3eay

Crystal structure of the human SENP7 catalytic domain

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 63.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sentrin-specific protease 7

Homo sapiens

UniProt Q9BQF6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 662–984 片段:Catalytic domain: Residues 662-984 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;291 K;The reservoir solution contained 1.6 M ammonium sulfate and 100 mM sodium citrate pH 6.5. Single crystals appeared after 2 days from equal volumes of protein solution (10 mg/ml in 5 mM Tris-HCl pH 8.0, 25 mM NaCl) and reservoir solution, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K 分辨率 2.40 Å R-free 0.256

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SENP7_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–323; UniProt 662–984

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3eay

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3eay
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3eay
沉积日期 deposition_date2008-08-26
结构标题 titleCrystal structure of the human SENP7 catalytic domain
关键词 keywords;protease, sentrin-specific protease, ULP, SENP, SUMO, ubiquitin, crystal, Alternative splicing, Hydrolase, Phosphoprotein, Polymorphism, Thiol protease, Ubl conjugation pathway ;; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.00
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.65
零角强度 I(0) i014074900.00
分子量 molecular_weight29254.0 kDa
排除体积 excluded_volume37154 ų
包络体积 envelope_volume43365 ų
水化壳体积 shell_volume19368 ų
包络直径 envelope_diameter65.9
壳层 Rg shell_rg25.04
包络 Rg envelope_rg19.12
形状 Rg shape_rg18.61
总 Rg total_rg19.76
总原子数 total_atoms2063
残基数 n_residues247
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax63.6
Rg (实空间) rg_real19.91
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.36
I(0) (实空间) i0_real1.4070e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.7210e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.93
I(0) (倒空间) i0_reciprocal14080000.0000
解质量估计 total_estimate0.8996
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary25.4
偏度 Skewness skewness0.193
峰度 Kurtosis kurtosis-0.403
角度范围 angular_range— – 0.3950 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2454000.0000
实空间数据点数 n_real_points71
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.899; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.998

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3eayA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology418 — Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20
结构域编号 domain_id3eayA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily130 — Ubiquitin-related

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)