3ehb

A D-Pathway Mutation Decouples the Paracoccus Denitrificans Cytochrome c Oxidase by Altering the side chain orientation of a distant, conserved Glutamate

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome c oxidase subunit 1-beta

Paracoccus denitrificans

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Cytochrome c oxidase subunit 2 × 1 （P08306） FV fragment Chain H × 1 FV fragment Chain L × 1 HEME-A × 2 COPPER (II) ION × 3 MAGNESIUM ION × 1 CALCIUM ION × 1 LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 9 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 12 PEROXIDE ION × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	COX1B_PARDE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–558； UniProt 1–558

Cytochrome c oxidase subunit 2

Paracoccus denitrificans

UniProt P08306

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Cytochrome c oxidase subunit 1-beta × 1 （P98002） FV fragment Chain H × 1 FV fragment Chain L × 1 HEME-A × 2 COPPER (II) ION × 3 MAGNESIUM ION × 1 CALCIUM ION × 1 LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 9 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 12 PEROXIDE ION × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	COX2_PARDE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–298； UniProt 1–298

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3ehb
沉积日期 deposition_date	2008-09-12
结构标题 title	A D-Pathway Mutation Decouples the Paracoccus Denitrificans Cytochrome c Oxidase by Altering the side chain orientation of a distant, conserved Glutamate
关键词 keywords	;proton pumping, water chain, electron transfer, Cell inner membrane, Cell membrane, Copper, Electron transport, Heme, Hydrogen ion transport, Ion transport, Iron, Membrane, Metal-binding, Oxidoreductase, Respiratory chain, Transmembrane, Transport, Pyrrolidone carboxylic acid, OXIDOREDUCTASE-IMMUNE SYSTEM COMPLEX ;; OXIDOREDUCTASE/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3ehb__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3ehb__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3ehb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	34.16 Å
Rg（电子密度）	33.27 Å
总 Rg	33.80 Å
原子数	8617
残基数	1011
排除体积	157740 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3ehb__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 1-beta
分子量 formula_weight	62487.6 kDa
EC 编号 ec_number	1.9.3.1
突变 mutation	N131D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	9036

MADAAVHGHGDHHDTRGFFTRWFMSTNHKDIGILYLFTAGIVGLISVCFTVYMRMELQHPGVQYMCLEGARLIADASAECTPNGHLWNVMITYHGVLMMFFVVIPALFGGFGNYFMPLHIGAPDMAFPRLDNLSYWMYVCGVALGVASLLAPGGNDQMGSGVGWVLYPPLSTTEAGYSMDLAIFAVHVSGASSILGAINIITTFLNMRAPGMTLFKVPLFAWSVFITAWLILLSLPVLAGAITMLLMDRNFGTQFFDPAGGGDPVLYQHILWFFGHPEVYIIILPGFGIISHVISTFAKKPIFGYLPMVLAMAAIGILGFVVWAHHMYTAGMSLTQQAYFMLATMTIAVPTGIKVFSWIATMWGGSIEFKTPMLWAFGFLFLFTVGGVTGVVLSQAPLDRVYHDTYYVVAHFHYVMSLGAVFGIFAGVYYWIGKMSGRQYPEWAGQLHFWMMFIGSNLIFFPQHFLGRQGMPRRYIDYPVEFAYWNNISSIGAYISFASFLFFIGIVFYTLFAGKRVNVPNYWNEHADTLEWTLPSPPPEHTFETLPKREDWDRAHAH

来源 Source

来源生物 organism	Paracoccus denitrificans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	266
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 2
分子量 formula_weight	32563.6 kDa
EC 编号 ec_number	1.9.3.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MMAIATKRRGVAAVMSLGVATMTAVPALAQDVLGDLPVIGKPVNGGMNFQPASSPLAHDQQWLDHFVLYIITAVTIFVCLLLLICIVRFNRRANPVPARFTHNTPIEVIWTLVPVLILVAIGAFSLPILFRSQEMPNDPDLVIKAIGHQWYWSYEYPNDGVAFDALMLEKEALADAGYSEDEYLLATDNPVVVPVGKKVLVQVTATDVIHAWTIPAFAVKQDAVPGRIAQLWFSVDQEGVYFGQCSELCGINHAYMPIVVKAVSQEKYEAWLAGAKEEFAADASDYLPASPVKLASAE

来源 Source

来源生物 organism	Paracoccus denitrificans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	266
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	FV fragment Chain H
分子量 formula_weight	14324.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

EVKLQESGGDLVQPGGSLKLSCAASGFTFSSYTMSWVRQTPEKRLEWVASINNGGGRTYYPDTVKGRFTISRDNAKNTLYLQMSSLKSEDTAMYYCVRHEYYYAMDYWGQGTTVTVSSAWRHPQFGG

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	FV fragment Chain L
分子量 formula_weight	13260.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

DIELTQTPVSLSASVGETVTITCRASENIYSYLAWYQQKQGKSPQFLVYNAKTLGEGVPSRFSGSGSGTQFSLKINSLLPEDFGSYYCQHHYGTPPLTFGGGTKLEIKREQKLISEEDLM

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	HEME-A
分子量 formula_weight	852.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	COPPER (II) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE
分子量 formula_weight	229.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	PEROXIDE ION
分子量 formula_weight	32.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 12 Entity 12 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	379

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_id	d3ehba_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.24 — Cytochrome c oxidase subunit I-like
超家族 Superfamily superfamily	f.24.1 — Cytochrome c oxidase subunit I-like
家族 Family family	f.24.1.1 — Cytochrome c oxidase subunit I-like

结构域编号 domain_id	d3ehbb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.6.1 — Cupredoxins
家族 Family family	b.6.1.2 — Periplasmic domain of cytochrome c oxidase subunit II

结构域编号 domain_id	d3ehbb2
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.17 — Transmembrane helix hairpin
超家族 Superfamily superfamily	f.17.2 — Cytochrome c oxidase subunit II-like, transmembrane region
家族 Family family	f.17.2.1 — Cytochrome c oxidase subunit II-like, transmembrane region

结构域编号 domain_id	d3ehbc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d3ehbd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	3ehbA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	210 — Cytochrome C Oxidase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain

结构域编号 domain_id	3ehbB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	3ehbB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 —

结构域编号 domain_id	3ehbC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3ehbD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	84.461 Å
晶胞边长 b length_b	151.332 Å
晶胞边长 c length_c	157.487 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.320 Å
最低分辨率 resolution_low	19.690 Å
R 因子 r_factor	0.2062
R_work r_work	0.2051
R_free r_free	0.2424

A D-Pathway Mutation Decouples the Paracoccus Denitrificans Cytochrome c Oxidase by Altering the side chain orientation of a distant, conserved Glutamate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome c oxidase subunit 1-beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome c oxidase subunit 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3ehb__assembly_1__model_1

3ehb__assembly_1__model_1 | I(q)

3ehb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)