158（158 aa）链 L 1–158（158 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 48 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 12	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.90 Å
1BFR IRON STORAGE AND ELECTRON TRANSPORT 提交 1994-12-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–158（158 aa）链 B 1–158（158 aa）链 C 1–158（158 aa）链 D 1–158（158 aa）链 E 1–158（158 aa）链 F 1–158（158 aa）链 G 1–158（158 aa）链 H 1–158（158 aa）链 I 1–158（158 aa）链 J 1–158（158 aa）链 K 1–158（158 aa）链 L 1–158（158 aa）链 M 1–158（158 aa）链 N 1–158（158 aa）链 O 1–158（158 aa）链 P 1–158（158 aa）链 Q 1–158（158 aa）链 R 1–158（158 aa）链 S 1–158（158 aa）链 T 1–158（158 aa）链 U 1–158（158 aa）链 V 1–158（158 aa）链 W 1–158（158 aa）链 X 1–158（158 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 48 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 THIS MONOCLINIC CRYSTAL WAS GROWN FROM A SOLUTION OF THE PROTEIN IN DISTILLED WATER BY THE ADDITION OF MN*CL2.	分辨率 2.94 Å
2HTN E. coli bacterioferritin in its as-isolated form 提交 2006-07-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–158（158 aa）链 B 1–158（158 aa）链 C 1–158（158 aa）链 D 1–158（158 aa）链 E 1–158（158 aa）链 F 1–158（158 aa）链 G 1–158（158 aa）链 H 1–158（158 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 48 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；30% (v/v) PEG400, 0.2M MGCl2, 0.1 M Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.188
2VXI The binding of heme and zinc in Escherichia coli Bacterioferritin 提交 2008-07-04	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–158（158 aa）链 B 1–158（158 aa）链 C 1–158（158 aa）链 D 1–158（158 aa）链 E 1–158（158 aa）链 F 1–158（158 aa）链 G 1–158（158 aa）链 H 1–158（158 aa）链 I 1–158（158 aa）链 J 1–158（158 aa）链 K 1–158（158 aa）链 L 1–158（158 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 24 ZN ZINC ION × 48 SO4 SULFATE ION × 58	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；60% AMSO4, 20MM TRIS-HCL PH7.5, 0.1M NACL	分辨率 1.91 Å R-free 0.216
2Y3Q 1.55A structure of apo bacterioferritin from E. coli 提交 2010-12-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–158（158 aa）链 B 1–158（158 aa）链 C 1–158（158 aa）链 D 1–158（158 aa）链 E 1–158（158 aa）链 F 1–158（158 aa）链 G 1–158（158 aa）链 H 1–158（158 aa）链 I 1–158（158 aa）链 J 1–158（158 aa）链 K 1–158（158 aa）链 L 1–158（158 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 24 SO4 SULFATE ION × 38 ACT ACETATE ION × 24 BTB 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；1.8M AMMONIUM SULPHATE, 100MM ACETATE, PH 5.5	分辨率 1.55 Å R-free 0.200
3E1J Crystal structure of E. coli Bacterioferritin (BFR) with an unoccupied ferroxidase centre (APO-BFR). 提交 2008-08-04	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–158（158 aa）链 B 1–158（158 aa）链 C 1–158（158 aa）链 D 1–158（158 aa）链 E 1–158（158 aa）链 F 1–158（158 aa）链 G 1–158（158 aa）链 H 1–158（158 aa）链 I 1–158（158 aa）链 J 1–158（158 aa）链 K 1–158（158 aa）链 L 1–158（158 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 32 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；289 K；1.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M TRI- SODIUM CITRATE PH 5.0. CRYSTALS LATER SOAKED IN CRYOPROTECTANT AT PH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 289K, pH 5.00	分辨率 2.70 Å R-free 0.263
3E1L Crystal structure of E. coli Bacterioferritin (BFR) soaked in phosphate with an alternative conformation of the unoccupied Ferroxidase centre (APO-BFR II). 提交 2008-08-04	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–158（158 aa）链 B 1–158（158 aa）链 C 1–158（158 aa）链 D 1–158（158 aa）链 E 1–158（158 aa）链 F 1–158（158 aa）链 G 1–158（158 aa）链 H 1–158（158 aa）链 I 1–158（158 aa）链 J 1–158（158 aa）链 K 1–158（158 aa）链 L 1–158（158 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 32 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；298 K；1.8 M AMMOMIUM SULFATE, 0.1 M TRI- SODIUM CITRATE PH 5.0. SUBSEQUENTLY, THE CRYSTALS WERE SOAKED IN A CRYO-PROTECTANT BUFFER CONTAINING PHOSPHATE BUFFERED WITH MOPS PH 7 INSTEAD OF CITRATE. SEE PAPER FOR FULL DETAILS., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 5.00	分辨率 2.50 Å R-free 0.248
3E1N Crystal structure of E. coli Bacterioferritin (BFR) after a 65 minute (aerobic) exposure to FE(II) revealing a possible MU-OXO bridge/MU-Hydroxy bridged DIIRON intermediate at the ferroxidase centre. (FE(III)-O-FE(III)-BFR). 提交 2008-08-04	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–158（158 aa）链 B 1–158（158 aa）链 C 1–158（158 aa）链 D 1–158（158 aa）链 E 1–158（158 aa）链 F 1–158（158 aa）链 G 1–158（158 aa）链 H 1–158（158 aa）链 I 1–158（158 aa）链 J 1–158（158 aa）链 K 1–158（158 aa）链 L 1–158（158 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 32 FE2 FE (II) ION × 48 UNL UNKNOWN LIGAND × 24 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；298 K；1.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M TRI- SODIUM CITRATE PH 5.0. CRYSTALS OF OF APO-BFR WERE SUBSEQUENTLY SOAKED AEROBICALLY FOR 65 MINUTES IN A SOLUTION CONTAINING FE2+ AND BUFFERED WITH MOPS PH 7 INSTEAD OF CITRATE PH 5. AFTER 65MIN EXPOSURE TO IRON AND AIR, THE CRYSTAL WAS FLASH FROZEN IN LIQUID NITROGEN AND X-RAY DIFFRACTION DATA COLLECTED. SEE PAPER FOR FULL DETAILS., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 5.00	分辨率 2.80 Å R-free 0.268
3E1O Crystal structure of E. coli Bacterioferritin (BFR) with two ZN(II) ION sites at the Ferroxidase centre (ZN-BFR). 提交 2008-08-04	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–158（158 aa）链 B 1–158（158 aa）链 C 1–158（158 aa）链 D 1–158（158 aa）链 E 1–158（158 aa）链 F 1–158（158 aa）链 G 1–158（158 aa）链 H 1–158（158 aa）链 I 1–158（158 aa）链 J 1–158（158 aa）链 K 1–158（158 aa）链 L 1–158（158 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 32 ZN ZINC ION × 48 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；298 K；APO-BFR CRYSTALIZED IN 1.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M TRI-SODIUM CITRATE PH 5.0. CRYSTAL WAS THEN SOAKED IN A CRYOPROTECTANT CONTAINING ZN2+ IONS AND BUFFERED WITH MOPS PH 7 INSTEAD OF CITRATE. PLEASE SEE PAPER FO FULL DETAILS., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 5.00	分辨率 2.95 Å R-free 0.252
3E1P Crystal structure of E. coli Bacterioferritin (BFR) in which the Ferroxidase centre is inhibited with ZN(II) and high occupancy iron is bound within the cavity. 提交 2008-08-04	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–158（158 aa）链 B 1–158（158 aa）链 C 1–158（158 aa）链 D 1–158（158 aa）链 E 1–158（158 aa）链 F 1–158（158 aa）链 G 1–158（158 aa）链 H 1–158（158 aa）链 I 1–158（158 aa）链 J 1–158（158 aa）链 K 1–158（158 aa）链 L 1–158（158 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 32 ZN ZINC ION × 48 FE2 FE (II) ION × 24 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；298 K；1.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M TRI- SODIUM CITRATE PH 5. APO-BFR CRYSTALS WERE SUBSEQUENTLY (AEROBICALLY) SOAKED IN A CRYOPROTECTANT SOLUTION CONTAINING FE2+ (AND BUFFERED AT PH 7.0 WITH 0.1 M MOPS IN PLACE OF CITRATE) FOR 65 MINUTES BEFORE FALSH FREEZING AND DATA COLLECTION. PLEASE SEE PAPER FOR FULL DETAILS., PH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 5.00	分辨率 2.40 Å R-free 0.260
3E1Q Crystal structure of W133F variant E. coli Bacterioferritn with iron. 提交 2008-08-04	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–158（158 aa）链 B 1–158（158 aa）链 C 1–158（158 aa）链 D 1–158（158 aa）链 E 1–158（158 aa）链 F 1–158（158 aa）链 G 1–158（158 aa）链 H 1–158（158 aa）链 I 1–158（158 aa）链 J 1–158（158 aa）链 K 1–158（158 aa）链 L 1–158（158 aa）	突变：W133F 突变：W133F 突变：W133F 突变：W133F 突变：W133F 突变：W133F 突变：W133F 突变：W133F 突变：W133F 突变：W133F 突变：W133F 突变：W133F	SO4 SULFATE ION × 32 FE2 FE (II) ION × 48 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；298 K；BFR PROTEIN WAS PRE-LOADED WITH IRON AND THEN CRYSTALLIZED OVERNIGHT IN 1.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M MES PH 5.8. PLEASE SEE THE ORIGINAL PAPER FOR FULL DETAILS., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 5.80	分辨率 2.60 Å R-free 0.263
3E2C Escherichia coli Bacterioferritin Mutant E128R/E135R 提交 2008-08-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–158（158 aa）链 B 1–158（158 aa）	突变：E128R, E135R 突变：E128R, E135R	ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；303.15 K；20% PEG 4000, 0.2M Li2SO4, 0.1M Tris HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303.15K	分辨率 1.80 Å R-free 0.228
3GHQ Crystal Structure of E. coli W35F BFR mutant 提交 2009-03-04	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–158（158 aa）链 B 1–158（158 aa）链 C 1–158（158 aa）链 D 1–158（158 aa）链 E 1–158（158 aa）链 F 1–158（158 aa）链 G 1–158（158 aa）链 H 1–158（158 aa）链 I 1–158（158 aa）链 J 1–158（158 aa）链 K 1–158（158 aa）链 L 1–158（158 aa）	突变：W35F 突变：W35F 突变：W35F 突变：W35F 突变：W35F 突变：W35F 突变：W35F 突变：W35F 突变：W35F 突变：W35F 突变：W35F 突变：W35F	SO4 SULFATE ION × 42 FE FE (III) ION × 24 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5；289 K；2.45M Ammonium Sulfate, 0.1M sodium Citrate pH 5.0, temperature 289K	分辨率 2.70 Å R-free 0.262
4CVR Structure of Apobacterioferritin Y25F variant 提交 2014-03-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–158（158 aa）	突变：YES	ZN ZINC ION × 8	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.10 Å R-free 0.165
4CVS Structure of Apobacterioferritin Y45F variant 提交 2014-03-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–158（158 aa）	突变：YES	CD CADMIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.39 Å R-free 0.225
4CVT Structure of Apobacterioferritin Y58F variant 提交 2014-03-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–158（158 aa）	突变：YES	ZN ZINC ION × 8	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.79 Å R-free 0.214
4XKS E. coli BFR variant Y45F 提交 2015-01-12	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-mer	链 A 1–158（158 aa）链 B 1–158（158 aa）链 C 1–158（158 aa）链 D 1–158（158 aa）链 E 1–158（158 aa）链 F 1–158（158 aa）链 G 1–158（158 aa）链 H 1–158（158 aa）链 I 1–158（158 aa）链 J 1–158（158 aa）链 K 1–158（158 aa）链 L 1–158（158 aa）	突变：Y45F 突变：Y45F 突变：Y45F 突变：Y45F 突变：Y45F 突变：Y45F 突变：Y45F 突变：Y45F 突变：Y45F 突变：Y45F 突变：Y45F 突变：Y45F	SO4 SULFATE ION × 24	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；289 K；1.6M Ammonium Sulfate, 0.1M sodium citrate	分辨率 1.57 Å R-free 0.172
4XKU E coli BFR variant Y114F 提交 2015-01-12	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–158（158 aa）链 B 1–158（158 aa）链 C 1–158（158 aa）链 D 1–158（158 aa）链 E 1–158（158 aa）链 F 1–158（158 aa）链 G 1–158（158 aa）链 H 1–158（158 aa）链 I 1–158（158 aa）链 J 1–158（158 aa）链 K 1–158（158 aa）链 L 1–158（158 aa）	突变：Y114F 突变：Y114F 突变：Y114F 突变：Y114F 突变：Y114F 突变：Y114F 突变：Y114F 突变：Y114F 突变：Y114F 突变：Y114F 突变：Y114F 突变：Y114F	SO4 SULFATE ION × 30	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；289 K；1.6M ammonium sulfate 0.1M sodium citrate	分辨率 1.78 Å R-free 0.217
5XGO The Ferritin E-Domain: Toward Understanding Its Role in Protein Cage Assembly Through the Crystal Structure of a Maxi-/Mini-Ferritin Chimera 提交 2017-04-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 138–158（21 aa）链 B 138–158（21 aa）链 C 138–158（21 aa）链 D 138–158（21 aa）链 E 138–158（21 aa）链 F 138–158（21 aa）链 G 138–158（21 aa）链 H 138–158（21 aa）链 I 138–158（21 aa）链 J 138–158（21 aa）链 K 138–158（21 aa）链 L 138–158（21 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.2；292.15 K；0.2M lithium sulphate, 18% PEG 1000, pH 4.2	分辨率 1.99 Å R-free 0.207
6P8K Escherichia coli Bacterioferritin Substituted with Zinc Protoporphyrin IX 提交 2019-06-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–158（158 aa）链 B 1–158（158 aa）链 C 1–158（158 aa）链 D 1–158（158 aa）链 E 1–158（158 aa）链 F 1–158（158 aa）链 G 1–158（158 aa）链 H 1–158（158 aa）链 I 1–158（158 aa）链 J 1–158（158 aa）链 K 1–158（158 aa）链 L 1–158（158 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 24 ZNH PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING ZN × 12 NA SODIUM ION × 8 MLI MALONATE ION × 56	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295 K；2.4 M sodium malonate, pH 6.0	分辨率 1.70 Å R-free 0.217
6P8L Escherichia coli Bacterioferritin Substituted with Zinc Protoporphyrin IX (Zn Absorption Edge X-ray Data) 提交 2019-06-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–158（158 aa）链 B 1–158（158 aa）链 C 1–158（158 aa）链 D 1–158（158 aa）链 E 1–158（158 aa）链 F 1–158（158 aa）链 G 1–158（158 aa）链 H 1–158（158 aa）链 I 1–158（158 aa）链 J 1–158（158 aa）链 K 1–158（158 aa）链 L 1–158（158 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 24 NA SODIUM ION × 8 MLI MALONATE ION × 56 ZNH PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING ZN × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295 K；2.4 M sodium malonate, pH 6.0	分辨率 2.10 Å R-free 0.240

共 21 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BFR_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 B； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 C； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 D； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 E； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 F； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 G； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 H； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 I； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 J； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 K； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 L； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3e1m
沉积日期 deposition_date	2008-08-04
结构标题 title	Crystal structure of E. coli Bacterioferritin (BFR) obtained after soaking APO-BFR crystals for 2.5 minutes in FE2+ (2.5M FE(II)-BFR)
关键词 keywords	BACTERIOFERRITIN. RHOMBIC DODECAHEDRAL SUPERSTRUCTURE., HEME, IRON, IRON STORAGE, METAL-BINDING, METAL BINDING PROTEIN; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	46.51 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	46.06 Å
零角强度 I(0) i0	799809000.00
分子量 molecular_weight	228620.0 kDa
排除体积 excluded_volume	283360 Å³
包络体积 envelope_volume	421540 Å³
水化壳体积 shell_volume	75403 Å³
包络直径 envelope_diameter	132.8 Å
壳层 Rg shell_rg	53.29 Å
包络 Rg envelope_rg	43.24 Å
形状 Rg shape_rg	46.07 Å
总 Rg total_rg	46.35 Å
总原子数 total_atoms	15938
残基数 n_residues	1896
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	131.8 Å
Rg (实空间) rg_real	46.24 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.72 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.9980e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2840e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	46.51 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	800100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6471
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	58.2 Å
偏度 Skewness skewness	-0.038
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.864
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	29060000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.991; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.115; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.109

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	BACTERIOFERRITIN
分子量 formula_weight	18518.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	16424

MKGDTKVINYLNKLLGNELVAINQYFLHARMFKNWGLKRLNDVEYHESIDEMKHADRYIERILFLEGLPNLQDLGKLNIGEDVEEMLRSDLALELDGAKNLREAIGYADSVHDYVSRDMMIEILRDEEGHIDWLETELDLIQKMGLQNYLQAQIREEG

来源 Source

来源生物 organism	ESCHERICHIA COLI
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	FE (II) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	36

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	246

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d3e1ma_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d3e1mb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d3e1mc_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d3e1md_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d3e1me_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d3e1mf_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d3e1mg_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d3e1mh_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d3e1mi_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d3e1mj_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d3e1mk_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d3e1ml_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	3e1mA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	3e1mB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	3e1mC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	3e1mD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	3e1mE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	3e1mF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	3e1mG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	3e1mH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	3e1mI00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	3e1mJ00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	3e1mK00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	3e1mL00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	207.972 Å
晶胞边长 b length_b	207.972 Å
晶胞边长 c length_c	142.878 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	96

空间群 space_group	P 42 21 2
空间群编号 int_tables_number	94
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	32.040 Å
R 因子 r_factor	0.2420
R_work r_work	0.2410
R_free r_free	0.2590

fit	/app/data/saxs_computation/e1/3e1m/3e1m.fit
pddf	/app/data/pr_computation/e1/3e1m/3e1m.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/e1/3e1m/3e1m.dat