3e54

Archaeal Intron-encoded Homing Endonuclease I-Vdi141I Complexed With DNA

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RRNA intron-encoded endonuclease

Vulcanisaeta distributa

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 2 DNA 4	;DNA (5'-D(DCPDTPDGPDAPDCPDTPDCPDTPDCPDTPDTPDAPDA)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(PDGPDGPDTPDAPDGPDCPDCPDAPDA)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(DTPDTPDGPDGPDCPDTPDAPDCPDCPDTPDTPDAPDA)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(PDGPDAPDGPDAPDGPDTPDCPDAPDG)-3') ; × 1 MAGNESIUM ION × 5 ETHANOL × 3 water × 6	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q6L703_9CREN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–169； UniProt 1–169 作者链 B； PDB构建体 1–169； UniProt 1–169

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3e54
沉积日期 deposition_date	2008-08-13
结构标题 title	Archaeal Intron-encoded Homing Endonuclease I-Vdi141I Complexed With DNA
关键词 keywords	protein-DNA complex, LAGLIDADG, homing, endonuclease, DNA recognition, HYDROLASE-DNA COMPLEX; HYDROLASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3e54__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3e54__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3e54__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.65 Å
Rg（电子密度）	24.19 Å
总 Rg	24.80 Å
原子数	3522
残基数	362
排除体积	60434 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3e54__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	RRNA intron-encoded endonuclease
分子量 formula_weight	19616.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
突变 mutation	I65M, I107M
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3635

MVHEEDFKEGYILGFIEAEGSFSVSIKFQRDVFGGVRLDPVFSITQKNREVLEAIKEHLGIGRIMEKAGQPNTYVYVVDNFNELVKLINFLNKYADFMIVKKRQFLMFREIANGLVNGEHLHINGLKRLVKLAYELTKESEKGYRKYDLNHVLSIIDKWDLGRNVSTSL

来源 Source

来源生物 organism	Vulcanisaeta distributa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	164451
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(DCPDTPDGPDAPDCPDTPDCPDTPDCPDTPDTPDAP*DA)-3') ;
分子量 formula_weight	3901.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

CTGACTCTCTTAA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PDGPDGPDTPDAPDGPDCPDCPDAP*DA)-3') ;
分子量 formula_weight	2764.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

GGTAGCCAA

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(DTPDTPDGPDGPDCPDTPDAPDCPDCPDTPDTPDAP*DA)-3') ;
分子量 formula_weight	3941.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

TTGGCTACCTTAA

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PDGPDAPDGPDAPDGPDTPDCPDAP*DG)-3') ;
分子量 formula_weight	2804.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F

GAGAGTCAG

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	ETHANOL
分子量 formula_weight	46.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	113

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3e54A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	28 — Endonuclease I-creI
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Homing endonucleases

结构域编号 domain_id	3e54B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	28 — Endonuclease I-creI
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Homing endonucleases

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晶胞边长 a length_a	66.580 Å
晶胞边长 b length_b	66.580 Å
晶胞边长 c length_c	217.910 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 61
空间群编号 int_tables_number	169
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	45.160 Å
R 因子 r_factor	0.2310
R_work r_work	0.2310
R_free r_free	0.2500

Archaeal Intron-encoded Homing Endonuclease I-Vdi141I Complexed With DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RRNA intron-encoded endonuclease

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3e54__assembly_1__model_1

3e54__assembly_1__model_1 | I(q)

3e54__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Archaeal Intron-encoded Homing Endonuclease I-Vdi141I Complexed With DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RRNA intron-encoded endonuclease

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3e54__assembly_1__model_1

3e54__assembly_1__model_1 | I(q)

3e54__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)