SAXSdb — 3eyu

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

If kappa light chain

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 L； UniProt 1–219	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PFA1 Fab Heavy Chain × 1 ROR2(518-525) peptide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；20% w/v PEG3350, 0.2 M LiCl, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K	分辨率 2.71 Å R-free 0.248

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3EYU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1ZEA Structure of the anti-cholera toxin antibody Fab fragment TE33 in complex with a D-peptide 提交 2005-04-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 1–216（216 aa）	未记录	CIT CITRIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；PEG 8000, citrat buffer, potassium chloride, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.78 Å R-free 0.248
2DTM Thermodynamic and structural analyses of hydrolytic mechanism by catalytic antibodies 提交 2006-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 1–219（219 aa）片段：FAB FRAGMENT	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.7；293 K；50mM Tris-HCl(pH 8.7), 16%(w/v) PEG4000, 0.1mM EDTA, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.25 Å R-free 0.278
2IPT PFA1 Fab Fragment 提交 2006-10-12	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 1–219（219 aa）	未记录	ACM ACETAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；294 K；0.1 M Hepes, 25% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K	分辨率 2.00 Å R-free 0.223
2IQA PFA2 FAB fragment, monoclinic apo form 提交 2006-10-13	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 1–219（219 aa）	未记录	ACM ACETAMIDE × 1 GOL GLYCEROL × 4 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；0.1 M Bis-Tris, 28% PEG-MME 2000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION	分辨率 2.00 Å R-free 0.279
2IQA PFA2 FAB fragment, monoclinic apo form 提交 2006-10-13	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–219（219 aa）	未记录	ACM ACETAMIDE × 1 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；0.1 M Bis-Tris, 28% PEG-MME 2000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION	分辨率 2.00 Å R-free 0.279
2R0W PFA2 FAB complexed with Abeta1-8 提交 2007-08-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 1–219（219 aa）片段：light chain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.3；295 K；25% PEG-MME 5000, 0.1 M OAc, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K	分辨率 2.50 Å R-free 0.277
2R0Z PFA1 FAB complexed with GripI peptide fragment 提交 2007-08-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 1–219（219 aa）片段：light chain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；295 K；PEG, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K	分辨率 2.10 Å R-free 0.261
3EYS PFA1 Fab fragment complexed with pyro-Glu3-A-Beta (3-8) 提交 2008-10-21	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 1–219（219 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；25% w/v PEG2000-MME, pH 8.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K	分辨率 1.95 Å R-free 0.256
4P3D MT1-MMP:Fab complex (Form II) 提交 2014-03-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 1–217（217 aa）链 L 1–217（217 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；25% PEG 3350, 0.2M MgCl.hexahydrate, 0.1M Hepes	分辨率 1.95 Å R-free 0.210
4TPR Structure of Tau5 antibody Fab fragment 提交 2014-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：Dimeric	链 L 1–218（218 aa）	未记录	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 CL CHLORIDE ION × 5 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 NA SODIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 5 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 33O 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36-dodecaoxaoctatriacontane-1,38-diol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；295 K；0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris, 25 % w/v PEG 3350	分辨率 1.60 Å R-free 0.191
4TQE Structure of tau peptide in complex with Tau5 antibody Fab fragment 提交 2014-06-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 1–218（218 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 5 NA SODIUM ION × 4 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2M lithium sulphate, 30% PEG 4000, 0.1M Tris pH 8.5	分辨率 1.60 Å R-free 0.197
6PXR Anti-TAU BIIB092 FAB with TAU peptide 提交 2019-07-26	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 103–219（117 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；100 mM Tris-HCl, pH 8.5, 20% w/v PEG2000 MME, 200 mM trimethylamine N-oxide, 100 mM non-detergent sulfobetaine 201	分辨率 1.56 Å R-free 0.268
7A6C Nanodisc reconstituted human ABCB1 in complex with MRK16 Fab and elacridar 提交 2020-08-25	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–219（219 aa）	未记录	R0Z elacridar × 2 CLR CHOLESTEROL × 10	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å

共 12 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A2NHM3_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3eyu
沉积日期 deposition_date	2008-10-21
结构标题 title	PFA1 Fab fragment complexed with Ror2(518-525)
关键词 keywords	;Fab, amyloid, alzheimer's, protein-peptide complex, IMMUNE SYSTEM ;; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.33 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.19 Å
零角强度 I(0) i0	39410500.00
分子量 molecular_weight	48229.0 kDa
排除体积 excluded_volume	60175 Å³
包络体积 envelope_volume	74579 Å³
水化壳体积 shell_volume	25076 Å³
包络直径 envelope_diameter	86.0 Å
壳层 Rg shell_rg	32.05 Å
包络 Rg envelope_rg	24.81 Å
形状 Rg shape_rg	25.17 Å
总 Rg total_rg	26.03 Å
总原子数 total_atoms	3398
残基数 n_residues	442
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	82.9 Å
Rg (实空间) rg_real	26.33 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.56 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.9410e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.9940e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.33 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	39410000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9085
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.273
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.593
角度范围 angular_range	— – 0.3000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6019000.0000
实空间数据点数 n_real_points	61
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.956; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.971; Smooth: 0.966

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	If kappa light chain
分子量 formula_weight	24203.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L
原子数 atom_count	3421

DVLMTQTPLSLPVSLGDQASISCRSSQSIVHSNGNTYLEWYLQKPGQSPKLLIYKVSNRFSGVPDRFSGSGSGTDFTLKISRVEAEDLGVYYCFQGSHVPLTFGAGTKLELKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Mus musculus

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PFA1 Fab Heavy Chain
分子量 formula_weight	24210.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

QVTLKESGPGILKPSQTLSLTCSFSGFSLSTSGMGVGWIRQPSGKGLEWLAHIWWDDDRSYNPSLKSQLTISKDAARNQVFLRITSVDTADTATYYCVRRAHTTVLGDWFAYWGQGTLVTVSAAKTTAPSVYPLAPVCGGTTGSSVTLGCLVKGYFPEPVTLTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVTSSTWPSQSITCNVAHPASSTKVDKKIEPRGPT

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Mus musculus

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	ROR2(518-525) peptide
分子量 formula_weight	1076.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q

REEFRHEA

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	23

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3eyuH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3eyuH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3eyuL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3eyuL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	41.632 Å
晶胞边长 b length_b	42.632 Å
晶胞边长 c length_c	58.729 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	96.09 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.58 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	91.71 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.710 Å
最低分辨率 resolution_low	21.290 Å
R 因子 r_factor	0.1800
R_work r_work	0.1770
R_free r_free	0.2480

fit	/app/data/saxs_computation/ey/3eyu/3eyu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ey/3eyu/3eyu.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ey/3eyu/3eyu.dat

PFA1 Fab fragment complexed with Ror2(518-525)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

If kappa light chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)