SAXSdb — 3eab

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spastin

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 112–196	片段：UNP residues 112 to 196	CHMP1b × 1 （B2RA72）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；288 K；10% PEG 2000 MME, 0.2 M Ammonia Sulfate, 0.1 M Sodium Acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 2.50 Å R-free 0.268
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 112–196	片段：UNP residues 112 to 196	CHMP1b × 1 （B2RA72）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；288 K；10% PEG 2000 MME, 0.2 M Ammonia Sulfate, 0.1 M Sodium Acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 2.50 Å R-free 0.268
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 112–196	片段：UNP residues 112 to 196	CHMP1b × 1 （B2RA72）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；288 K；10% PEG 2000 MME, 0.2 M Ammonia Sulfate, 0.1 M Sodium Acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 2.50 Å R-free 0.268
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 112–196	片段：UNP residues 112 to 196	CHMP1b × 1 （B2RA72）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；288 K；10% PEG 2000 MME, 0.2 M Ammonia Sulfate, 0.1 M Sodium Acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 2.50 Å R-free 0.268
5	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 112–196	片段：UNP residues 112 to 196	CHMP1b × 1 （B2RA72）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；288 K；10% PEG 2000 MME, 0.2 M Ammonia Sulfate, 0.1 M Sodium Acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 2.50 Å R-free 0.268
6	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 112–196	片段：UNP residues 112 to 196	CHMP1b × 1 （B2RA72）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；288 K；10% PEG 2000 MME, 0.2 M Ammonia Sulfate, 0.1 M Sodium Acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 2.50 Å R-free 0.268

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3EAB	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3VFD Human spastin AAA domain 提交 2012-01-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 228–616（389 aa）片段：AAA domain	突变：E442Q	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；296 K；1.6M (NH3)2SO4, 0.1M MES monohydrate (pH 6.5),10% 1,4-dioxane and 4% benzamidine HCl, 1mM ATP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 3.30 Å R-free 0.275
5Z6Q Crystal structure of AAA of Spastin 提交 2018-01-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 229–616（388 aa）片段：UNP residues 229-616	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；3M (NH4)2SO4, 100mM NH4Cl	分辨率 3.00 Å R-free 0.276
5Z6R SPASTIN AAA WITH ATP 提交 2018-01-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 229–616（388 aa）片段：UNP RESIDUES 229-616	突变：E442Q	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；293 K；25MM TRIS-HCL, 1MM DTT, 1MM MGCL2, 1MM ATP, 2% PEG 3350, 20MM KSCN	分辨率 3.00 Å R-free 0.279
6PEK Structure of Spastin Hexamer (Subunit A-E) in complex with substrate peptide 提交 2019-06-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 87–584（498 aa）链 B 87–584（498 aa）链 C 87–584（498 aa）链 D 87–584（498 aa）链 E 87–584（498 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
6PEN Structure of Spastin Hexamer (whole model) in complex with substrate peptide 提交 2019-06-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 87–584（498 aa）链 B 87–584（498 aa）链 C 87–584（498 aa）链 D 87–584（498 aa）链 E 87–584（498 aa）链 F 87–584（498 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
7S7J Structure of Human SPASTIN-IST1 complex. 提交 2021-09-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 112–195（84 aa）	未记录	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 CA CALCIUM ION × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；278 K；40% v/v PEG 300, 100 mM Sodium cacodylate / Hydrochloric acid pH=6.5, 200 mM Calcium Acetate	分辨率 1.15 Å R-free 0.157

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPAST_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–89； UniProt 112–196 作者链 B； PDB构建体 5–89； UniProt 112–196 作者链 C； PDB构建体 5–89； UniProt 112–196 作者链 D； PDB构建体 5–89； UniProt 112–196 作者链 E； PDB构建体 5–89； UniProt 112–196 作者链 F； PDB构建体 5–89； UniProt 112–196

CHMP1b

Homo sapiens

UniProt B2RA72

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 145–194	片段：UNP residues 145 to 194	Spastin × 1 （Q9UBP0）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；288 K；10% PEG 2000 MME, 0.2 M Ammonia Sulfate, 0.1 M Sodium Acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 2.50 Å R-free 0.268
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 145–194	片段：UNP residues 145 to 194	Spastin × 1 （Q9UBP0）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；288 K；10% PEG 2000 MME, 0.2 M Ammonia Sulfate, 0.1 M Sodium Acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 2.50 Å R-free 0.268
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 145–194	片段：UNP residues 145 to 194	Spastin × 1 （Q9UBP0）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；288 K；10% PEG 2000 MME, 0.2 M Ammonia Sulfate, 0.1 M Sodium Acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 2.50 Å R-free 0.268
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 J； UniProt 145–194	片段：UNP residues 145 to 194	Spastin × 1 （Q9UBP0）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；288 K；10% PEG 2000 MME, 0.2 M Ammonia Sulfate, 0.1 M Sodium Acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 2.50 Å R-free 0.268
5	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 K； UniProt 145–194	片段：UNP residues 145 to 194	Spastin × 1 （Q9UBP0）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；288 K；10% PEG 2000 MME, 0.2 M Ammonia Sulfate, 0.1 M Sodium Acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 2.50 Å R-free 0.268
6	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 L； UniProt 145–194	片段：UNP residues 145 to 194	Spastin × 1 （Q9UBP0）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；288 K；10% PEG 2000 MME, 0.2 M Ammonia Sulfate, 0.1 M Sodium Acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 2.50 Å R-free 0.268

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B2RA72_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–50； UniProt 145–194 作者链 H； PDB构建体 1–50； UniProt 145–194 作者链 I； PDB构建体 1–50； UniProt 145–194 作者链 J； PDB构建体 1–50； UniProt 145–194 作者链 K； PDB构建体 1–50； UniProt 145–194 作者链 L； PDB构建体 1–50； UniProt 145–194

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3eab
沉积日期 deposition_date	2008-08-25
结构标题 title	Crystal structure of Spastin MIT in complex with ESCRT III
关键词 keywords	;Spastin, CHMP, MIT, ESCRT, Alternative splicing, ATP-binding, Cytoplasm, Disease mutation, Hereditary spastic paraplegia, Nucleotide-binding, Nucleus, Polymorphism, CELL CYCLE ;; CELL CYCLE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	44.77 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.21 Å
零角强度 I(0) i0	123031000.00
分子量 molecular_weight	85670.0 kDa
排除体积 excluded_volume	105970 Å³
包络体积 envelope_volume	173480 Å³
水化壳体积 shell_volume	37437 Å³
包络直径 envelope_diameter	156.6 Å
壳层 Rg shell_rg	40.83 Å
包络 Rg envelope_rg	44.73 Å
形状 Rg shape_rg	45.17 Å
总 Rg total_rg	45.06 Å
总原子数 total_atoms	5977
残基数 n_residues	759
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	157.4 Å
Rg (实空间) rg_real	45.12 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.62 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2300e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8040e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	44.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	123000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8126
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	54.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.344
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.561
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3186000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.718; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.617; Smooth: 0.791

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Spastin
分子量 formula_weight	10314.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	5977

MGSMEAERVRVFHKQAFEYISIALRIDEDEKAGQKEQAVEWYKKGIEELEKGIAVIVTGQGEQCERARRLQAKMMTNLVMAKDRLQLLE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	CHMP1b
分子量 formula_weight	5420.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H,I,J,K,L

QVDMLLQEMADEAGLDLNMELPQGQTGSVGTSVASAEQDELSQRLARLRD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	3eabA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit

结构域编号 domain_id	3eabB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit

结构域编号 domain_id	3eabC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit

结构域编号 domain_id	3eabD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit

结构域编号 domain_id	3eabE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit

结构域编号 domain_id	3eabF01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit

结构域编号 domain_id	3eabG00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	440 —

结构域编号 domain_id	3eabI00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	440 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	151.967 Å
晶胞边长 b length_b	95.493 Å
晶胞边长 c length_c	100.360 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	47.650 Å
R 因子 r_factor	0.2320
R_work r_work	0.2320
R_free r_free	0.2680

fit	/app/data/saxs_computation/ea/3eab/3eab.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ea/3eab/3eab.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ea/3eab/3eab.dat

Crystal structure of Spastin MIT in complex with ESCRT III

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spastin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

CHMP1b

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)