3eoo

2.9A crystal structure of methyl-isocitrate lyase from Burkholderia pseudomallei

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Methylisocitrate lyase

Burkholderia pseudomallei 1655

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	无其他共同聚合物	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	无其他共同聚合物	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	无其他共同聚合物	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	无其他共同聚合物	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B2H5R7_BURPS
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–298； UniProt 11–308 作者链 B； PDB构建体 1–298； UniProt 11–308 作者链 C； PDB构建体 1–298； UniProt 11–308 作者链 D； PDB构建体 1–298； UniProt 11–308 作者链 E； PDB构建体 1–298； UniProt 11–308 作者链 F； PDB构建体 1–298； UniProt 11–308 作者链 G； PDB构建体 1–298； UniProt 11–308 作者链 H； PDB构建体 1–298； UniProt 11–308 作者链 I； PDB构建体 1–298； UniProt 11–308 作者链 J； PDB构建体 1–298； UniProt 11–308 作者链 K； PDB构建体 1–298； UniProt 11–308 作者链 L； PDB构建体 1–298； UniProt 11–308 作者链 M； PDB构建体 1–298； UniProt 11–308 作者链 N； PDB构建体 1–298； UniProt 11–308 作者链 O； PDB构建体 1–298； UniProt 11–308 作者链 P； PDB构建体 1–298； UniProt 11–308

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3eoo
沉积日期 deposition_date	2008-09-28
结构标题 title	2.9A crystal structure of methyl-isocitrate lyase from Burkholderia pseudomallei
关键词 keywords	BURKHOLDERIA, PSEUDOMALLEI, METHYL-ISOCITRATE, LYASE, SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE, SSGCID; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3eoo__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3eoo__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3eoo__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.15 Å
Rg（电子密度）	30.13 Å
总 Rg	30.89 Å
原子数	8682
残基数	1152
排除体积	154900 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3eoo__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3eoo__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3eoo__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3eoo__assembly_4__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

结构域编号 domain_id	d3eooa_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.12 — Phosphoenolpyruvate/pyruvate domain
家族 Family family	c.1.12.7 — Phosphoenolpyruvate mutase/Isocitrate lyase-like

结构域编号 domain_id	d3eoob_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.12 — Phosphoenolpyruvate/pyruvate domain
家族 Family family	c.1.12.7 — Phosphoenolpyruvate mutase/Isocitrate lyase-like

结构域编号 domain_id	d3eooc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.12 — Phosphoenolpyruvate/pyruvate domain
家族 Family family	c.1.12.7 — Phosphoenolpyruvate mutase/Isocitrate lyase-like

结构域编号 domain_id	d3eood_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.12 — Phosphoenolpyruvate/pyruvate domain
家族 Family family	c.1.12.7 — Phosphoenolpyruvate mutase/Isocitrate lyase-like

结构域编号 domain_id	d3eooe_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.12 — Phosphoenolpyruvate/pyruvate domain
家族 Family family	c.1.12.7 — Phosphoenolpyruvate mutase/Isocitrate lyase-like

结构域编号 domain_id	d3eoof_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.12 — Phosphoenolpyruvate/pyruvate domain
家族 Family family	c.1.12.7 — Phosphoenolpyruvate mutase/Isocitrate lyase-like

结构域编号 domain_id	d3eoog_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.12 — Phosphoenolpyruvate/pyruvate domain
家族 Family family	c.1.12.7 — Phosphoenolpyruvate mutase/Isocitrate lyase-like

结构域编号 domain_id	d3eooh_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.12 — Phosphoenolpyruvate/pyruvate domain
家族 Family family	c.1.12.7 — Phosphoenolpyruvate mutase/Isocitrate lyase-like

结构域编号 domain_id	d3eooi_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.12 — Phosphoenolpyruvate/pyruvate domain
家族 Family family	c.1.12.7 — Phosphoenolpyruvate mutase/Isocitrate lyase-like

结构域编号 domain_id	d3eooj_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.12 — Phosphoenolpyruvate/pyruvate domain
家族 Family family	c.1.12.7 — Phosphoenolpyruvate mutase/Isocitrate lyase-like

结构域编号 domain_id	d3eook_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.12 — Phosphoenolpyruvate/pyruvate domain
家族 Family family	c.1.12.7 — Phosphoenolpyruvate mutase/Isocitrate lyase-like

结构域编号 domain_id	d3eool_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.12 — Phosphoenolpyruvate/pyruvate domain
家族 Family family	c.1.12.7 — Phosphoenolpyruvate mutase/Isocitrate lyase-like

结构域编号 domain_id	d3eoom_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.12 — Phosphoenolpyruvate/pyruvate domain
家族 Family family	c.1.12.7 — Phosphoenolpyruvate mutase/Isocitrate lyase-like

结构域编号 domain_id	d3eoon_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.12 — Phosphoenolpyruvate/pyruvate domain
家族 Family family	c.1.12.7 — Phosphoenolpyruvate mutase/Isocitrate lyase-like

结构域编号 domain_id	d3eooo_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.12 — Phosphoenolpyruvate/pyruvate domain
家族 Family family	c.1.12.7 — Phosphoenolpyruvate mutase/Isocitrate lyase-like

结构域编号 domain_id	d3eoop_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.12 — Phosphoenolpyruvate/pyruvate domain
家族 Family family	c.1.12.7 — Phosphoenolpyruvate mutase/Isocitrate lyase-like

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	3eooA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Phosphoenolpyruvate-binding domains

结构域编号 domain_id	3eooB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Phosphoenolpyruvate-binding domains

结构域编号 domain_id	3eooC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Phosphoenolpyruvate-binding domains

结构域编号 domain_id	3eooD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Phosphoenolpyruvate-binding domains

结构域编号 domain_id	3eooE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Phosphoenolpyruvate-binding domains

结构域编号 domain_id	3eooF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Phosphoenolpyruvate-binding domains

结构域编号 domain_id	3eooG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Phosphoenolpyruvate-binding domains

结构域编号 domain_id	3eooH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Phosphoenolpyruvate-binding domains

结构域编号 domain_id	3eooI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Phosphoenolpyruvate-binding domains

结构域编号 domain_id	3eooJ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Phosphoenolpyruvate-binding domains

结构域编号 domain_id	3eooK00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Phosphoenolpyruvate-binding domains

结构域编号 domain_id	3eooL00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Phosphoenolpyruvate-binding domains

结构域编号 domain_id	3eooM00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Phosphoenolpyruvate-binding domains

结构域编号 domain_id	3eooN00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Phosphoenolpyruvate-binding domains

结构域编号 domain_id	3eooO00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Phosphoenolpyruvate-binding domains

结构域编号 domain_id	3eooP00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Phosphoenolpyruvate-binding domains

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晶胞边长 a length_a	163.807 Å
晶胞边长 b length_b	172.404 Å
晶胞边长 c length_c	179.277 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	64

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	48.000 Å
R 因子 r_factor	0.2400
R_work r_work	0.2370
R_free r_free	0.2990

描述 description	Methylisocitrate lyase
分子量 formula_weight	32009.4 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.3.30
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	16

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P
原子数 atom_count	34623

2.9A crystal structure of methyl-isocitrate lyase from Burkholderia pseudomallei

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Methylisocitrate lyase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3eoo__assembly_3__model_1

3eoo__assembly_3__model_1 | I(q)

3eoo__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)

来源生物 organism	Burkholderia pseudomallei 1655
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	331109
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

2.9A crystal structure of methyl-isocitrate lyase from Burkholderia pseudomallei

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Methylisocitrate lyase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3eoo__assembly_3__model_1

3eoo__assembly_3__model_1 | I(q)

3eoo__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)