SAXSdb — 3f3z

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Calcium/calmodulin-dependent protein kinase with a kinase domain and 4 calmodulin like EF hands

Cryptosporidium parvum Iowa II

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	3-({[(3S)-3,4-dihydroxybutyl]oxy}amino)-1H,2'H-2,3'-biindol-2'-one × 2 GLYCEROL × 8 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5CYL9_CRYPV
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–277； UniProt 197–472

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3f3z
沉积日期 deposition_date	2008-10-31
结构标题 title	Crystal structure of Cryptosporidium parvum calcium dependent protein kinase cgd7_1840 in presence of indirubin E804
关键词 keywords	;calcium dependent protein kinase, structural genomics consortium, ATP-binding, Kinase, Nucleotide-binding, Serine/threonine-protein kinase, Transferase, SGC ;; TRANSFERASE, KINASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3f3z__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3f3z__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3f3z__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.83 Å
Rg（电子密度）	25.80 Å
总 Rg	26.69 Å
原子数	4474
残基数	542
排除体积	80283 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3f3z__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Calcium/calmodulin-dependent protein kinase with a kinase domain and 4 calmodulin like EF hands
分子量 formula_weight	31946.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2462

GSTKGDINQYYTLENTIGRGSWGEVKIAVQKGTRIRRAAKKIPKYFVEDVDRFKQEIEIMKSLDHPNIIRLYETFEDNTDIYLVMELCTGGELFERVVHKRVFRESDAARIMKDVLSAVAYCHKLNVAHRDLKPENFLFLTDSPDSPLKLIDFGLAARFKPGKMMRTKVGTPYYVSPQVLEGLYGPECDEWSAGVMMYVLLCGYPPFSAPTDSEVMLKIREGTFTFPEKDWLNVSPQAESLIRRLLTKSPKQRITSLQALEHEWFEKQLSSSPRNLL

来源 Source

来源生物 organism	Cryptosporidium parvum Iowa II
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	353152
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	3-({[(3S)-3,4-dihydroxybutyl]oxy}amino)-1H,2'H-2,3'-biindol-2'-one
分子量 formula_weight	365.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	211

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d3f3za_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3f3zA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	3f3zA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

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晶胞边长 a length_a	63.316 Å
晶胞边长 b length_b	82.864 Å
晶胞边长 c length_c	62.151 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	111.61 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.840 Å
最低分辨率 resolution_low	57.830 Å
R 因子 r_factor	0.1890
R_work r_work	0.1870
R_free r_free	0.2300

Crystal structure of Cryptosporidium parvum calcium dependent protein kinase cgd7_1840 in presence of indirubin E804

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Calcium/calmodulin-dependent protein kinase with a kinase domain and 4 calmodulin like EF hands

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3f3z__assembly_1__model_1

3f3z__assembly_1__model_1 | I(q)

3f3z__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of Cryptosporidium parvum calcium dependent protein kinase cgd7_1840 in presence of indirubin E804

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Calcium/calmodulin-dependent protein kinase with a kinase domain and 4 calmodulin like EF hands

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3f3z__assembly_1__model_1

3f3z__assembly_1__model_1 | I(q)

3f3z__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)