SAXSdb — 3f2u

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chromobox protein homolog 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 20–73	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；30% PEG 400, 0.2M CaCl2 0.1M Na Hepes 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.274

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3F2U	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2FMM Crystal Structure of EMSY-HP1 complex 提交 2006-01-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 104–175（72 aa）片段：CHROMO SHADOW DOMAIN 链 B 104–175（72 aa）片段：CHROMO SHADOW DOMAIN 链 C 104–175（72 aa）片段：CHROMO SHADOW DOMAIN 链 D 104–175（72 aa）片段：CHROMO SHADOW DOMAIN	未记录	SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；290 K；1.8M ammonium sulfate, 0.1M tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 1.80 Å R-free 0.243
3Q6S The crystal structure of the heterochromatin protein 1 beta chromoshadow domain complexed with a peptide from Shugoshin 1 提交 2011-01-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 108–185（78 aa）片段：chromoshadow domain, residues 108-185 链 D 108–185（78 aa）片段：chromoshadow domain, residues 108-185	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.6；293 K；0.1 M Bis-tris, 0.2 M NaCl, 21% (w/v) PEG 3350, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 1.93 Å R-free 0.229
3Q6S The crystal structure of the heterochromatin protein 1 beta chromoshadow domain complexed with a peptide from Shugoshin 1 提交 2011-01-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 108–185（78 aa）片段：chromoshadow domain, residues 108-185 链 C 108–185（78 aa）片段：chromoshadow domain, residues 108-185	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.6；293 K；0.1 M Bis-tris, 0.2 M NaCl, 21% (w/v) PEG 3350, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 1.93 Å R-free 0.229
5T1G chromo shadow domain of CBX1 in complex with a histone peptide 提交 2016-08-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 108–185（78 aa）片段：unp residues 108-185	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；1.5 M sodium citrate, 0.1 M HEPES	分辨率 1.90 Å R-free 0.243
6D07 Crystal structure of the complex between human chromobox homolog 1 (CBX1) and H3K9me3 peptide 提交 2018-04-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 20–73（54 aa）片段：UNP residues 20-73	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；0.2 M sodium chloride, 0.1 M Tris, pH 8.0, 30% w/v PEG3350	分辨率 2.10 Å R-free 0.257
6D07 Crystal structure of the complex between human chromobox homolog 1 (CBX1) and H3K9me3 peptide 提交 2018-04-10	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 20–73（54 aa）片段：UNP residues 20-73	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；0.2 M sodium chloride, 0.1 M Tris, pH 8.0, 30% w/v PEG3350	分辨率 2.10 Å R-free 0.257
6D08 Crystal structure of an engineered bump-hole complex of mutant human chromobox homolog 1 (CBX1) with H3K9bn peptide 提交 2018-04-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 20–73（54 aa）片段：UNP residues 20-73	突变：Y3F, F27G	GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1 M citrate, pH 5.0, 3 M ammonium sulfate	分辨率 2.10 Å R-free 0.252
6D08 Crystal structure of an engineered bump-hole complex of mutant human chromobox homolog 1 (CBX1) with H3K9bn peptide 提交 2018-04-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 20–73（54 aa）片段：UNP residues 20-73	突变：Y3F, F27G	GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1 M citrate, pH 5.0, 3 M ammonium sulfate	分辨率 2.10 Å R-free 0.252

共 5 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CBX1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–55； UniProt 20–73

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3f2u
沉积日期 deposition_date	2008-10-30
结构标题 title	Crystal structure of human chromobox homolog 1 (CBX1)
关键词 keywords	;Human chromobox homolog 1, CBX1, Structural Genomics, Structural Genomics Consortium, SGC, Centromere, Nucleus, Phosphoprotein, PROTEIN BINDING ;; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	11.97 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	10.66 Å
零角强度 I(0) i0	705825.00
分子量 molecular_weight	5540.0 kDa
排除体积 excluded_volume	7022 Å³
包络体积 envelope_volume	7895 Å³
水化壳体积 shell_volume	6818 Å³
包络直径 envelope_diameter	37.0 Å
壳层 Rg shell_rg	15.44 Å
包络 Rg envelope_rg	11.05 Å
形状 Rg shape_rg	10.63 Å
总 Rg total_rg	12.22 Å
总原子数 total_atoms	393
残基数 n_residues	51
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	38.6 Å
Rg (实空间) rg_real	11.93 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.26 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.0580e+05
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.3350e+03
Rg (倒空间) rg_reciprocal	11.93 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	705800.0000
解质量估计 total_estimate	0.8955
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	14.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.192
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.287
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	91380.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.884; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.987

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3f2ua1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.13 — Chromo domain-like
家族 Family family	b.34.13.2 — Chromo domain

结构域编号 domain_id	d3f2ua2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	3f2uA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	51.057 Å
晶胞边长 b length_b	39.068 Å
晶胞边长 c length_c	37.832 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	137.03 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	27.180 Å
R 因子 r_factor	0.2240
R_work r_work	0.2220
R_free r_free	0.2740

描述 description	Chromobox protein homolog 1
分子量 formula_weight	6496.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	421

Crystal structure of human chromobox homolog 1 (CBX1)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chromobox protein homolog 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	28

fit	/app/data/saxs_computation/f2/3f2u/3f2u.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f2/3f2u/3f2u.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f2/3f2u/3f2u.dat