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3eh3

Structure of the reduced form of cytochrome ba3 oxidase from Thermus thermophilus

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome c oxidase subunit 1

Thermus thermophilus

UniProt Q5SJ79

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 Cytochrome c oxidase subunit 2 × 1 （Q5SJ80） Cytochrome c oxidase polypeptide 2A × 1 （P82543） COPPER (I) ION × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEME-AS × 1 DINUCLEAR COPPER ION × 1 与蛋白数一致
2 蛋白单体 单体 蛋白 1 COPPER (I) ION × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEME-AS × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
3eh3 3eh4 3eh5

共 3 个 assembly

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
1ehk 2qpd 2qpe 3bvd 3eh3 3eh4 3eh5 3qjq 3qjr 3qjs 3qjt 3qju

共 41 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 COX1_THET8
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 58–618； UniProt 2–562

Cytochrome c oxidase subunit 2

Thermus thermophilus

UniProt Q5SJ80

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 Cytochrome c oxidase subunit 1 × 1 （Q5SJ79） Cytochrome c oxidase polypeptide 2A × 1 （P82543） COPPER (I) ION × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEME-AS × 1 DINUCLEAR COPPER ION × 1 与蛋白数一致
3 蛋白单体 单体 蛋白 1 DINUCLEAR COPPER ION × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
3eh3 3eh4 3eh5

共 3 个 assembly

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
1ehk 2qpd 2qpe 3bvd 3eh3 3eh4 3eh5 3qjq 3qjr 3qjs 3qjt 3qju

共 41 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 COX2_THET8
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–166； UniProt 3–168

Cytochrome c oxidase polypeptide 2A

Thermus thermophilus

UniProt P82543

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 Cytochrome c oxidase subunit 1 × 1 （Q5SJ79） Cytochrome c oxidase subunit 2 × 1 （Q5SJ80） COPPER (I) ION × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEME-AS × 1 DINUCLEAR COPPER ION × 1 与蛋白数一致
4 蛋白单体 单体 蛋白 1 无其他共同聚合物 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
3eh3 3eh4 3eh5

共 3 个 assembly

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
1ehk 1xme 2qpd 2qpe 3bvd 3eh3 3eh4 3eh5 3qjq 3qjr 3qjs 3qjt

共 40 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 COXA_THET8
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–33； UniProt 2–34

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3eh3
沉积日期 deposition_date2008-09-11
结构标题 titleStructure of the reduced form of cytochrome ba3 oxidase from Thermus thermophilus
关键词 keywords;CYTOCHROME BA3 OXIDASE, HEME, INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN, COPPER, ELECTRON TRANSPORT, HYDROGEN ION TRANSPORT, ION TRANSPORT, IRON, METAL-BINDING, OXIDOREDUCTASE, RESPIRATORY CHAIN, TRANSMEMBRANE, TRANSPORT, FORMYLATION, Cell membrane, Membrane ;; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3eh3__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3eh3__assembly_2__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3eh3__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）24.21 Å
Rg（电子密度）22.82 Å
总 Rg23.90 Å
原子数4518
残基数557
排除体积83085 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 3eh3__assembly_1__model_1 trimeric （3） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 3eh3__assembly_2__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
3 1 3eh3__assembly_3__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
4 1 3eh3__assembly_4__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd3eh3a_
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.24 — Cytochrome c oxidase subunit I-like
超家族 Superfamily superfamilyf.24.1 — Cytochrome c oxidase subunit I-like
家族 Family familyf.24.1.1 — Cytochrome c oxidase subunit I-like
结构域编号 domain_idd3eh3b1
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.17 — Transmembrane helix hairpin
超家族 Superfamily superfamilyf.17.2 — Cytochrome c oxidase subunit II-like, transmembrane region
家族 Family familyf.17.2.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3eh3b2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.6.1 — Cupredoxins
家族 Family familyb.6.1.2 — Periplasmic domain of cytochrome c oxidase subunit II
结构域编号 domain_idd3eh3c_
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.23 — Single transmembrane helix
超家族 Superfamily superfamilyf.23.9 — Bacterial ba3 type cytochrome c oxidase subunit IIa
家族 Family familyf.23.9.1 — Bacterial ba3 type cytochrome c oxidase subunit IIa

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id3eh3A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology210 — Cytochrome C Oxidase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain
结构域编号 domain_id3eh3B01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1070 — Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins
结构域编号 domain_id3eh3B02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Cupredoxins - blue copper proteins
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7. 引用文献 (3)