3exh

Crystal structure of the pyruvate dehydrogenase (E1p) component of human pyruvate dehydrogenase complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit alpha, somatic form, mitochondrial

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit beta, mitochondrial × 2 （P11177） MANGANESE (II) ION × 2 POTASSIUM ION × 2 THIAMINE DIPHOSPHATE × 2 GLYCEROL × 3 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit beta, mitochondrial × 2 （P11177） MANGANESE (II) ION × 2 POTASSIUM ION × 2 THIAMINE DIPHOSPHATE × 2 GLYCEROL × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ODPA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1, 3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 22–382； UniProt 30–390 作者链 E； PDB构建体 22–382； UniProt 30–390 作者链 C； PDB构建体 22–382； UniProt 30–390 作者链 G； PDB构建体 22–382； UniProt 30–390

Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit beta, mitochondrial

Homo sapiens

UniProt P11177

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit alpha, somatic form, mitochondrial × 1 （P08559） Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit alpha, somatic form, mitochondrial × 1 （P08559） MANGANESE (II) ION × 2 POTASSIUM ION × 2 THIAMINE DIPHOSPHATE × 2 GLYCEROL × 3 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit alpha, somatic form, mitochondrial × 1 （P08559） Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit alpha, somatic form, mitochondrial × 1 （P08559） MANGANESE (II) ION × 2 POTASSIUM ION × 2 THIAMINE DIPHOSPHATE × 2 GLYCEROL × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ODPB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–329； UniProt 31–359 作者链 D； PDB构建体 1–329； UniProt 31–359 作者链 F； PDB构建体 1–329； UniProt 31–359 作者链 H； PDB构建体 1–329； UniProt 31–359

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3exh
沉积日期 deposition_date	2008-10-16
结构标题 title	Crystal structure of the pyruvate dehydrogenase (E1p) component of human pyruvate dehydrogenase complex
关键词 keywords	;heterotetramer; thiamine diphosphate-dependent enzyme; Disease mutation; Glycolysis; Leigh syndrome; Mitochondrion; Oxidoreductase; Phosphoprotein; Alternative splicing; Polymorphism; Pyruvate; Thiamine pyrophosphate; Transit peptide, OXIDOREDUCTASE ;; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3exh__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3exh__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3exh__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	32.48 Å
Rg（电子密度）	31.73 Å
总 Rg	32.41 Å
原子数	10504
残基数	1350
排除体积	187260 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3exh__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3exh__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit alpha, somatic form, mitochondrial
分子量 formula_weight	42552.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.2.4.1
突变 mutation	S203A,S271A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	22035

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMFANDATFEIKKCDLHRLEEGPPVTTVLTREDGLKYYRMMQTVRRMELKADQLYKQKIIRGFCHLCDGQEACCVGLEAGINPTDHLITAYRAHGFTFTRGLSVREILAELTGRKGGCAKGKGGSMHMYAKNFYGGNGIVGAQVPLGAGIALACKYNGKDEVCLTLYGDGAANQGQIFEAYNMAALWKLPCIFICENNRYGMGTAVERAAASTDYYKRGDFIPGLRVDGMDILCVREATRFAAAYCRSGKGPILMELQTYRYHGHSMSDPGVAYRTREEIQEVRSKSDPIMLLKDRMVNSNLASVEELKEIDVEVRKEIEDAAQFATADPEPPLEELGYHIYSSDPPFEVRGANQWIKFKSVS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit beta, mitochondrial
分子量 formula_weight	35941.3 kDa
EC 编号 ec_number	1.2.4.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

LQVTVRDAINQGMDEELERDEKVFLLGEEVAQYDGAYKVSRGLWKKYGDKRIIDTPISEMGFAGIAVGAAMAGLRPICEFMTFNFSMQAIDQVINSAAKTYYMSGGLQPVPIVFRGPNGASAGVAAQHSQCFAAWYGHCPGLKVVSPWNSEDAKGLIKSAIRDNNPVVVLENELMYGVPFEFPPEAQSKDFLIPIGKAKIERQGTHITVVSHSRPVGHCLEAAAVLSKEGVECEVINMRTIRPMDMETIEASVMKTNHLVTVEGGWPQFGVGAEICARIMEGPAFNFLDAPAVRVTGADVPMPYAKILEDNSIPQVKDIIFAIKKTLNI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit alpha, somatic form, mitochondrial
分子量 formula_weight	42632.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.2.4.1
突变 mutation	S203A,S271A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	THIAMINE DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	425.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	792

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

结构域编号 domain_id	d3exha1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.36 — Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)
超家族 Superfamily superfamily	c.36.1 — Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)
家族 Family family	c.36.1.11 — Branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase PP module

结构域编号 domain_id	d3exha2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3exhb1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.36 — Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)
超家族 Superfamily superfamily	c.36.1 — Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)
家族 Family family	c.36.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3exhb2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.48 — TK C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	c.48.1 — TK C-terminal domain-like
家族 Family family	c.48.1.2 — Branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase beta-subunit, C-terminal-domain

结构域编号 domain_id	d3exhc1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.36 — Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)
超家族 Superfamily superfamily	c.36.1 — Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)
家族 Family family	c.36.1.11 — Branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase PP module

结构域编号 domain_id	d3exhc2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3exhd1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.36 — Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)
超家族 Superfamily superfamily	c.36.1 — Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)
家族 Family family	c.36.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3exhd2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.48 — TK C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	c.48.1 — TK C-terminal domain-like
家族 Family family	c.48.1.2 — Branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase beta-subunit, C-terminal-domain

结构域编号 domain_id	d3exhe1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.36 — Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)
超家族 Superfamily superfamily	c.36.1 — Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)
家族 Family family	c.36.1.11 — Branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase PP module

结构域编号 domain_id	d3exhe2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3exhf1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.36 — Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)
超家族 Superfamily superfamily	c.36.1 — Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)
家族 Family family	c.36.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3exhf2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.48 — TK C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	c.48.1 — TK C-terminal domain-like
家族 Family family	c.48.1.2 — Branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase beta-subunit, C-terminal-domain

结构域编号 domain_id	d3exhg1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.36 — Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)
超家族 Superfamily superfamily	c.36.1 — Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)
家族 Family family	c.36.1.11 — Branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase PP module

结构域编号 domain_id	d3exhg2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3exhh1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.36 — Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)
超家族 Superfamily superfamily	c.36.1 — Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)
家族 Family family	c.36.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3exhh2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.48 — TK C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	c.48.1 — TK C-terminal domain-like
家族 Family family	c.48.1.2 — Branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase beta-subunit, C-terminal-domain

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	3exhA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	970 — Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains

结构域编号 domain_id	3exhB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	970 — Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains

结构域编号 domain_id	3exhB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	920 —

结构域编号 domain_id	3exhC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	970 — Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains

结构域编号 domain_id	3exhD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	970 — Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains

结构域编号 domain_id	3exhD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	920 —

结构域编号 domain_id	3exhE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	970 — Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains

结构域编号 domain_id	3exhF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	970 — Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains

结构域编号 domain_id	3exhF02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	920 —

结构域编号 domain_id	3exhG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	970 — Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains

结构域编号 domain_id	3exhH01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	970 — Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains

结构域编号 domain_id	3exhH02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	920 —

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晶胞边长 a length_a	257.064 Å
晶胞边长 b length_b	115.612 Å
晶胞边长 c length_c	127.592 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	113.64 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.444 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.1670
R_work r_work	0.1650
R_free r_free	0.2110

Crystal structure of the pyruvate dehydrogenase (E1p) component of human pyruvate dehydrogenase complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit alpha, somatic form, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit beta, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3exh__assembly_2__model_1

3exh__assembly_2__model_1 | I(q)

3exh__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the pyruvate dehydrogenase (E1p) component of human pyruvate dehydrogenase complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit alpha, somatic form, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit beta, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3exh__assembly_2__model_1

3exh__assembly_2__model_1 | I(q)

3exh__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)