3ej7

Structural and mechanistic analysis of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase activity

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Alpha-subunit of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase

Pseudomonas pavonaceae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Beta-subunit of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase × 3 （Q9EV84） SULFATE ION × 1 water × 6	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Beta-subunit of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase × 3 （Q9EV84） water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9EV85_PSEPV
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 C； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 E； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 G； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 I； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 K； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76

Beta-subunit of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase

Pseudomonas pavonaceae

UniProt Q9EV84

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Alpha-subunit of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase × 3 （Q9EV85） SULFATE ION × 1 water × 6	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Alpha-subunit of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase × 3 （Q9EV85） water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9EV84_PSEPV
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–70； UniProt 2–71 作者链 D； PDB构建体 1–70； UniProt 2–71 作者链 F； PDB构建体 1–70； UniProt 2–71 作者链 H； PDB构建体 1–70； UniProt 2–71 作者链 J； PDB构建体 1–70； UniProt 2–71 作者链 L； PDB构建体 1–70； UniProt 2–71

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3ej7
沉积日期 deposition_date	2008-09-17
结构标题 title	Structural and mechanistic analysis of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase activity
关键词 keywords	trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase, CaaD, dehalogenase, Isomerase, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3ej7__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3ej7__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3ej7__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	19.98 Å
Rg（电子密度）	18.68 Å
总 Rg	19.59 Å
原子数	2630
残基数	342
排除体积	46696 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3ej7__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3ej7__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Alpha-subunit of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase
分子量 formula_weight	8400.6 kDa
突变 mutation	R8A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G,I,K
原子数 atom_count	5887

MPMISCDMAYGRTDEQKRALSAGLLRVISEATGEPRENIFFVIREGSGINFVEHGEHLPDYVPGNANDKALIAKLK

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas pavonaceae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	47881
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Beta-subunit of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase
分子量 formula_weight	7516.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H,J,L

PFIECHIATGLSVARKQQLIRDVIDVTNKSIGSDPKIINVLLVEHAEANMSISGRIHGEAASTERTPAVS

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas pavonaceae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	47881
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	554

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d3ej7a_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamily	d.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family family	d.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like

结构域编号 domain_id	d3ej7b_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamily	d.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family family	d.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like

结构域编号 domain_id	d3ej7c_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamily	d.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family family	d.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like

结构域编号 domain_id	d3ej7d_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamily	d.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family family	d.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like

结构域编号 domain_id	d3ej7e_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamily	d.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family family	d.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like

结构域编号 domain_id	d3ej7f_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamily	d.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family family	d.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like

结构域编号 domain_id	d3ej7g_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamily	d.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family family	d.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like

结构域编号 domain_id	d3ej7h_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamily	d.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family family	d.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like

结构域编号 domain_id	d3ej7i_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamily	d.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family family	d.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like

结构域编号 domain_id	d3ej7j_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamily	d.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family family	d.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like

结构域编号 domain_id	d3ej7k_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamily	d.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family family	d.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like

结构域编号 domain_id	d3ej7l_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamily	d.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family family	d.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	3ej7A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor

结构域编号 domain_id	3ej7B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor

结构域编号 domain_id	3ej7C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor

结构域编号 domain_id	3ej7D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor

结构域编号 domain_id	3ej7E00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor

结构域编号 domain_id	3ej7F00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor

结构域编号 domain_id	3ej7G00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor

结构域编号 domain_id	3ej7H00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor

结构域编号 domain_id	3ej7I00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor

结构域编号 domain_id	3ej7J00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor

结构域编号 domain_id	3ej7K00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor

结构域编号 domain_id	3ej7L00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor

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晶胞边长 a length_a	60.249 Å
晶胞边长 b length_b	83.625 Å
晶胞边长 c length_c	124.063 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	69.300 Å
R 因子 r_factor	0.2054
R_work r_work	0.2021
R_free r_free	0.2686

Structural and mechanistic analysis of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase activity

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Alpha-subunit of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Beta-subunit of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3ej7__assembly_2__model_1

3ej7__assembly_2__model_1 | I(q)

3ej7__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Structural and mechanistic analysis of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase activity

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Alpha-subunit of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Beta-subunit of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3ej7__assembly_2__model_1

3ej7__assembly_2__model_1 | I(q)

3ej7__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)