SAXSdb — 3e80

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Heparinase II protein

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 2	alpha-D-xylopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranuronic acid-(1-2)-[alpha-L-rhamnopyranose-(1-4)]alpha-D-mannopyranose × 1 4-deoxy-alpha-L-threo-hex-4-enopyranuronic acid-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 1 ZINC ION × 1 PHOSPHATE ION × 4 water × 1	与蛋白数一致
2	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 2	alpha-D-xylopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranuronic acid-(1-2)-[alpha-L-rhamnopyranose-(1-4)]alpha-D-mannopyranose × 1 4-deoxy-alpha-L-threo-hex-4-enopyranuronic acid-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 1 ZINC ION × 1 PHOSPHATE ION × 3 water × 1	与蛋白数一致
3	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 2	alpha-D-xylopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranuronic acid-(1-2)-[alpha-L-rhamnopyranose-(1-4)]alpha-D-mannopyranose × 1 4-deoxy-alpha-L-threo-hex-4-enopyranuronic acid-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 1 ZINC ION × 1 PHOSPHATE ION × 2 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q46080_PEDHE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–749； UniProt 24–772 作者链 B； PDB构建体 1–749； UniProt 24–772 作者链 C； PDB构建体 1–749； UniProt 24–772

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3e80
沉积日期 deposition_date	2008-08-19
结构标题 title	Structure of Heparinase II complexed with heparan sulfate degradation disaccharide product
关键词 keywords	alpha and beta lyase fold, alpha6/alpha6 incomplete toroid, SUGAR BINDING PROTEIN, LYASE; SUGAR BINDING PROTEIN, LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3e80__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3e80__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3e80__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.73 Å
Rg（电子密度）	28.37 Å
总 Rg	29.24 Å
原子数	6066
残基数	746
排除体积	108080 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3e80__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3e80__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3e80__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Heparinase II protein
分子量 formula_weight	84958.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	18716

YSQTKADVVWKDVDGVSMPIPPKTHPRLYLREQQVPDLKNRMNDPKLKKVWADMIKMQEDWKPADIPEVKDFRFYFNQKGLTVRVELMALNYLMTKDPKVGREAITSIIDTLETATFKPAGDISRGIGLFMVTGAIVYDWCYDQLKPEEKTRFVKAFVRLAKMLECGYPPVKDKSIVGHASEWMIMRDLLSVGIAIYDEFPEMYNLAAGRFFKEHLVARNWFYPSHNYHQGMSYLNVRFTNDLFALWILDRMGAGNVFNPGQQFILYDAIYKRRPDGQILAGGDVDYSRKKPKYYTMPALLAGSYYKDEYLNYEFLKDPNVEPHCKLFEFLWRDTQLGSRKPDDLPLSRYSGSPFGWMIARTGWGPESVIAEMKVNEYSFLNHQHQDAGAFQIYYKGPLAIDAGSYTGSSGGYNSPHNKNFFKRTIAHNSLLIYDPKETFSSSGYGGSDHTDFAANDGGQRLPGKGWIAPRDLKEMLAGDFRTGKILAQGFGPDNQTPDYTYLKGDITAAYSAKVKEVKRSFLFLNLKDAKVPAAMIVFDKVVASNPDFKKFWLLHSIEQPEIKGNQITIKRTKNGDSGMLVNTALLPDAANSNITSIGGKGKDFWVFGTNYTNDPKPGTDEALERGEWRVEITPKKAAAEDYYLNVIQIADNTQQKLHEVKRIDGDKVVGVQLADRIVTFSKTSETVDRPFGFSVVGKGTFKFVMTDLLPGTWQVLKDGKILYPALSAKGDDGALYFEGTEGTYRFLR

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	alpha-D-xylopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranuronic acid-(1-2)-[alpha-L-rhamnopyranose-(1-4)]alpha-D-mannopyranose
分子量 formula_weight	634.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	4-deoxy-alpha-L-threo-hex-4-enopyranuronic acid-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	379.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	536

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

CATH v4.4 (9 domains)

结构域编号 domain_id	3e80A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	50 — Alpha/alpha barrel
拓扑 Topology topology	10 — Glycosyltransferase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — Chondroitin AC/alginate lyase

结构域编号 domain_id	3e80A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	98 — Beta-galactosidase; Chain A, domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	3e80A03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2750 —

结构域编号 domain_id	3e80B01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	50 — Alpha/alpha barrel
拓扑 Topology topology	10 — Glycosyltransferase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — Chondroitin AC/alginate lyase

结构域编号 domain_id	3e80B02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	98 — Beta-galactosidase; Chain A, domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	3e80B03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2750 —

结构域编号 domain_id	3e80C01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	50 — Alpha/alpha barrel
拓扑 Topology topology	10 — Glycosyltransferase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — Chondroitin AC/alginate lyase

结构域编号 domain_id	3e80C02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	98 — Beta-galactosidase; Chain A, domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	3e80C03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2750 —

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晶胞边长 a length_a	201.280 Å
晶胞边长 b length_b	209.360 Å
晶胞边长 c length_c	59.220 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.350 Å
最低分辨率 resolution_low	37.570 Å
R 因子 r_factor	0.2310
R_work r_work	0.2290
R_free r_free	0.2670

Structure of Heparinase II complexed with heparan sulfate degradation disaccharide product

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Heparinase II protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3e80__assembly_1__model_1

3e80__assembly_1__model_1 | I(q)

3e80__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

CATH v4.4 (9 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of Heparinase II complexed with heparan sulfate degradation disaccharide product

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Heparinase II protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3e80__assembly_1__model_1

3e80__assembly_1__model_1 | I(q)

3e80__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

CATH v4.4 (9 domains)

7. 引用文献 (1)