3ekb

Crystal structure of the A264C mutant heme domain of cytochrome P450 BM3

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 128.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome P450(BM-3)

Bacillus megaterium

UniProt P14779

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–471 片段:BM3 heme domain 突变:A264C HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6;293 K;PEG and Magnesium sulphate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 2.30 Å R-free 0.302
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 2–471 片段:BM3 heme domain 突变:A264C HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6;293 K;PEG and Magnesium sulphate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 2.30 Å R-free 0.302

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 168 个其他 PDB 条目、310 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CPXB_BACME
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–470; UniProt 2–471 作者链 B; PDB构建体 1–470; UniProt 2–471

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3ekb

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3ekb
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3ekb
沉积日期 deposition_date2008-09-19
结构标题 titleCrystal structure of the A264C mutant heme domain of cytochrome P450 BM3
关键词 keywords;heme ligation, P450, cytochrome, Cytoplasm, Electron transport, FAD, Flavoprotein, FMN, Heme, Iron, Metal-binding, Monooxygenase, Multifunctional enzyme, NADP, Oxidoreductase, Transport ;; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier39.93
回转半径 Rg (电子) rg_electron39.70
零角强度 I(0) i0147634000.00
分子量 molecular_weight101050.0 kDa
排除体积 excluded_volume127030 ų
包络体积 envelope_volume169120 ų
水化壳体积 shell_volume35167 ų
包络直径 envelope_diameter134.1
壳层 Rg shell_rg46.13
包络 Rg envelope_rg38.57
形状 Rg shape_rg39.71
总 Rg total_rg40.02
总原子数 total_atoms7128
残基数 n_residues899
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax128.8
Rg (实空间) rg_real40.24
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.11
I(0) (实空间) i0_real1.4760e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.5470e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal40.06
I(0) (倒空间) i0_reciprocal147600000.0000
解质量估计 total_estimate0.7655
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary29.0
偏度 Skewness skewness0.286
峰度 Kurtosis kurtosis-0.923
角度范围 angular_range— – 0.2000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha33350000.0000
实空间数据点数 n_real_points41
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.547; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.667; Smooth: 0.638

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd3ekba_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.1 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_idd3ekbb_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.1 — Cytochrome P450

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3ekbA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_id3ekbB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)