SAXSdb — 3eyc

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lipocalin-1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 23–176	片段：residues 5-166 突变：C101S, D158A	BU1 1,4-BUTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；27% PEG3350, 0.8% 1.4-Butanediol, 200mM NaCl, 100mM Tris/HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.274
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 23–176	片段：residues 5-166 突变：C101S, D158A	BU1 1,4-BUTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；27% PEG3350, 0.8% 1.4-Butanediol, 200mM NaCl, 100mM Tris/HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.274
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 23–176	片段：residues 5-166 突变：C101S, D158A	BU1 1,4-BUTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；27% PEG3350, 0.8% 1.4-Butanediol, 200mM NaCl, 100mM Tris/HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.274
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 23–176	片段：residues 5-166 突变：C101S, D158A	BU1 1,4-BUTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；27% PEG3350, 0.8% 1.4-Butanediol, 200mM NaCl, 100mM Tris/HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.274

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3EYC	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1XKI Crystal structure of human tear lipocalin/von Ebners gland protein 提交 2004-09-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 23–176（154 aa）	突变：C101S, D158A	ZN ZINC ION × 3 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；285 K；Tris/HCl, Zn-acetate, ethylene glycol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K	分辨率 1.80 Å R-free 0.254
4QAF Crystal structure of an engineered lipocalin (Anticalin) in complex with VEGF(8-109) 提交 2014-05-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 23–174（152 aa）片段：UNP residues 23-174 链 B 23–174（152 aa）片段：UNP residues 23-174	突变：;R26V,E27G,F28A,P29L,E30R,M31C,N32L,L33A,E34G,T37I,M39T,L56H,S58K,C61S,E69S,K76I,D80I,K83I,Y87K,I89G,C101S,E104C,H106S,K108V,R111P,K114W,C153S ; 突变：;R26V,E27G,F28A,P29L,E30R,M31C,N32L,L33A,E34G,T37I,M39T,L56H,S58K,C61S,E69S,K76I,D80I,K83I,Y87K,I89G,C101S,E104C,H106S,K108V,R111P,K114W,C153S ;	OMA 10-{(1R,2R)-2-[(2E)-hex-2-en-1-yl]cyclopropyl}decanoic acid × 2 SO4 SULFATE ION × 3 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.5；293 K；1 M sodium chloride, 0.2 M lithium sulfate, 7.5% w/v dextran sulfate, pH 3.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.242
5T43 NMR Structure of Apo-form Human Tear Lipocalin 提交 2016-08-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–176（158 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；310 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1 NMR样品组成 1.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Lipocalin, 90 % H2O, 10 % D2O, 50 mM sodium phosphate, 0.04 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LCN1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–154； UniProt 23–176 作者链 B； PDB构建体 1–154； UniProt 23–176 作者链 C； PDB构建体 1–154； UniProt 23–176 作者链 D； PDB构建体 1–154； UniProt 23–176

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3eyc
沉积日期 deposition_date	2008-10-20
结构标题 title	New crystal structure of human tear lipocalin in complex with 1,4-butanediol in space group P21
关键词 keywords	transport protein, ligand-binding protein, beta-barrel, Secreted, Sensory transduction, Taste, Transport; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.55 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.09 Å
零角强度 I(0) i0	63547200.00
分子量 molecular_weight	61873.0 kDa
排除体积 excluded_volume	77377 Å³
包络体积 envelope_volume	108130 Å³
水化壳体积 shell_volume	31007 Å³
包络直径 envelope_diameter	106.8 Å
壳层 Rg shell_rg	35.77 Å
包络 Rg envelope_rg	30.47 Å
形状 Rg shape_rg	31.10 Å
总 Rg total_rg	31.51 Å
总原子数 total_atoms	4339
残基数 n_residues	557
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	99.3 Å
Rg (实空间) rg_real	31.56 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.71 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.3550e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0190e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.56 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	63550000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8944
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	27.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.235
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.648
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	21720000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.928; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.979; Smooth: 0.861

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Lipocalin-1
分子量 formula_weight	17949.2 kDa
突变 mutation	C101S, D158A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	4524

ASDEEIQDVSGTWYLKAMTVDREFPEMNLESVTPMTLTTLEGGNLEAKVTMLISGRCQEVKAVLEKTDEPGKYTADGGKHVAYIIRSHVKDHYIFYSEGELHGKPVRGVKLVGRDPKNNLEALEDFEKAAGARGLSTESILIPRQSETCSPGSAWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	1,4-BUTANEDIOL
分子量 formula_weight	90.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	185

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d3eyca_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.60 — Lipocalins
超家族 Superfamily superfamily	b.60.1 — Lipocalins
家族 Family family	b.60.1.1 — Retinol binding protein-like

结构域编号 domain_id	d3eycb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.60 — Lipocalins
超家族 Superfamily superfamily	b.60.1 — Lipocalins
家族 Family family	b.60.1.1 — Retinol binding protein-like

结构域编号 domain_id	d3eycc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.60 — Lipocalins
超家族 Superfamily superfamily	b.60.1 — Lipocalins
家族 Family family	b.60.1.1 — Retinol binding protein-like

结构域编号 domain_id	d3eycd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.60 — Lipocalins
超家族 Superfamily superfamily	b.60.1 — Lipocalins
家族 Family family	b.60.1.1 — Retinol binding protein-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3eycA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Calycin beta-barrel core domain

结构域编号 domain_id	3eycB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Calycin beta-barrel core domain

结构域编号 domain_id	3eycC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Calycin beta-barrel core domain

结构域编号 domain_id	3eycD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Calycin beta-barrel core domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	63.907 Å
晶胞边长 b length_b	34.166 Å
晶胞边长 c length_c	143.481 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.35 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2280
R_free r_free	0.2740

fit	/app/data/saxs_computation/ey/3eyc/3eyc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ey/3eyc/3eyc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ey/3eyc/3eyc.dat

New crystal structure of human tear lipocalin in complex with 1,4-butanediol in space group P21

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lipocalin-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction