3erj

Crystal structure of the peptidyl-tRNA hydrolase AF2095 from Archaeglobus fulgidis. Northeast Structural Genomics Consortium target GR4

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peptidyl-tRNA hydrolase

Archaeoglobus fulgidus

UniProt O28185

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PTH_ARCFU
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–115; UniProt 1–115 作者链 B; PDB构建体 1–115; UniProt 1–115

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3erj
沉积日期 deposition_date2008-10-02
结构标题 titleCrystal structure of the peptidyl-tRNA hydrolase AF2095 from Archaeglobus fulgidis. Northeast Structural Genomics Consortium target GR4
关键词 keywords;alpha-beta, Structural Genomics, PSI-2, Protein Structure Initiative, Northeast Structural Genomics Consortium, NESG, Cytoplasm, Hydrolase ;; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3erj__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3erj__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

3erj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)18.22 Å
Rg(电子密度)16.92 Å
总 Rg18.06 Å
原子数1734
残基数227
排除体积31769 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 3erj__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd3erja2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.131 — Peptidyl-tRNA hydrolase II
超家族 Superfamily superfamilyc.131.1 — Peptidyl-tRNA hydrolase II
家族 Family familyc.131.1.1 — Peptidyl-tRNA hydrolase II
结构域编号 domain_idd3erja3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd3erjb_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.131 — Peptidyl-tRNA hydrolase II
超家族 Superfamily superfamilyc.131.1 — Peptidyl-tRNA hydrolase II
家族 Family familyc.131.1.1 — Peptidyl-tRNA hydrolase II

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3erjA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology1490 — Bit1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Bit1
结构域编号 domain_id3erjB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology1490 — Bit1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Bit1
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7. 引用文献 (1)