3f2b

DNA Polymerase PolC from Geobacillus kaustophilus complex with DNA, dGTP, Mg and Zn

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed DNA polymerase III alpha chain

Geobacillus kaustophilus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 2	5'-D(DCPDAPDGPDTPDGPDAPDGPDAPDCPDGPDGPDGPDCPDAPDAPDCPDC)-3' × 1 5'-D(DAPDTPDAPDAPDCPDGPDGPDTPDTPDGPDCPDCPDCPDGPDTPDCPDTPDCPDAPDCPDTP*DG)-3' × 1 PHOSPHATE ION × 3 ZINC ION × 1 MAGNESIUM ION × 3 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5L0J3_GEOKA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–198； UniProt 227–423 作者链 A； PDB构建体 204–1030； UniProt 618–1444

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3f2b
沉积日期 deposition_date	2008-10-29
结构标题 title	DNA Polymerase PolC from Geobacillus kaustophilus complex with DNA, dGTP, Mg and Zn
关键词 keywords	;DNA Polymerase C, DNA Polymerase III, Ternary Complex, Protein-DNA complex, Replicative DNA Polymerase, DNA replication, DNA-directed DNA polymerase, Exonuclease, Hydrolase, Nuclease, Nucleotidyltransferase, Transferase, TRANSFERASE-DNA COMPLEX ;; TRANSFERASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3f2b__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3f2b__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3f2b__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	33.12 Å
Rg（电子密度）	32.76 Å
总 Rg	33.35 Å
原子数	8496
残基数	1025
排除体积	149210 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3f2b__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA-directed DNA polymerase III alpha chain
分子量 formula_weight	117248.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8591

MRDEEPVRRLETIVEEERRVVVQGYVFDAEVSELKSGRTLLTMKITDYTNSILVKMFSRDKEDAELMSGVKKGMWVKVRGSVQNDTFVRDLVIIANDLNEIAANERQDTAPEGEKRVELHLHTPMSQMDAVTSVTKLIEQAKKWGHPAIAVTDHAVVQSFPEAYSAAKKHGMKVIYGLEANIVDDGVPIAYNETHRRLGSGSGPFHVTLLAQNETGLKNLFKLVSLSHIQYFHRVPRIPRSVLVKHRDGLLVGSGCDKGELFDNLIQKAPEEVEDIARFYDFLEVHPPDVYKPLIEMDYVKDEEMIKNIIRSIVALGEKLDIPVVATGNVHYLNPEDKIYRKILIHSQGGANPLNRHELPDVYFRTTNEMLDCFSFLGPEKAKEIVVDNTQKIASLIGDVKPIKDELYTPRIEGADEEIREMSYRRAKEIYGDPLPKLVEERLEKELKSIIGHGFAVIYLISHKLVKKSLDDGYLVGSRGSVGSSFVATMTEITEVNPLPPHYVCPNCKHSEFFNDGSVGSGFDLPDKNCPRCGTKYKKDGHDIPFETFLGFKGDKVPDIDLNFSGEYQPRAHNYTKVLFGEDNVYRAGTIGTVADKTAYGFVKAYASDHNLELRGAEIDRLAAGCTGVKRTTGQHPGGIIVVPDYMEIYDFTPIQYPADDTSSEWRTTHFDFHSIHDNLLKLDILGHDDPTVIRMLQDLSGIDPKTIPTDDPDVMGIFSSTEPLGVTPEQIMCNVGTIGIPEFGTRFVRQMLEETRPKTFSELVQISGLSHGTDVWLGNAQELIQNGTCTLSEVIGCRDDIMVYLIYRGLEPSLAFKIMESVRKGKGLTPEFEAEMRKHDVPEWYIDSCKKIKYMFPKAHAAAYVLMAVRIAYFKVHHPLLYYASYFTVRAEDFDLDAMIKGSAAIRKRIEEINAKGIQATAKEKSLLTVLEVALEMCERGFSFKNIDLYRSQATEFVIDGNSLIPPFNAIPGLGTNVAQAIVRAREEGEFLSKEDLQQRGKLSKTLLEYLESRGCLDSLPDHNQLSLFSGGHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Geobacillus kaustophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1462
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(DCPDAPDGPDTPDGPDAPDGPDAPDCPDGPDGPDGPDCPDAPDAPDCP*DC)-3'
分子量 formula_weight	5246.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	P

CAGTGAGACGGGCAACC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	5'-D(DAPDTPDAPDAPDCPDGPDGPDTPDTPDGPDCPDCPDCPDGPDTPDCPDTPDCPDAPDCPDTPDG)-3'
分子量 formula_weight	6703.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	T

ATAACGGTTGCCCGTCTCACTG

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	95

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

CATH v4.4 (7 domains)

结构域编号 domain_id	3f2bA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	3f2bA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Metal-dependent hydrolases

结构域编号 domain_id	3f2bA04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1900 — glyoxalase-related enzyme like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	3f2bA05
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	50 — Insulin-like, subunit E
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	3f2bA06
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	700 — PolC, middle finger domain

结构域编号 domain_id	3f2bA07
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1510 —

结构域编号 domain_id	3f2bA08
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	870 —

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晶胞边长 a length_a	116.174 Å
晶胞边长 b length_b	140.793 Å
晶胞边长 c length_c	184.524 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.390 Å
最低分辨率 resolution_low	43.520 Å
R 因子 r_factor	0.2310
R_work r_work	0.2280
R_free r_free	0.2730

DNA Polymerase PolC from Geobacillus kaustophilus complex with DNA, dGTP, Mg and Zn

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed DNA polymerase III alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3f2b__assembly_1__model_1

3f2b__assembly_1__model_1 | I(q)

3f2b__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

CATH v4.4 (7 domains)

7. 引用文献 (1)

DNA Polymerase PolC from Geobacillus kaustophilus complex with DNA, dGTP, Mg and Zn

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed DNA polymerase III alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3f2b__assembly_1__model_1

3f2b__assembly_1__model_1 | I(q)

3f2b__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

CATH v4.4 (7 domains)

7. 引用文献 (1)