SAXSdb — 3e81

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Acylneuraminate cytidylyltransferase

Bacteroides thetaiotaomicron

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	MAGNESIUM ION × 4 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 6 1,2-ETHANEDIOL × 6 oxido(dioxo)vanadium × 4 N-acetyl-beta-neuraminic acid × 4 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 8	MAGNESIUM ION × 8 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 12 1,2-ETHANEDIOL × 12 oxido(dioxo)vanadium × 8 N-acetyl-beta-neuraminic acid × 8 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8A712_BACTN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–164； UniProt 1–164 作者链 B； PDB构建体 1–164； UniProt 1–164 作者链 C； PDB构建体 1–164； UniProt 1–164 作者链 D； PDB构建体 1–164； UniProt 1–164

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3e81
沉积日期 deposition_date	2008-08-19
结构标题 title	Structure-function Analysis of 2-Keto-3-deoxy-D-glycero-D-galacto-nononate-9-phosphate (KDN) Phosphatase Defines a New Clad Within the Type C0 HAD Subfamily
关键词 keywords	2-keto-3-deoxynononic acid 9-phosphate phosphohydrolase, Nucleotidyltransferase, Transferase; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3e81__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3e81__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3e81__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.94 Å
Rg（电子密度）	26.21 Å
总 Rg	27.19 Å
原子数	5350
残基数	656
排除体积	96291 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3e81__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3e81__assembly_2__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Acylneuraminate cytidylyltransferase
分子量 formula_weight	18362.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	5923

MKEIKLILTDIDGVWTDGGMFYDQTGNEWKKFNTSDSAGIFWAHNKGIPVGILTGEKTEIVRRRAEKLKVDYLFQGVVDKLSAAEELCNELGINLEQVAYIGDDLNDAKLLKRVGIAGVPASAPFYIRRLSTIFLEKRGGEGVFREFVEKVLGINLEDFIAVIQ

来源 Source

来源生物 organism	Bacteroides thetaiotaomicron
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	818
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	oxido(dioxo)vanadium
分子量 formula_weight	98.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	N-acetyl-beta-neuraminic acid
分子量 formula_weight	309.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	482

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d3e81a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.108 — HAD-like
超家族 Superfamily superfamily	c.108.1 — HAD-like
家族 Family family	c.108.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3e81b_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.108 — HAD-like
超家族 Superfamily superfamily	c.108.1 — HAD-like
家族 Family family	c.108.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3e81c_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.108 — HAD-like
超家族 Superfamily superfamily	c.108.1 — HAD-like
家族 Family family	c.108.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3e81d_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.108 — HAD-like
超家族 Superfamily superfamily	c.108.1 — HAD-like
家族 Family family	c.108.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3e81A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1000 — HAD superfamily/HAD-like

结构域编号 domain_id	3e81B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1000 — HAD superfamily/HAD-like

结构域编号 domain_id	3e81C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1000 — HAD superfamily/HAD-like

结构域编号 domain_id	3e81D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1000 — HAD superfamily/HAD-like

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晶胞边长 a length_a	81.958 Å
晶胞边长 b length_b	106.602 Å
晶胞边长 c length_c	74.830 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.629 Å
最低分辨率 resolution_low	49.061 Å
R 因子 r_factor	0.1760
R_work r_work	0.1740
R_free r_free	0.2070

Structure-function Analysis of 2-Keto-3-deoxy-D-glycero-D-galacto-nononate-9-phosphate (KDN) Phosphatase Defines a New Clad Within the Type C0 HAD Subfamily

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Acylneuraminate cytidylyltransferase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3e81__assembly_1__model_1

3e81__assembly_1__model_1 | I(q)

3e81__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure-function Analysis of 2-Keto-3-deoxy-D-glycero-D-galacto-nononate-9-phosphate (KDN) Phosphatase Defines a New Clad Within the Type C0 HAD Subfamily

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Acylneuraminate cytidylyltransferase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3e81__assembly_1__model_1

3e81__assembly_1__model_1 | I(q)

3e81__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)