3e3q

Structure of the 3alpham13 high-affinity mutant of the 2C TCR in complex with Ld/QL9

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	QL9 peptide × 1 T-cell receptor alpha chain V region PHDS58 × 1 （P01738） TCR beta chain × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	QL9 peptide × 1 T-cell receptor alpha chain V region PHDS58 × 1 （P01738） TCR beta chain × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	QL9 peptide × 1 T-cell receptor alpha chain V region PHDS58 × 1 （P01738） TCR beta chain × 1	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	QL9 peptide × 1 T-cell receptor alpha chain V region PHDS58 × 1 （P01738） TCR beta chain × 1	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	QL9 peptide × 1 T-cell receptor alpha chain V region PHDS58 × 1 （P01738） TCR beta chain × 1	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	QL9 peptide × 1 T-cell receptor alpha chain V region PHDS58 × 1 （P01738） TCR beta chain × 1	与蛋白数一致
7	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	QL9 peptide × 1 T-cell receptor alpha chain V region PHDS58 × 1 （P01738） TCR beta chain × 1	与蛋白数一致
8	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	QL9 peptide × 1 T-cell receptor alpha chain V region PHDS58 × 1 （P01738） TCR beta chain × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HA1L_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–175； UniProt 25–199 作者链 B； PDB构建体 1–175； UniProt 25–199 作者链 H； PDB构建体 1–175； UniProt 25–199 作者链 L； PDB构建体 1–175； UniProt 25–199 作者链 P； PDB构建体 1–175； UniProt 25–199 作者链 U； PDB构建体 1–175； UniProt 25–199 作者链 Y； PDB构建体 1–175； UniProt 25–199 作者链 c； PDB构建体 1–175； UniProt 25–199

T-cell receptor alpha chain V region PHDS58

Mus musculus

UniProt P01738

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain × 1 （P01897） QL9 peptide × 1 TCR beta chain × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain × 1 （P01897） QL9 peptide × 1 TCR beta chain × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain × 1 （P01897） QL9 peptide × 1 TCR beta chain × 1	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain × 1 （P01897） QL9 peptide × 1 TCR beta chain × 1	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain × 1 （P01897） QL9 peptide × 1 TCR beta chain × 1	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain × 1 （P01897） QL9 peptide × 1 TCR beta chain × 1	与蛋白数一致
7	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain × 1 （P01897） QL9 peptide × 1 TCR beta chain × 1	与蛋白数一致
8	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain × 1 （P01897） QL9 peptide × 1 TCR beta chain × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TVA1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–109； UniProt 22–130 作者链 D； PDB构建体 1–109； UniProt 22–130 作者链 I； PDB构建体 1–109； UniProt 22–130 作者链 M； PDB构建体 1–109； UniProt 22–130 作者链 R； PDB构建体 1–109； UniProt 22–130 作者链 V； PDB构建体 1–109； UniProt 22–130 作者链 Z； PDB构建体 1–109； UniProt 22–130 作者链 d； PDB构建体 1–109； UniProt 22–130

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3e3q
沉积日期 deposition_date	2008-08-07
结构标题 title	Structure of the 3alpham13 high-affinity mutant of the 2C TCR in complex with Ld/QL9
关键词 keywords	;TCR, MHC, high affinity, cross reactivity, Glycoprotein, Immune response, Membrane, MHC I, Phosphoprotein, Transmembrane, Immunoglobulin domain, Receptor, IMMUNE SYSTEM ;; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3e3q__assembly_7__model_1

Assembly 7 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3e3q__assembly_7__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3e3q__assembly_7__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.09 Å
Rg（电子密度）	22.03 Å
总 Rg	23.03 Å
原子数	3226
残基数	404
排除体积	56500 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3e3q__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3e3q__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3e3q__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3e3q__assembly_4__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`3e3q__assembly_5__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`3e3q__assembly_6__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`3e3q__assembly_7__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
8	1	`3e3q__assembly_8__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain
分子量 formula_weight	20541.6 kDa
突变 mutation	F8Y, V12T, P15R, I23T, N30D, A49V, I66V, W97R, K131R
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,c,H,L,P,U,Y
原子数 atom_count	25808

GPHSMRYYETATSRRGLGEPRYTSVGYVDDKEFVRFDSDAENPRYEPQVPWMEQEGPEYWERITQVAKGQEQWFRVNLRTLLGYYNQSAGGTHTLQRMYGCDVGSDGRLLRGYEQFAYDGCDYIALNEDLRTWTAADMAAQITRRKWEQAGAAEYYRAYLEGECVEWLHRYLKNG

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	QL9 peptide
分子量 formula_weight	1063.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q,G,f,K,O,T,X,b

QLSPFPFDL

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	T-cell receptor alpha chain V region PHDS58
分子量 formula_weight	12071.6 kDa
突变 mutation	L43P, W82R, G99D F100P A101P S102P A103L
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,C,d,I,M,R,V,Z

SVTQPDARVTVSEGASLQLRCKYSYSATPYLFWYVQYPRQGPQLLLKYYSGDPVVQGVNGFEAEFSKSNSSFHLRKASVHRSDSAVYFCAVSDPPPLLTFGSGTKVIVL

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	TCR beta chain
分子量 formula_weight	12039.1 kDa
突变 mutation	G17E, G42E, H47Y, I77T, L81S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,e,J,N,S,W,a

EAAVTQSPRNKVAVTGEKVTLSCNQTNNHNNMYWYRQDTGHELRLIYYSYGAGSTEKGDIPDGYKASRPSQENFSLTLESATPSQTSVYFCASGGGGTLYFGAGTRLSVLS

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d3e3qa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d3e3qc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d3e3qe_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d3e3qf_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d3e3qj_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d3e3qn_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d3e3qs_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d3e3qw_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

CATH v4.4 (24 domains)

结构域编号 domain_id	3e3qA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MHC class I-like antigen recognition-like

结构域编号 domain_id	3e3qB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MHC class I-like antigen recognition-like

结构域编号 domain_id	3e3qC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3e3qD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3e3qE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3e3qF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3e3qH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MHC class I-like antigen recognition-like

结构域编号 domain_id	3e3qI00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3e3qJ00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3e3qL00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MHC class I-like antigen recognition-like

结构域编号 domain_id	3e3qM00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3e3qN00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3e3qP00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MHC class I-like antigen recognition-like

结构域编号 domain_id	3e3qR00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3e3qS00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3e3qU00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MHC class I-like antigen recognition-like

结构域编号 domain_id	3e3qV00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3e3qW00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3e3qY00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MHC class I-like antigen recognition-like

结构域编号 domain_id	3e3qZ00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3e3qa00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3e3qc00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MHC class I-like antigen recognition-like

结构域编号 domain_id	3e3qd00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3e3qe00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

▶

晶胞边长 a length_a	158.472 Å
晶胞边长 b length_b	160.458 Å
晶胞边长 c length_c	357.159 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	64

空间群 space_group	C 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	21
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.950 Å
最低分辨率 resolution_low	41.520 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2500
R_free r_free	0.2750

Structure of the 3alpham13 high-affinity mutant of the 2C TCR in complex with Ld/QL9

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

T-cell receptor alpha chain V region PHDS58

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3e3q__assembly_7__model_1

3e3q__assembly_7__model_1 | I(q)

3e3q__assembly_7__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (24 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of the 3alpham13 high-affinity mutant of the 2C TCR in complex with Ld/QL9

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

T-cell receptor alpha chain V region PHDS58

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3e3q__assembly_7__model_1

3e3q__assembly_7__model_1 | I(q)

3e3q__assembly_7__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (24 domains)

7. 引用文献 (1)