SAXSdb — 3e85

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PR10.2B

Lupinus luteus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	1,3-DIPHENYLUREA × 4 SODIUM ION × 2 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9LLQ2_LUPLU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3e85
沉积日期 deposition_date	2008-08-19
结构标题 title	Crystal Structure of Pathogenesis-related Protein LlPR-10.2B from yellow lupine in complex with Diphenylurea
关键词 keywords	;PLANT HORMONES, CYTOKININ, DIPHENYLUREA, PLANT PR-10 PROTEIN, YELLOW LUPINE, Pathogenesis-related protein, Plant defense, PLANT PROTEIN ;; PLANT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3e85__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3e85__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3e85__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	16.48 Å
Rg（电子密度）	14.93 Å
总 Rg	16.26 Å
原子数	1221
残基数	154
排除体积	21979 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3e85__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PR10.2B
分子量 formula_weight	16906.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1369

MGVFTFQDEYTSTIAPAKLYKALVTDADIIIPKAVETIQSVEIVEGNGGPGTIKKLTFIEGGESKYVLHKIEAIDEANLGYNYSIVGGVGLPDTIEKISFETKLVEGANGGSIGKVTIKIETKGDAQPNEEEGKAAKARGDAFFKAIESYLSAHPDYN

来源 Source

来源生物 organism	Lupinus luteus
通用名 common_name	European yellow lupin
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3873
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	1,3-DIPHENYLUREA
分子量 formula_weight	212.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	134

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d3e85a_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.129 — TBP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.129.3 — Bet v1-like
家族 Family family	d.129.3.1 — Pathogenesis-related protein 10 (PR10)-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	3e85A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	530 — Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — START domain

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7. 引用文献 (7)

Cytokinin-induced structural adaptability of a Lupinus luteus PR-10 protein.

Febs J. (2009)

PMID: 19220853 · DOI: 10.1111/j.1742-4658.2009.06892.x PRIMARY

Lupinus luteus Pathogenesis-Related Protein as a Reservoir for Cytokinin

J.Mol.Biol. (2008)

PMID: 18406424 · DOI: 10.1016/j.jmb.2008.03.027

Crystal structure of Vigna radiata cytokinin-specific binding protein in complex with zeatin

Plant Cell (2006)

PMID: 16998071 · DOI: 10.1105/tpc.105.037119

Structure of a yellow lupin pathogenesis-related PR-10 protein belonging to a novel subclass

Acta Crystallogr.,Sect.D (2005)

PMID: 15608381 · DOI: 10.1107/S0907444904028173

;Crystal structure of a hypoallergenic isoform of the major birch pollen allergen Bet v 1 and its likely biological function as a plant steroid carrier ;

J.Mol.Biol. (2003)

PMID: 12473456 · DOI: 10.1016/S0022-2836(02)01197-X

Crystal structures of two homologous pathogenesis-related proteins from yellow lupine

J.Mol.Biol. (2002)

PMID: 12079359 · DOI: 10.1016/S0022-2836(02)00385-6

X-ray and NMR structure of Bet v 1, the origin of birch pollen allergy

Nat.Struct.Mol.Biol. (1996)

PMID: 8946858

晶胞边长 a length_a	34.362 Å
晶胞边长 b length_b	73.256 Å
晶胞边长 c length_c	99.956 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.950 Å
最低分辨率 resolution_low	15.000 Å
R 因子 r_factor	0.1932
R_work r_work	0.1879
R_free r_free	0.2465

Crystal Structure of Pathogenesis-related Protein LlPR-10.2B from yellow lupine in complex with Diphenylurea

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PR10.2B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3e85__assembly_1__model_1

3e85__assembly_1__model_1 | I(q)

3e85__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (7)

Crystal Structure of Pathogenesis-related Protein LlPR-10.2B from yellow lupine in complex with Diphenylurea

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PR10.2B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3e85__assembly_1__model_1

3e85__assembly_1__model_1 | I(q)

3e85__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (7)