SAXSdb — 3es9

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NADPH--cytochrome P450 reductase

Rattus norvegicus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NCPR_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–618； UniProt 57–678 作者链 B； PDB构建体 1–618； UniProt 57–678 作者链 C； PDB构建体 1–618； UniProt 57–678

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3es9
沉积日期 deposition_date	2008-10-05
结构标题 title	NADPH-Cytochrome P450 Reductase in an Open Conformation
关键词 keywords	;Cytochrome P450 Reductase, Oxidoreductase, Open Conformation, Acetylation, Endoplasmic reticulum, FAD, Flavoprotein, FMN, Membrane, NADP, Phosphoprotein ;; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3es9__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3es9__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3es9__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.20 Å
Rg（电子密度）	25.34 Å
总 Rg	26.09 Å
原子数	3545
残基数	435
排除体积	62649 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3es9__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3es9__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3es9__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	NADPH--cytochrome P450 reductase
分子量 formula_weight	70264.1 kDa
EC 编号 ec_number	1.6.2.4
突变 mutation	deletion of T236G237E238E239
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	12762

IQTTAPPVKESSFVEKMKKTGRNIIVFYGSQTGTAEEFANRLSKDAHRYGMRGMSADPEEYDLADLSSLPEIDKSLVVFCMATYGEGDPTDNAQDFYDWLQETDVDLTGVKFAVFGLGNKTYEHFNAMGKYVDQRLEQLGAQRIFELGLGDDDGNLEEDFITWREQFWPAVCEFFGVEASSIRQYELVVHEDMDVAKVYTGEMGRLKSYENQKPPFDAKNPFLAAVTANRKLNQGTERHLMHLELDISDSKIRYESGDHVAVYPANDSALVNQIGEILGADLDVIMSLNNLDEESNKKHPFPCPTTYRTALTYYLDITNPPRTNVLYELAQYASEPSEQEHLHKMASSSGEGKELYLSWVVEARRHILAILQDYPSLRPPIDHLCELLPRLQARYYSIASSSKVHPNSVHICAVAVEYEAKSGRVNKGVATSWLRAKEPAGENGGRALVPMFVRKSQFRLPFKSTTPVIMVGPGTGIAPFMGFIQERAWLREQGKEVGETLLYYGCRRSDEDYLYREELARFHKDGALTQLNVAFSREQAHKVYVQHLLKRDREHLWKLIHEGGAHIYVCGDARNMAKDVQNTFYDIVAEFGPMEHTQAVDYVKKLMTKGRYSLDVWS

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	FLAVIN MONONUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	456.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
分子量 formula_weight	743.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

CATH v4.4 (9 domains)

结构域编号 domain_id	3es9A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	360 — Flavodoxin domain

结构域编号 domain_id	3es9A03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Translation factors

结构域编号 domain_id	3es9A05
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module

结构域编号 domain_id	3es9B02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Translation factors

结构域编号 domain_id	3es9B03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	990 — NADPH-cytochrome p450 Reductase; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — NADPH-cytochrome p450 Reductase; Chain A, domain 3

结构域编号 domain_id	3es9B04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module

结构域编号 domain_id	3es9C01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Translation factors

结构域编号 domain_id	3es9C02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	990 — NADPH-cytochrome p450 Reductase; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — NADPH-cytochrome p450 Reductase; Chain A, domain 3

结构域编号 domain_id	3es9C03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module

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晶胞边长 a length_a	109.100 Å
晶胞边长 b length_b	93.000 Å
晶胞边长 c length_c	125.700 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.400 Å
最低分辨率 resolution_low	29.790 Å
R 因子 r_factor	0.2190
R_work r_work	0.2190
R_free r_free	0.2790

NADPH-Cytochrome P450 Reductase in an Open Conformation

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NADPH--cytochrome P450 reductase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3es9__assembly_3__model_1

3es9__assembly_3__model_1 | I(q)

3es9__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

CATH v4.4 (9 domains)

7. 引用文献 (1)

NADPH-Cytochrome P450 Reductase in an Open Conformation

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NADPH--cytochrome P450 reductase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3es9__assembly_3__model_1

3es9__assembly_3__model_1 | I(q)

3es9__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

CATH v4.4 (9 domains)

7. 引用文献 (1)