SAXSdb — 3fas

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate receptor 4

Rattus norvegicus

UniProt P19493

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 415–528 链 A； UniProt 654–796 链 B； UniProt 415–528 链 B； UniProt 654–796	片段：iGluR4 flip ligand-binding core (S1S2)	GLU GLUTAMIC ACID × 2 SO4 SULFATE ION × 8 GOL GLYCEROL × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；280 K；PEG4000, Acetate, (NH4)2SO4, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 280K	分辨率 1.40 Å R-free 0.183

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3FAS	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3EN3 Crystal Structure of the GluR4 Ligand-Binding domain in complex with kainate 提交 2008-09-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 416–528（113 aa）片段：ligand binding domain (UNP residues 416-528 and 654-958) 链 A 654–795（142 aa）片段：ligand binding domain (UNP residues 416-528 and 654-958)	未记录	KAI 3-(CARBOXYMETHYL)-4-ISOPROPENYLPROLINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291 K；25.5% PEG 1500, 0.05M Na-Acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.43 Å R-free 0.219
3EN3 Crystal Structure of the GluR4 Ligand-Binding domain in complex with kainate 提交 2008-09-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 416–528（113 aa）片段：ligand binding domain (UNP residues 416-528 and 654-958) 链 A 654–795（142 aa）片段：ligand binding domain (UNP residues 416-528 and 654-958)	未记录	KAI 3-(CARBOXYMETHYL)-4-ISOPROPENYLPROLINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291 K；25.5% PEG 1500, 0.05M Na-Acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.43 Å R-free 0.219
3EPE Crystal Structure of the GluR4 Ligand-Binding domain in complex with glutamate 提交 2008-09-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 416–528（113 aa）片段：ligand binding domain (UNP residues 416-528 and 654-958) 链 A 654–795（142 aa）片段：ligand binding domain (UNP residues 416-528 and 654-958) 链 B 416–528（113 aa）片段：ligand binding domain (UNP residues 416-528 and 654-958) 链 B 654–795（142 aa）片段：ligand binding domain (UNP residues 416-528 and 654-958)	未记录	GLU GLUTAMIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；291 K；25% PEG 4000, 0.1M Na-Acetate pH 4.6, 0.2M Ammonium Sulphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.85 Å R-free 0.220
3FAT X-ray structure of iGluR4 flip ligand-binding core (S1S2) in complex with (S)-AMPA at 1.90A resolution 提交 2008-11-18	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 415–528（114 aa）片段：iGluR4 flip ligand-binding core (S1S2) 链 A 654–796（143 aa）片段：iGluR4 flip ligand-binding core (S1S2) 链 B 415–528（114 aa）片段：iGluR4 flip ligand-binding core (S1S2) 链 B 654–796（143 aa）片段：iGluR4 flip ligand-binding core (S1S2)	未记录	AMQ (S)-ALPHA-AMINO-3-HYDROXY-5-METHYL-4-ISOXAZOLEPROPIONIC ACID × 2 SO4 SULFATE ION × 5 GOL GLYCEROL × 5 ACY ACETIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；280 K；PEG 4000, Acetate, (NH4)2SO4, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 280K	分辨率 1.90 Å R-free 0.216
3FAT X-ray structure of iGluR4 flip ligand-binding core (S1S2) in complex with (S)-AMPA at 1.90A resolution 提交 2008-11-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 415–528（114 aa）片段：iGluR4 flip ligand-binding core (S1S2) 链 C 654–796（143 aa）片段：iGluR4 flip ligand-binding core (S1S2)	未记录	AMQ (S)-ALPHA-AMINO-3-HYDROXY-5-METHYL-4-ISOXAZOLEPROPIONIC ACID × 2 SO4 SULFATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 8 ACY ACETIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；280 K；PEG 4000, Acetate, (NH4)2SO4, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 280K	分辨率 1.90 Å R-free 0.216
3KEI Crystal Structure of the GluA4 Ligand-Binding domain L651V mutant in complex with glutamate 提交 2009-10-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 416–528（113 aa）片段：ligand binding domain 链 A 654–795（142 aa）片段：ligand binding domain 链 B 416–528（113 aa）片段：ligand binding domain 链 B 654–795（142 aa）片段：ligand binding domain	突变：L134V 突变：L134V 突变：L134V 突变：L134V	GLU GLUTAMIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；291 K；24% PEG 4000, 0.1M Na-Acetate, 0.3M Ammonium Sulphate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.90 Å R-free 0.224
3KFM Crystal Structure of the GluA4 Ligand-Binding domain L651V mutant in complex with kainate 提交 2009-10-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 416–528（113 aa）片段：ligand binding domain 链 A 654–795（142 aa）片段：ligand binding domain	突变：L134V 突变：L134V	KAI 3-(CARBOXYMETHYL)-4-ISOPROPENYLPROLINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5；291 K；18% PEG 8000, 0.1M Na-Acetate, 0.2M Ammonium Sulphate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.20 Å R-free 0.274
4GPA High resolution structure of the GluA4 N-terminal domain (NTD) 提交 2012-08-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 22–401（380 aa）片段：N-terminal domain	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；0.74M sodium citrate, 0.1M cacodylate pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.0K	分辨率 2.25 Å R-free 0.235
5FWX Crystal structure of the AMPA receptor GluA2/A4 N-terminal domain heterodimer 提交 2016-02-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 22–401（380 aa）片段：RESIDUES 22-401	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 17% PEG 3350 WITH 0.1-0.35 M AMMONIUM SULPHATE	分辨率 2.50 Å R-free 0.238
5FWX Crystal structure of the AMPA receptor GluA2/A4 N-terminal domain heterodimer 提交 2016-02-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 22–401（380 aa）片段：RESIDUES 22-401	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 17% PEG 3350 WITH 0.1-0.35 M AMMONIUM SULPHATE	分辨率 2.50 Å R-free 0.238
9IGZ GluA4 in complex with TARP-2, resting state, structure of N-terminal domain 提交 2025-02-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 21–902（882 aa）链 B 21–902（882 aa）链 C 21–902（882 aa）链 D 21–902（882 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
9NR6 The structure of Noelin 1 with cerebellar GluA1/A4-ATD 提交 2025-03-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 22–399（378 aa）链 D 22–399（378 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.26 Å
9NR7 The structure of GluA1/A4 LBD-TMD in Noelin-AMPAR complex 提交 2025-03-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 417–840（424 aa）链 D 417–840（424 aa）	未记录	ZK1 {[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.18 Å
9NR8 The structure of cerebellar GluA1/A4 ATD 提交 2025-03-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 22–399（378 aa）链 D 22–399（378 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.53 Å
9NR9 The structure of GluA1/A4 LBD-TMD with 2 TARPs 提交 2025-03-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 417–840（424 aa）链 D 417–840（424 aa）	未记录	ZK1 {[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.22 Å
9NRA The structure of GluA1/A4 LBD-TMD with 4 auxiliary subunits 提交 2025-03-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 417–840（424 aa）链 D 417–840（424 aa）	未记录	ZK1 {[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.18 Å
9P9B Activated GluA4 homotetrameric AMPAR. 提交 2025-06-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 25–848（824 aa）链 B 25–848（824 aa）链 C 25–848（824 aa）链 D 25–848（824 aa）	未记录	GLU GLUTAMIC ACID × 4 CYZ CYCLOTHIAZIDE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.31 Å
9P9C Active substate 1 of the GluA4 homotetramer. 提交 2025-06-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 25–848（824 aa）链 B 25–848（824 aa）链 C 25–848（824 aa）链 D 25–848（824 aa）	未记录	CYZ CYCLOTHIAZIDE × 4 GLU GLUTAMIC ACID × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.01 Å
9P9D Active substate 2 of the GluA4 homotetramer. 提交 2025-06-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 25–848（824 aa）链 B 25–848（824 aa）链 C 25–848（824 aa）链 D 25–848（824 aa）	未记录	GLU GLUTAMIC ACID × 4 CYZ CYCLOTHIAZIDE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.82 Å
9P9E Active substate 3 of the GluA4 homotetramer. 提交 2025-06-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 25–848（824 aa）链 B 25–848（824 aa）链 C 25–848（824 aa）链 D 25–848（824 aa）	未记录	GLU GLUTAMIC ACID × 4 CYZ CYCLOTHIAZIDE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.82 Å
9P9F Active substate 4 of the GluA4 homotetramer. 提交 2025-06-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 25–848（824 aa）链 B 25–848（824 aa）链 C 25–848（824 aa）链 D 25–848（824 aa）	未记录	GLU GLUTAMIC ACID × 4 CYZ CYCLOTHIAZIDE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.89 Å
9P9G Active substate 5 of the GluA4 homotetramer. 提交 2025-06-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 25–848（824 aa）链 B 25–848（824 aa）链 C 25–848（824 aa）链 D 25–848（824 aa）	未记录	GLU GLUTAMIC ACID × 4 CYZ CYCLOTHIAZIDE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.06 Å
9QDN GluA4 in complex with TARP-2, resting state I, structure of TMD/LBD 提交 2025-03-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 21–902（882 aa）链 B 21–902（882 aa）链 C 21–902（882 aa）链 D 21–902（882 aa）	未记录	PLM PALMITIC ACID × 16 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 4 E2Q 6-nitro-2,3-bis(oxidanylidene)-1,4-dihydrobenzo[f]quinoxaline-7-sulfonamide × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.71 Å
9QPW GluA4, resting state, structure of TMD/LBD 提交 2025-03-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 21–902（882 aa）链 B 21–902（882 aa）链 C 21–902（882 aa）链 D 21–902（882 aa）	未记录	E2Q 6-nitro-2,3-bis(oxidanylidene)-1,4-dihydrobenzo[f]quinoxaline-7-sulfonamide × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
9RMS GluA4 in complex with TARP-2, Resting II state, structure of TMD/LBD domains 提交 2025-06-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 21–902（882 aa）链 B 21–902（882 aa）链 C 21–902（882 aa）链 D 21–902（882 aa）	未记录	E2Q 6-nitro-2,3-bis(oxidanylidene)-1,4-dihydrobenzo[f]quinoxaline-7-sulfonamide × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
9RMW GluA4 in complex with TARP-2, open state, structure of TMD/LBD domains 提交 2025-06-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 21–902（882 aa）链 B 21–902（882 aa）链 C 21–902（882 aa）链 D 21–902（882 aa）	未记录	PLM PALMITIC ACID × 18 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2 CYZ CYCLOTHIAZIDE × 4 GLU GLUTAMIC ACID × 4 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
9RN4 GluA4 in complex with TARP-2, desensitized state, structure of TMD/LBD domains 提交 2025-06-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 21–902（882 aa）链 B 21–902（882 aa）链 C 21–902（882 aa）链 D 21–902（882 aa）	未记录	PLM PALMITIC ACID × 4 CA CALCIUM ION × 1 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
9RN7 GluA4 in complex with TARP-2, Desensitized state, structure of TMD domain 提交 2025-06-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 21–902（882 aa）链 B 21–902（882 aa）链 C 21–902（882 aa）链 D 21–902（882 aa）	未记录	PLM PALMITIC ACID × 4 CA CALCIUM ION × 1 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å

共 25 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GRIA4_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–115； UniProt 415–528 作者链 A； PDB构建体 118–260； UniProt 654–796 作者链 B； PDB构建体 2–115； UniProt 415–528 作者链 B； PDB构建体 118–260； UniProt 654–796

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3fas
沉积日期 deposition_date	2008-11-18
结构标题 title	X-ray structure of iGluR4 flip ligand-binding core (S1S2) in complex with (S)-glutamate at 1.40A resolution
关键词 keywords	ionotropic glutamate receptors, iGluR4, flip, ligand-binding core, agonist complex, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.10 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.93 Å
零角强度 I(0) i0	58739400.00
分子量 molecular_weight	59861.0 kDa
排除体积 excluded_volume	75130 Å³
包络体积 envelope_volume	90618 Å³
水化壳体积 shell_volume	30631 Å³
包络直径 envelope_diameter	82.3 Å
壳层 Rg shell_rg	32.07 Å
包络 Rg envelope_rg	24.10 Å
形状 Rg shape_rg	23.90 Å
总 Rg total_rg	24.95 Å
总原子数 total_atoms	4182
残基数 n_residues	520
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	81.0 Å
Rg (实空间) rg_real	24.97 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.52 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.8740e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.9310e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.02 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	58740000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8948
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	32.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.148
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.485
角度范围 angular_range	— – 0.3150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	13060000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.877; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.998

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Glutamate receptor 4
分子量 formula_weight	29020.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5287

GRTVVVTTIMESPYVMYKKNHEMFEGNDKYEGYCVDLASEIAKHIGIKYKIAIVPDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKAEIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLAKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVYEKMWTYMRSAEPSVFTRTTAEGVARVRKSKGKFAFLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGVATPKGSSLRTPVNLAVLKLSEAGVLDKLKNKWWYDKGECG

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	RAT
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	GLUTAMIC ACID
分子量 formula_weight	147.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	888

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d3fasa1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.94 — Periplasmic binding protein-like II
超家族 Superfamily superfamily	c.94.1 — Periplasmic binding protein-like II
家族 Family family	c.94.1.1 — Phosphate binding protein-like

结构域编号 domain_id	d3fasa2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3fasb1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.94 — Periplasmic binding protein-like II
超家族 Superfamily superfamily	c.94.1 — Periplasmic binding protein-like II
家族 Family family	c.94.1.1 — Phosphate binding protein-like

结构域编号 domain_id	d3fasb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3fasA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Periplasmic binding protein-like II

结构域编号 domain_id	3fasA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Periplasmic binding protein-like II

结构域编号 domain_id	3fasB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Periplasmic binding protein-like II

结构域编号 domain_id	3fasB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Periplasmic binding protein-like II

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	47.425 Å
晶胞边长 b length_b	105.231 Å
晶胞边长 c length_c	66.538 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.24 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.400 Å
最低分辨率 resolution_low	26.600 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1670
R_free r_free	0.1830

fit	/app/data/saxs_computation/fa/3fas/3fas.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fa/3fas/3fas.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fa/3fas/3fas.dat

X-ray structure of iGluR4 flip ligand-binding core (S1S2) in complex with (S)-glutamate at 1.40A resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate receptor 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction