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3enj

Structure of Pig Heart Citrate Synthase at 1.78 A resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 74.8 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Citrate synthase

物种未注明

UniProt P00889

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 28–464 未记录 CYS CYSTEINE × 2 CL CHLORIDE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.2；295 K；25% PEG 3350 in H2O in the presence of cystamine HCl, aspartame, benzamidine HCl and Tris-HCl buffer, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K 分辨率 1.78 Å R-free 0.222

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3ENJ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1CTS CRYSTALLOGRAPHIC REFINEMENT AND ATOMIC MODELS OF TWO DIFFERENT FORMS OF CITRATE SYNTHASE AT 2.7 AND 1.7 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1984-01-27 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 28–464（437 aa）
未记录 CIT CITRIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.70 Å
2CTS CRYSTALLOGRAPHIC REFINEMENT AND ATOMIC MODELS OF TWO DIFFERENT FORMS OF CITRATE SYNTHASE AT 2.7 AND 1.7 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1984-01-27 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 28–464（437 aa）
未记录 COA COENZYME A × 2 CIT CITRIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.00 Å
4CTS CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS AND MOLECULAR MODEL OF A COMPLEX OF CITRATE SYNTHASE WITH OXALOACETATE AND S-ACETONYL-COENZYME A 提交 1984-01-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 28–464（437 aa）
链 B 28–464（437 aa）
未记录 OAA OXALOACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.90 Å
5UQS Crystal structure of Citrate synthase from Sus scrofa 提交 2017-02-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–464（464 aa）
链 C 1–464（464 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.2 NaTartrate pH 7.85, 20% PEG3350
分辨率 1.60 Å R-free 0.178

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CISY_PIG
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–437； UniProt 28–464

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3enj

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3enj
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3enj
沉积日期 deposition_date2008-09-25
结构标题 titleStructure of Pig Heart Citrate Synthase at 1.78 A resolution
关键词 keywords;disulfide exchange, Structural Genomics, PSI-2, Protein Structure Initiative, Center for High-Throughput Structural Biology, CHTSB, Methylation, Mitochondrion, Transferase, Transit peptide, Tricarboxylic acid cycle, LYASE ;; LYASE, TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.11 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.94 Å
零角强度 I(0) i039602300.00
分子量 molecular_weight49050.0 kDa
排除体积 excluded_volume61626 ų
包络体积 envelope_volume75772 ų
水化壳体积 shell_volume27306 ų
包络直径 envelope_diameter77.5 Å
壳层 Rg shell_rg30.39 Å
包络 Rg envelope_rg23.34 Å
形状 Rg shape_rg22.92 Å
总 Rg total_rg23.91 Å
总原子数 total_atoms6896
残基数 n_residues437
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax74.8 Å
Rg (实空间) rg_real24.02 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.35 Å
I(0) (实空间) i0_real3.9600e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.3240e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.04 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal39600000.0000
解质量估计 total_estimate0.9051
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary28.0 Å
偏度 Skewness skewness0.252
峰度 Kurtosis kurtosis-0.414
角度范围 angular_range— – 0.3300 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7016000.0000
实空间数据点数 n_real_points65
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.930; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.974
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd3enja_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.103 — Citrate synthase
超家族 Superfamily superfamilya.103.1 — Citrate synthase
家族 Family familya.103.1.1 — Citrate synthase

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3enjA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology580 — Citrate Synthase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Citrate Synthase, domain 1
结构域编号 domain_id3enjA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology230 — Cytochrome p450-Terp; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450-Terp, domain 2
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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)