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3ee1

Novel fold of VirA, a type III secretion system effector protein from Shigella flexneri

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 98.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Effector protein virA

Shigella flexneri

UniProt Q7BU69

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 14–400 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.01 Å R-free 0.256
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 14–400 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.01 Å R-free 0.256

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3EE1 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3EB8 VirA 提交 2008-08-27 构建体不同 突变/修饰不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 45–400（356 aa） 片段：delta44
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.40 Å R-free 0.267
3EB8 VirA 提交 2008-08-27 构建体不同 突变/修饰不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 45–400（356 aa） 片段：delta44
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.40 Å R-free 0.267
3EB8 VirA 提交 2008-08-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 45–400（356 aa） 片段：delta44
链 B 45–400（356 aa） 片段：delta44
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.40 Å R-free 0.267
4FMB VirA-Rab1 complex structure 提交 2012-06-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 45–400（356 aa）
未记录 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.6；298 K；0.8 M ammonium sulfate and 0.1 M Tris-HCl (pH 7.6), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.20 Å R-free 0.247
4FMB VirA-Rab1 complex structure 提交 2012-06-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 45–400（356 aa）
未记录 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.6；298 K；0.8 M ammonium sulfate and 0.1 M Tris-HCl (pH 7.6), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.20 Å R-free 0.247
4FMB VirA-Rab1 complex structure 提交 2012-06-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 45–400（356 aa）
未记录 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.6；298 K；0.8 M ammonium sulfate and 0.1 M Tris-HCl (pH 7.6), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.20 Å R-free 0.247
4FMB VirA-Rab1 complex structure 提交 2012-06-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 45–400（356 aa）
链 C 45–400（356 aa）
链 E 45–400（356 aa）
未记录 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 6 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.6；298 K；0.8 M ammonium sulfate and 0.1 M Tris-HCl (pH 7.6), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.20 Å R-free 0.247

共 2 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VIRA_SHIFL
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 14–400； UniProt 14–400 作者链 B； PDB构建体 14–400； UniProt 14–400

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3ee1

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3ee1
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3ee1
沉积日期 deposition_date2008-09-03
结构标题 titleNovel fold of VirA, a type III secretion system effector protein from Shigella flexneri
关键词 keywordsbeta barrels, six-stranded beta barrel, Hydrolase, Protease, Secreted, Thiol protease, Virulence; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.08 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.64 Å
零角强度 I(0) i092615600.00
分子量 molecular_weight74945.0 kDa
排除体积 excluded_volume93206 ų
包络体积 envelope_volume121200 ų
水化壳体积 shell_volume35047 ų
包络直径 envelope_diameter106.3 Å
壳层 Rg shell_rg35.96 Å
包络 Rg envelope_rg29.62 Å
形状 Rg shape_rg29.64 Å
总 Rg total_rg30.25 Å
总原子数 total_atoms5244
残基数 n_residues672
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax98.5 Å
Rg (实空间) rg_real30.10 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.56 Å
I(0) (实空间) i0_real9.2620e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4180e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.09 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal92610000.0000
解质量估计 total_estimate0.8871
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary35.3 Å
偏度 Skewness skewness0.375
峰度 Kurtosis kurtosis-0.324
角度范围 angular_range— – 0.2650 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha19390000.0000
实空间数据点数 n_real_points54
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.890; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.866
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3ee1A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily460 — EspG protein, N-terminal domain
结构域编号 domain_id3ee1B01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily460 — EspG protein, N-terminal domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)