SAXSdb — 3e6c

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cyclic nucleotide-binding protein

Desulfitobacterium hafniense

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 2 DNA 4	;DNA (5'-D(PDGPDCPDAPDTPDTPDAPDAPDCPDAPDTPDGPDCPDC)-3') ; × 2 ;DNA (5'-D(PDGPDGPDCPDAPDTPDGPDTPDTPDAPDAPDTPDGPDC)-3') ; × 2 (3-CHLORO-4-HYDROXYPHENYL)ACETIC ACID × 2 water × 6	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q18R04_DESHD
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–232； UniProt 1–232

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3e6c
沉积日期 deposition_date	2008-08-15
结构标题 title	CprK OCPA DNA Complex
关键词 keywords	CprK, Halorespiration, transcriptional regulator, TRANSCRIPTION REGULATION-DNA COMPLEX; TRANSCRIPTION REGULATION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3e6c__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3e6c__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3e6c__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.98 Å
Rg（电子密度）	25.24 Å
总 Rg	26.20 Å
原子数	4704
残基数	502
排除体积	81067 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3e6c__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cyclic nucleotide-binding protein
分子量 formula_weight	28379.6 kDa
突变 mutation	C200S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	2506

MSVEGLGKDFCGAIIPDNFFPIEKLRNYTQMGLIRDFAKGSAVIMPGEEITSMIFLVEGKIKLDIIFEDGSEKLLYYAGGNSLIGKLYPTGNNIYATAMEPTRTCWFSEKSLRTVFRTDEDMIFEIFKNYLTKVAYYARQVAEMNTYNPTIRILRLFYELCSSQGKRVGDTYEITMPLSQKSIGEITGVHHVTVSRVLASLKRENILDKKKNKIIVYNLGELKHLSEQTSYYSDPNSSSVDKLAAALDHH

来源 Source

来源生物 organism	Desulfitobacterium hafniense
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	272564
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PDGPDCPDAPDTPDTPDAPDAPDCPDAPDTPDGPDCP*DC)-3') ;
分子量 formula_weight	3935.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B

GCATTAACATGCC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PDGPDGPDCPDAPDTPDGPDTPDTPDAPDAPDTPDGP*DC)-3') ;
分子量 formula_weight	4006.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	A

GGCATGTTAATGC

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	(3-CHLORO-4-HYDROXYPHENYL)ACETIC ACID
分子量 formula_weight	186.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	152

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d3e6cc1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.4 — CAP C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d3e6cc2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.82.3 — cAMP-binding domain-like
家族 Family family	b.82.3.2 — cAMP-binding domain

结构域编号 domain_id	d3e6cc3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3e6cC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Jelly Rolls

结构域编号 domain_id	3e6cC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

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晶胞边长 a length_a	100.600 Å
晶胞边长 b length_b	100.600 Å
晶胞边长 c length_c	149.660 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 62 2 2
空间群编号 int_tables_number	180
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	27.480 Å
R 因子 r_factor	0.2187
R_work r_work	0.2170
R_free r_free	0.2496

CprK OCPA DNA Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cyclic nucleotide-binding protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3e6c__assembly_1__model_1

3e6c__assembly_1__model_1 | I(q)

3e6c__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

CprK OCPA DNA Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cyclic nucleotide-binding protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3e6c__assembly_1__model_1

3e6c__assembly_1__model_1 | I(q)

3e6c__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)