3e20

Crystal structure of S.pombe eRF1/eRF3 complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit

Schizosaccharomyces pombe

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Eukaryotic peptide chain release factor subunit 1 × 1 （P79063）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Eukaryotic peptide chain release factor subunit 1 × 1 （P79063）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Eukaryotic peptide chain release factor subunit 1 × 1 （P79063）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Eukaryotic peptide chain release factor subunit 1 × 1 （P79063）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ERF3_SCHPO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–201； UniProt 467–662 作者链 D； PDB构建体 6–201； UniProt 467–662 作者链 E； PDB构建体 6–201； UniProt 467–662 作者链 J； PDB构建体 6–201； UniProt 467–662

Eukaryotic peptide chain release factor subunit 1

Schizosaccharomyces pombe

UniProt P79063

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit × 1 （O74718）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit × 1 （O74718）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit × 1 （O74718）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit × 1 （O74718）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ERF1_SCHPO
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 9–441； UniProt 1–433 作者链 C； PDB构建体 9–441； UniProt 1–433 作者链 H； PDB构建体 9–441； UniProt 1–433 作者链 K； PDB构建体 9–441； UniProt 1–433

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3e20
沉积日期 deposition_date	2008-08-05
结构标题 title	Crystal structure of S.pombe eRF1/eRF3 complex
关键词 keywords	;Sup35, Sup45, translation termination, peptide release, GTP-binding, Nucleotide-binding, Phosphoprotein, Protein biosynthesis, TRANSLATION ;; TRANSLATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3e20__assembly_4__model_1

Assembly 4 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3e20__assembly_4__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3e20__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.88 Å
Rg（电子密度）	28.23 Å
总 Rg	28.80 Å
原子数	2936
残基数	371
排除体积	52798 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3e20__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3e20__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3e20__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3e20__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit
分子量 formula_weight	22208.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,E,J
原子数 atom_count	13096

GPLGSAPFIMPIASKYKDLGTILEGKIEAGSIKKNSNVLVMPINQTLEVTAIYDEADEEISSSICGDQVRLRVRGDDSDVQTGYVLTSTKNPVHATTRFIAQIAILELPSILTTGYSCVMHIHTAVEEVSFAKLLHKLDKTNRKSKKPPMFATKGMKIIAELETQTPVCMERFEDYQYMGRFTLRDQGTTVAVGKVVKILD

来源 Source

来源生物 organism	Schizosaccharomyces pombe
通用名 common_name	Fission yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4896
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Eukaryotic peptide chain release factor subunit 1
分子量 formula_weight	49951.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,B,H,K

MHHHHHHMMSETAEKAIEIWKIRRLVKQLINCHGNGTSMITLIIPPGEQISRYSNMLAEEYGTASNIKSRVNRLSVLSAITSTRERLKLYNKVPDNGLVIYCGEVIMEGNKTRKLNIDFEPFKPINTSQYLCDNKFHTEALAELLESDQRFGFIVMDGHQTLYGVVSGSAREVLQRFTVDLPKKHGRGGQSALRFARLRDEKRHNYVRKVAEGAVQHFITDDKPNVAGIVLAGSADFKTELGQSDLFDQRLQSRIIKTVDVSYGGDAGFNQAIELAADTLSNVKYVQEKKLIQRFFDEISLDSGKYCFGVVDTMNALQEGAVETLLCFADLDMIRYEFKNSEGNPVITYMTKEQEEKDSTNSFLLDKDTGAEMELVSSMLLSEWLAEHYKDYGANLEFVSDRSQEGMQFVKGFGGIGAVMRYQLDLSMLDPESDEFYSDSD

来源 Source

来源生物 organism	Schizosaccharomyces pombe
通用名 common_name	Fission yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4896
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	3e20A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Translation factors

结构域编号 domain_id	3e20A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Translation factors

结构域编号 domain_id	3e20B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	960 — Translation, Eukaryotic Peptide Chain Release Factor Subunit 1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — eRF1 domain 1

结构域编号 domain_id	3e20B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Ribosomal protein L30/S12

结构域编号 domain_id	3e20C01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	960 — Translation, Eukaryotic Peptide Chain Release Factor Subunit 1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — eRF1 domain 1

结构域编号 domain_id	3e20C02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Ribosomal protein L30/S12

结构域编号 domain_id	3e20D01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Translation factors

结构域编号 domain_id	3e20D02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Translation factors

结构域编号 domain_id	3e20E01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Translation factors

结构域编号 domain_id	3e20E02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Translation factors

结构域编号 domain_id	3e20H01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2070 —

结构域编号 domain_id	3e20H02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Ribosomal protein L30/S12

结构域编号 domain_id	3e20J01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Translation factors

结构域编号 domain_id	3e20J02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Translation factors

结构域编号 domain_id	3e20K01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2070 —

结构域编号 domain_id	3e20K02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Ribosomal protein L30/S12

▶

晶胞边长 a length_a	129.848 Å
晶胞边长 b length_b	129.848 Å
晶胞边长 c length_c	332.638 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 43
空间群编号 int_tables_number	78
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.500 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2591
R_work r_work	0.2581
R_free r_free	0.2799

Crystal structure of S.pombe eRF1/eRF3 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Eukaryotic peptide chain release factor subunit 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3e20__assembly_4__model_1

3e20__assembly_4__model_1 | I(q)

3e20__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of S.pombe eRF1/eRF3 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Eukaryotic peptide chain release factor subunit 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3e20__assembly_4__model_1

3e20__assembly_4__model_1 | I(q)

3e20__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)