3f4n

Crystal Structure of Pyridoxal Phosphate Biosynthetic Protein PdxJ from Yersinia pestis

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Pyridoxine 5'-phosphate synthase ;

Yersinia pestis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	PYRIDOXINE-5'-PHOSPHATE × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	PYRIDOXINE-5'-PHOSPHATE × 2 SULFATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	PYRIDOXINE-5'-PHOSPHATE × 2 SULFATE ION × 2 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	PYRIDOXINE-5'-PHOSPHATE × 2 water × 2	与蛋白数一致
5	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 8	PYRIDOXINE-5'-PHOSPHATE × 8 SULFATE ION × 3 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PDXJ_YERPE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–246； UniProt 1–243 作者链 B； PDB构建体 4–246； UniProt 1–243 作者链 C； PDB构建体 4–246； UniProt 1–243 作者链 D； PDB构建体 4–246； UniProt 1–243 作者链 E； PDB构建体 4–246； UniProt 1–243 作者链 F； PDB构建体 4–246； UniProt 1–243 作者链 G； PDB构建体 4–246； UniProt 1–243 作者链 H； PDB构建体 4–246； UniProt 1–243

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3f4n
沉积日期 deposition_date	2008-11-01
结构标题 title	Crystal Structure of Pyridoxal Phosphate Biosynthetic Protein PdxJ from Yersinia pestis
关键词 keywords	;TIM barrel, Octamer, Pyridoxine biosynthesis, Transferase, CSGID, BIOSYNTHETIC PROTEIN, Structural Genomics, Structural Genomics of National Institute of Allergy and Infectious Diseases, Center for Structural Genomics of Infectious Diseases, NPPSFA, National Project on Protein Structural and Functional Analyses ;; BIOSYNTHETIC PROTEIN, TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3f4n__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3f4n__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3f4n__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.83 Å
Rg（电子密度）	25.36 Å
总 Rg	26.15 Å
原子数	3664
残基数	480
排除体积	65166 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3f4n__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3f4n__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3f4n__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3f4n__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`3f4n__assembly_5__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;Pyridoxine 5'-phosphate synthase ;
分子量 formula_weight	26602.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.6.99.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	15591

SNAMADLLLGVNIDHIATLRNARGTIYPDPVQAAFIAEQAGADGITVHLREDRRHITDRDVRILRQTIQTRMNLEMAVTDEMVDIACDIKPHFCCLVPEKRQEVTTEGGLDVAGQVDKMTLAVGRLADVGILVSLFIDADFRQIDAAVAAGAPYIEIHTGAYADASTVLERQAELMRIAKAATYAAGKGLKVNAGHGLTYHNVQPIAALPEMHELNIGHAIIGQAVMTGLAAAVTDMKVLMREARR

来源 Source

来源生物 organism	Yersinia pestis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	632
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PYRIDOXINE-5'-PHOSPHATE
分子量 formula_weight	249.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	667

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 17 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

结构域编号 domain_id	d3f4na_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.24 — Pyridoxine 5'-phosphate synthase
家族 Family family	c.1.24.1 — Pyridoxine 5'-phosphate synthase

结构域编号 domain_id	d3f4nb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.24 — Pyridoxine 5'-phosphate synthase
家族 Family family	c.1.24.1 — Pyridoxine 5'-phosphate synthase

结构域编号 domain_id	d3f4nc1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.24 — Pyridoxine 5'-phosphate synthase
家族 Family family	c.1.24.1 — Pyridoxine 5'-phosphate synthase

结构域编号 domain_id	d3f4nc2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3f4nd_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.24 — Pyridoxine 5'-phosphate synthase
家族 Family family	c.1.24.1 — Pyridoxine 5'-phosphate synthase

结构域编号 domain_id	d3f4ne_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.24 — Pyridoxine 5'-phosphate synthase
家族 Family family	c.1.24.1 — Pyridoxine 5'-phosphate synthase

结构域编号 domain_id	d3f4nf_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.24 — Pyridoxine 5'-phosphate synthase
家族 Family family	c.1.24.1 — Pyridoxine 5'-phosphate synthase

结构域编号 domain_id	d3f4ng_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.24 — Pyridoxine 5'-phosphate synthase
家族 Family family	c.1.24.1 — Pyridoxine 5'-phosphate synthase

结构域编号 domain_id	d3f4nh_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.24 — Pyridoxine 5'-phosphate synthase
家族 Family family	c.1.24.1 — Pyridoxine 5'-phosphate synthase

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	3f4nA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	3f4nB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	3f4nC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	3f4nD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	3f4nE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	3f4nF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	3f4nG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	3f4nH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

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晶胞边长 a length_a	113.627 Å
晶胞边长 b length_b	114.818 Å
晶胞边长 c length_c	154.316 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.402 Å
最低分辨率 resolution_low	34.810 Å
R 因子 r_factor	0.1950
R_work r_work	0.1910
R_free r_free	0.2660

Crystal Structure of Pyridoxal Phosphate Biosynthetic Protein PdxJ from Yersinia pestis

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Pyridoxine 5'-phosphate synthase ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3f4n__assembly_1__model_1

3f4n__assembly_1__model_1 | I(q)

3f4n__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 17 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of Pyridoxal Phosphate Biosynthetic Protein PdxJ from Yersinia pestis

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Pyridoxine 5'-phosphate synthase ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3f4n__assembly_1__model_1

3f4n__assembly_1__model_1 | I(q)

3f4n__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 17 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)