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3edc

Crystal Structure of a 1.6-hexanediol Bound Tetrameric Form of Escherichia coli Lac-repressor Refined to 2.1 Resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 95.2 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lactose operon repressor

Escherichia coli K12

UniProt P03023

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–360 链 B； UniProt 1–360 链 C； UniProt 1–360 链 D； UniProt 1–360 未记录 HEZ HEXANE-1,6-DIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；microseeded, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K 分辨率 2.10 Å R-free 0.201

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3EDC Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1CJG NMR STRUCTURE OF LAC REPRESSOR HP62-DNA COMPLEX 提交 1999-04-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–62（62 aa） 片段：HEADPIECE, RESIDUES 1 - 62
链 B 1–62（62 aa） 片段：HEADPIECE, RESIDUES 1 - 62
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.1；315 K；离子强度（mmCIF原始值）SEE ARTICLE；压力 1
NMR样品组成 SEE ARTICLE
分辨率未提供
1EFA CRYSTAL STRUCTURE OF THE LAC REPRESSOR DIMER BOUND TO OPERATOR AND THE ANTI-INDUCER ONPF 提交 2000-02-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–333（333 aa） 片段：RESIDUES 1-333
链 B 1–333（333 aa） 片段：RESIDUES 1-333
突变：ALA109THR 突变：ALA109THR NPF 2-nitrophenyl beta-D-fucopyranoside × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；ammonium sulfate, PEG 400, HEPES, Glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.60 Å R-free 0.264
1EFA CRYSTAL STRUCTURE OF THE LAC REPRESSOR DIMER BOUND TO OPERATOR AND THE ANTI-INDUCER ONPF 提交 2000-02-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–333（333 aa） 片段：RESIDUES 1-333
突变：ALA109THR NPF 2-nitrophenyl beta-D-fucopyranoside × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；ammonium sulfate, PEG 400, HEPES, Glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.60 Å R-free 0.264
1JWL Structure of the Dimeric lac Repressor/Operator O1/ONPF Complex 提交 2001-09-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–333（333 aa） 片段：C-terminal deletion mutant
链 B 1–333（333 aa） 片段：C-terminal deletion mutant
未记录 NPF 2-nitrophenyl beta-D-fucopyranoside × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；ammonium sulfate, PEG400, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 4.00 Å R-free 0.261
1JWL Structure of the Dimeric lac Repressor/Operator O1/ONPF Complex 提交 2001-09-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–333（333 aa） 片段：C-terminal deletion mutant
未记录 NPF 2-nitrophenyl beta-D-fucopyranoside × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；ammonium sulfate, PEG400, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 4.00 Å R-free 0.261
1JYE Structure of a Dimeric Lac Repressor with C-terminal Deletion and K84L Substitution 提交 2001-09-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–349（349 aa） 片段：C-TERMINAL DELETION MUTANT
突变：YES GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；295 K；Sodium Acetate, Sodium Citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.70 Å R-free 0.241
1JYF Structure of the Dimeric Lac Repressor with an 11-residue C-terminal Deletion. 提交 2001-09-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–349（349 aa） 片段：C-TERMINAL DELETION
未记录 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；295 K；Sodium Citrate, Sodium Acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 3.00 Å R-free 0.252
1L1M SOLUTION STRUCTURE OF A DIMER OF LAC REPRESSOR DNA-BINDING DOMAIN COMPLEXED TO ITS NATURAL OPERATOR O1 提交 2002-02-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–62（62 aa） 片段：N-terminal DNA-binding domain, Residues 1-62
链 B 1–62（62 aa） 片段：N-terminal DNA-binding domain, Residues 1-62
突变：V52C 突变：V52C 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；315 K；离子强度（mmCIF原始值）10mM KPi, 20mM KCl；压力 ambient
NMR样品组成 2mM Lac-HP62-V52C U-15N,13C, 10mM KPi, 20mM KCl, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
1LBG LACTOSE OPERON REPRESSOR BOUND TO 21-BASE PAIR SYMMETRIC OPERATOR DNA, ALPHA CARBONS ONLY 提交 1996-01-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–360（360 aa）
链 B 1–360（360 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 4.80 Å
1LBG LACTOSE OPERON REPRESSOR BOUND TO 21-BASE PAIR SYMMETRIC OPERATOR DNA, ALPHA CARBONS ONLY 提交 1996-01-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–360（360 aa）
链 D 1–360（360 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 4.80 Å
1LBH INTACT LACTOSE OPERON REPRESSOR WITH GRATUITOUS INDUCER IPTG 提交 1996-02-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–360（360 aa）
链 B 1–360（360 aa）
链 C 1–360（360 aa）
链 D 1–360（360 aa）
未记录 IPT 1-methylethyl 1-thio-beta-D-galactopyranoside × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.20 Å
1LBI LAC REPRESSOR 提交 1996-02-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–360（360 aa）
链 B 1–360（360 aa）
链 C 1–360（360 aa）
链 D 1–360（360 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.70 Å
1LCC STRUCTURE OF THE COMPLEX OF LAC REPRESSOR HEADPIECE AND AN 11 BASE-PAIR HALF-OPERATOR DETERMINED BY NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY AND RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS 提交 1993-03-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–51（51 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 1 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1LCD STRUCTURE OF THE COMPLEX OF LAC REPRESSOR HEADPIECE AND AN 11 BASE-PAIR HALF-OPERATOR DETERMINED BY NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY AND RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS 提交 1993-03-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–51（51 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 1 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1LQC LAC REPRESSOR HEADPIECE (RESIDUES 1-56), NMR, 32 STRUCTURES 提交 1996-08-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–56（56 aa） 片段：HEADPIECE, RESIDUES 1 - 56
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1OSL Solution structure of a dimeric lactose DNA-binding domain complexed to a nonspecific DNA sequence 提交 2003-03-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–62（62 aa） 片段：N-terminal DNA-binding domain, residues 1-62
链 B 1–62（62 aa） 片段：N-terminal DNA-binding domain, residues 1-62
突变：V52C 突变：V52C 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.8；300 K；离子强度（mmCIF原始值）400mM KCl, 60mM KPi；压力 ambient
NMR样品组成 2mM LAC-HP62-V52C U-15N,13C, 60mM KPI, 400mM KCL | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
1TLF UNPRECEDENTED QUATERNARY STRUCTURE OF E. COLI LAC REPRESSOR CORE TETRAMER: IMPLICATIONS FOR DNA LOOPING 提交 1995-03-06 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 19–319（301 aa）
链 B 19–319（301 aa）
链 C 19–319（301 aa）
链 D 19–319（301 aa）
未记录 EMC ETHYL MERCURY ION × 4 IPT 1-methylethyl 1-thio-beta-D-galactopyranoside × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.60 Å
2BJC NMR structure of a protein-DNA complex of an altered specificity mutant of the lac repressor headpiece that mimics the gal repressor 提交 2005-02-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–62（62 aa） 片段：DNA BINDING DOMAIN, LAC HEADPIECE RESIDUES 1-62
链 B 1–62（62 aa） 片段：DNA BINDING DOMAIN, LAC HEADPIECE RESIDUES 1-62
突变：YES 突变：YES 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；315 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 1.0
NMR样品组成 95% WATER/5% D2O
分辨率未提供
2KEI Refined Solution Structure of a Dimer of LAC repressor DNA-Binding domain complexed to its natural operator O1 提交 2009-01-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–62（62 aa） 片段：UNP residues 1-62
链 B 1–62（62 aa） 片段：UNP residues 1-62
突变：V52C 突变：V52C 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；315 K；离子强度（mmCIF原始值）0.03；压力 ambient
NMR样品组成 2 mM DNA (5'-D(*DGP*DAP*DAP*DTP*DTP*DGP*DTP*DGP*DAP*DGP*DCP*DGP*DGP*DAP*DTP*DAP*DAP*DCP*DAP*DAP*DTP*DTP*DT)-3'), 2 mM DNA (5'-D(P*DAP*DAP*DAP*DTP*DTP*DGP*DTP*DTP*DAP*DTP*DCP*DCP*DGP*DCP*DTP*DCP*DAP*DCP*DAP*DAP*DTP*DTP*DC)-3'), 2 mM Lac headpiece dimer, 10% D2O, 10 mM potassium phosphate, 20 mM potassium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2KEJ Solution structure of a dimer of LAC repressor DNA-binding domain complexed to its natural operator O2 提交 2009-01-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–62（62 aa） 片段：UNP residues 1-62
链 B 1–62（62 aa） 片段：UNP residues 1-62
突变：V52C 突变：V52C 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；315 K；离子强度（mmCIF原始值）0.03；压力 ambient
NMR样品组成 0.7 mM DNA (5'-D(*DGP*DAP*DAP*DTP*DTP*DGP*DTP*DGP*DAP*DGP*DCP*DGP*DGP*DAP*DTP*DAP*DAP*DCP*DAP*DAP*DTP*DTP*DT)'), 0.7 mM DNA (5'-D(P*DAP*DAP*DAP*DTP*DTP*DGP*DTP*DTP*DAP*DTP*DCP*DCP*DGP*DCP*DTP*DCP*DAP*DCP*DAP*DAP*DTP*DTP*DC)'), 0.7 mM Lac headpiece dimer, 5% D2O, 10 mM potassium phosphate, 20 mM potassium chloride, 5% U-100% 2H d8-glycerol, 0.01% sodium azide, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
2KEK Solution structure of a dimer of LAC repressor DNA-binding domain complexed to its natural operator O3 提交 2009-01-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–62（62 aa） 片段：UNP residues 1-62
链 B 1–62（62 aa） 片段：UNP residues 1-62
突变：V52C 突变：V52C 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；315 K；离子强度（mmCIF原始值）0.03；压力 ambient
NMR样品组成 0.7 mM DNA (5'-strand1-3'), 0.7 mM DNA (5'-strand2-3'), 0.7 mM Lac headpiece dimer, 5% D2O, 10 mM potassium phosphate, 20 mM potassium chloride, 5% U-100% 2H d8-glycerol, 0.01% sodium azide, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
2P9H High resolution structure of the Lactose Repressor bound to IPTG 提交 2007-03-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 62–330（269 aa）
链 B 62–330（269 aa）
未记录 IPT 1-methylethyl 1-thio-beta-D-galactopyranoside × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；281 K；1.4 M Sodium Acetate, 0.1 M Sodium Citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K
分辨率 2.00 Å R-free 0.246
2PAF Crystal Structure of the Lactose Repressor bound to anti-inducer ONPF in induced state 提交 2007-03-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 62–330（269 aa）
链 B 62–330（269 aa）
未记录 NPF 2-nitrophenyl beta-D-fucopyranoside × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；281 K；1.4 M Sodium Acetate, 0.1 M Sodium Citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K
分辨率 3.50 Å R-free 0.265
2PE5 Crystal Structure of the Lac Repressor bound to ONPG in repressed state 提交 2007-04-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–331（330 aa） 片段：sequence database residues 2-331
链 B 2–331（330 aa） 片段：sequence database residues 2-331
突变：S61L 突变：S61L 145 2-nitrophenyl beta-D-galactopyranoside × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；281 K；1.8 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5. 11% PEG 400, 14% glycerol, 10X ONPG, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K
分辨率 3.50 Å R-free 0.287
2PE5 Crystal Structure of the Lac Repressor bound to ONPG in repressed state 提交 2007-04-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 C 2–331（330 aa） 片段：sequence database residues 2-331
突变：S61L 145 2-nitrophenyl beta-D-galactopyranoside × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；281 K；1.8 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5. 11% PEG 400, 14% glycerol, 10X ONPG, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K
分辨率 3.50 Å R-free 0.287

共 21 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LACI_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–360； UniProt 1–360 作者链 B； PDB构建体 1–360； UniProt 1–360 作者链 C； PDB构建体 1–360； UniProt 1–360 作者链 D； PDB构建体 1–360； UniProt 1–360

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3edc

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3edc
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3edc
沉积日期 deposition_date2008-09-03
结构标题 titleCrystal Structure of a 1.6-hexanediol Bound Tetrameric Form of Escherichia coli Lac-repressor Refined to 2.1 Resolution
关键词 keywordsLac-repressor, allosteric, tetramer, DNA-binding, Repressor, Transcription, Transcription regulation; TRANSCRIPTION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.48 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.44 Å
零角强度 I(0) i0263843000.00
分子量 molecular_weight128380.0 kDa
排除体积 excluded_volume160530 ų
包络体积 envelope_volume194090 ų
水化壳体积 shell_volume50508 ų
包络直径 envelope_diameter98.9 Å
壳层 Rg shell_rg39.52 Å
包络 Rg envelope_rg30.31 Å
形状 Rg shape_rg30.44 Å
总 Rg total_rg31.16 Å
总原子数 total_atoms8996
残基数 n_residues1200
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax95.2 Å
Rg (实空间) rg_real31.26 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.45 Å
I(0) (实空间) i0_real2.6380e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.3250e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.36 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal263900000.0000
解质量估计 total_estimate0.9011
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks0
主峰位置 r_peak_primary— Å
偏度 Skewness skewness0.126
峰度 Kurtosis kurtosis-0.483
角度范围 angular_range— – 0.2500 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha95380000.0000
实空间数据点数 n_real_points51
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.934; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.975; Smooth: 0.935
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd3edca_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.93 — Periplasmic binding protein-like I
超家族 Superfamily superfamilyc.93.1 — Periplasmic binding protein-like I
家族 Family familyc.93.1.1 — L-arabinose binding protein-like
结构域编号 domain_idd3edcb_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.93 — Periplasmic binding protein-like I
超家族 Superfamily superfamilyc.93.1 — Periplasmic binding protein-like I
家族 Family familyc.93.1.1 — L-arabinose binding protein-like
结构域编号 domain_idd3edcc_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.93 — Periplasmic binding protein-like I
超家族 Superfamily superfamilyc.93.1 — Periplasmic binding protein-like I
家族 Family familyc.93.1.1 — L-arabinose binding protein-like
结构域编号 domain_idd3edcd_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.93 — Periplasmic binding protein-like I
超家族 Superfamily superfamilyc.93.1 — Periplasmic binding protein-like I
家族 Family familyc.93.1.1 — L-arabinose binding protein-like

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id3edcA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2300 — Response regulator
结构域编号 domain_id3edcA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2300 — Response regulator
结构域编号 domain_id3edcB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2300 — Response regulator
结构域编号 domain_id3edcB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2300 — Response regulator
结构域编号 domain_id3edcC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2300 — Response regulator
结构域编号 domain_id3edcC02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2300 — Response regulator
结构域编号 domain_id3edcD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2300 — Response regulator
结构域编号 domain_id3edcD02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2300 — Response regulator
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)