3e8c

Crystal structures of the kinase domain of PKA in complex with ATP-competitive inhibitors

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha

Bos taurus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	cAMP-dependent protein kinase inhibitor peptide × 1 （Q3SX13） ;4-[2-(4-amino-1,2,5-oxadiazol-3-yl)-6-{[(2R)-2-amino-3-phenylpropyl]oxy}-1-ethyl-1H-imidazo[4,5-c]pyridin-4-yl]-2-methylbut-3-yn-2-ol ; × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	cAMP-dependent protein kinase inhibitor peptide × 1 （Q3SX13） ;4-[2-(4-amino-1,2,5-oxadiazol-3-yl)-6-{[(2R)-2-amino-3-phenylpropyl]oxy}-1-ethyl-1H-imidazo[4,5-c]pyridin-4-yl]-2-methylbut-3-yn-2-ol ; × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	cAMP-dependent protein kinase inhibitor peptide × 1 （Q3SX13） ;4-[2-(4-amino-1,2,5-oxadiazol-3-yl)-6-{[(2R)-2-amino-3-phenylpropyl]oxy}-1-ethyl-1H-imidazo[4,5-c]pyridin-4-yl]-2-methylbut-3-yn-2-ol ; × 1 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	cAMP-dependent protein kinase inhibitor peptide × 1 （Q3SX13） ;4-[2-(4-amino-1,2,5-oxadiazol-3-yl)-6-{[(2R)-2-amino-3-phenylpropyl]oxy}-1-ethyl-1H-imidazo[4,5-c]pyridin-4-yl]-2-methylbut-3-yn-2-ol ; × 1 water × 2	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	cAMP-dependent protein kinase inhibitor peptide × 1 （Q3SX13） ;4-[2-(4-amino-1,2,5-oxadiazol-3-yl)-6-{[(2R)-2-amino-3-phenylpropyl]oxy}-1-ethyl-1H-imidazo[4,5-c]pyridin-4-yl]-2-methylbut-3-yn-2-ol ; × 1 water × 2	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	cAMP-dependent protein kinase inhibitor peptide × 1 （Q3SX13） ;4-[2-(4-amino-1,2,5-oxadiazol-3-yl)-6-{[(2R)-2-amino-3-phenylpropyl]oxy}-1-ethyl-1H-imidazo[4,5-c]pyridin-4-yl]-2-methylbut-3-yn-2-ol ; × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KAPCA_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–350； UniProt 2–351 作者链 B； PDB构建体 1–350； UniProt 2–351 作者链 C； PDB构建体 1–350； UniProt 2–351 作者链 D； PDB构建体 1–350； UniProt 2–351 作者链 E； PDB构建体 1–350； UniProt 2–351 作者链 F； PDB构建体 1–350； UniProt 2–351

cAMP-dependent protein kinase inhibitor peptide

物种未注明

UniProt Q3SX13

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha × 1 （P00517） ;4-[2-(4-amino-1,2,5-oxadiazol-3-yl)-6-{[(2R)-2-amino-3-phenylpropyl]oxy}-1-ethyl-1H-imidazo[4,5-c]pyridin-4-yl]-2-methylbut-3-yn-2-ol ; × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha × 1 （P00517） ;4-[2-(4-amino-1,2,5-oxadiazol-3-yl)-6-{[(2R)-2-amino-3-phenylpropyl]oxy}-1-ethyl-1H-imidazo[4,5-c]pyridin-4-yl]-2-methylbut-3-yn-2-ol ; × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha × 1 （P00517） ;4-[2-(4-amino-1,2,5-oxadiazol-3-yl)-6-{[(2R)-2-amino-3-phenylpropyl]oxy}-1-ethyl-1H-imidazo[4,5-c]pyridin-4-yl]-2-methylbut-3-yn-2-ol ; × 1 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha × 1 （P00517） ;4-[2-(4-amino-1,2,5-oxadiazol-3-yl)-6-{[(2R)-2-amino-3-phenylpropyl]oxy}-1-ethyl-1H-imidazo[4,5-c]pyridin-4-yl]-2-methylbut-3-yn-2-ol ; × 1 water × 2	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha × 1 （P00517） ;4-[2-(4-amino-1,2,5-oxadiazol-3-yl)-6-{[(2R)-2-amino-3-phenylpropyl]oxy}-1-ethyl-1H-imidazo[4,5-c]pyridin-4-yl]-2-methylbut-3-yn-2-ol ; × 1 water × 2	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha × 1 （P00517） ;4-[2-(4-amino-1,2,5-oxadiazol-3-yl)-6-{[(2R)-2-amino-3-phenylpropyl]oxy}-1-ethyl-1H-imidazo[4,5-c]pyridin-4-yl]-2-methylbut-3-yn-2-ol ; × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IPKA_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–20； UniProt 6–25 作者链 H； PDB构建体 1–20； UniProt 6–25 作者链 I； PDB构建体 1–20； UniProt 6–25 作者链 J； PDB构建体 1–20； UniProt 6–25 作者链 K； PDB构建体 1–20； UniProt 6–25 作者链 L； PDB构建体 1–20； UniProt 6–25

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3e8c
沉积日期 deposition_date	2008-08-19
结构标题 title	Crystal structures of the kinase domain of PKA in complex with ATP-competitive inhibitors
关键词 keywords	;PKA, AKT2, kinase, PKI, bovine, inhibitor, ATP-binding, cAMP, Lipoprotein, Myristate, Nucleotide-binding, Nucleus, Phosphoprotein, Serine/threonine-protein kinase, Transferase, Protein kinase inhibitor ;; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3e8c__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3e8c__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3e8c__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	21.89 Å
Rg（电子密度）	20.45 Å
总 Rg	21.61 Å
原子数	3017
残基数	359
排除体积	53915 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3e8c__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3e8c__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3e8c__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3e8c__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`3e8c__assembly_5__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`3e8c__assembly_6__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
分子量 formula_weight	40786.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.11
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	18893

GNAAAAKKGSEQESVKEFLAKAKEDFLKKWENPAQNTAHLDQFERIKTLGTGSFGRVMLVKHMETGNHYAMKILDKQKVVKLKQIEHTLNEKRILQAVNFPFLVKLEFSFKDNSNLYMVMEYVPGGEMFSHLRRIGRFSEPHARFYAAQIVLTFEYLHSLDLIYRDLKPENLLIDQQGYIQVTDFGFAKRVKGRTWTLCGTPEYLAPEIILSKGYNKAVDWWALGVLIYEMAAGYPPFFADQPIQIYEKIVSGKVRFPSHFSSDLKDLLRNLLQVDLTKRFGNLKNGVNDIKNHKWFATTDWIAIYQRKVEAPFIPKFKGPGDTSNFDDYEEEEIRVSINEKCGKEFSEF

来源 Source

来源生物 organism	Bos taurus
通用名 common_name	cow
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9913
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	cAMP-dependent protein kinase inhibitor peptide
分子量 formula_weight	2226.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H,I,J,K,L

TTYADFIASGRTGRRNAIHD

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	;4-[2-(4-amino-1,2,5-oxadiazol-3-yl)-6-{[(2R)-2-amino-3-phenylpropyl]oxy}-1-ethyl-1H-imidazo[4,5-c]pyridin-4-yl]-2-methylbut-3-yn-2-ol ;
分子量 formula_weight	461.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	762

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d3e8ca_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit

结构域编号 domain_id	d3e8cb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit

结构域编号 domain_id	d3e8cc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit

结构域编号 domain_id	d3e8cd_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit

结构域编号 domain_id	d3e8ce_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit

结构域编号 domain_id	d3e8cf_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	3e8cA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	3e8cA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	3e8cB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	3e8cB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	3e8cC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	3e8cC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	3e8cD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	3e8cD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	3e8cE01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	3e8cE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	3e8cF01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	3e8cF02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

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晶胞边长 a length_a	82.460 Å
晶胞边长 b length_b	96.392 Å
晶胞边长 c length_c	180.036 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	102.66 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	46.930 Å
R 因子 r_factor	0.2650
R_work r_work	0.2636
R_free r_free	0.2899

Crystal structures of the kinase domain of PKA in complex with ATP-competitive inhibitors

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

cAMP-dependent protein kinase inhibitor peptide

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3e8c__assembly_1__model_1

3e8c__assembly_1__model_1 | I(q)

3e8c__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (2)

Crystal structures of the kinase domain of PKA in complex with ATP-competitive inhibitors

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

cAMP-dependent protein kinase inhibitor peptide

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3e8c__assembly_1__model_1

3e8c__assembly_1__model_1 | I(q)

3e8c__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (2)