SAXSdb — 3fau

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NEDD4-binding protein 2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1691–1770 链 B； UniProt 1691–1770 链 C； UniProt 1691–1770 链 D； UniProt 1691–1770	片段：DNA binding domain	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：hanging drop；pH 7；293 K；0.1M Ammonium Chloride, 0.1M Mops (pH 7.0), 40% PEG 2000mme, hanging drop, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.242
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1691–1770 链 D； UniProt 1691–1770	片段：DNA binding domain	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：hanging drop；pH 7；293 K；0.1M Ammonium Chloride, 0.1M Mops (pH 7.0), 40% PEG 2000mme, hanging drop, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.242
3	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1691–1770 链 C； UniProt 1691–1770	片段：DNA binding domain	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：hanging drop；pH 7；293 K；0.1M Ammonium Chloride, 0.1M Mops (pH 7.0), 40% PEG 2000mme, hanging drop, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.242

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3FAU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2D9I Solution structure of the SMR domain of NEDD4-binding protein 2 提交 2005-12-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1688–1770（83 aa）片段：SMR domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；293 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 0.99mM 13C, 15N-labeled protein; 20mM d-Tris-HCl(pH7.0);100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3 \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2VKC Solution structure of the B3BP Smr domain 提交 2007-12-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1666–1770（105 aa）片段：RESIDUES 1666-1770	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；308 K；离子强度（mmCIF原始值）200；压力 1.0 NMR样品组成 95% WATER/5% D2O	分辨率未提供
3BHB Crystal Structure of KMD Phosphopeptide Bound to Human Class I MHC HLA-A2 提交 2007-11-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 129–138（10 aa）片段：UNP residues 129-138	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；24% POLYACRYLIC ACID, 0.1M HEPES, 0.09M MgCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, hanging drop, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.256

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	N4BP2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–82； UniProt 1691–1770 作者链 B； PDB构建体 3–82； UniProt 1691–1770 作者链 C； PDB构建体 3–82； UniProt 1691–1770 作者链 D； PDB构建体 3–82； UniProt 1691–1770

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3fau
沉积日期 deposition_date	2008-11-18
结构标题 title	Crystal Structure of human small-MutS related domain
关键词 keywords	;smr, small-MutS related domain, nicking endonuclease, Alternative splicing, ATP-binding, Coiled coil, Cytoplasm, Hydrolase, Nucleotide-binding, Phosphoprotein, Polymorphism, Ubl conjugation ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.42 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.14 Å
零角强度 I(0) i0	19341300.00
分子量 molecular_weight	34590.0 kDa
排除体积 excluded_volume	44075 Å³
包络体积 envelope_volume	55218 Å³
水化壳体积 shell_volume	22224 Å³
包络直径 envelope_diameter	81.3 Å
壳层 Rg shell_rg	27.45 Å
包络 Rg envelope_rg	21.32 Å
形状 Rg shape_rg	21.14 Å
总 Rg total_rg	22.04 Å
总原子数 total_atoms	2432
残基数 n_residues	308
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	80.7 Å
Rg (实空间) rg_real	22.36 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.80 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9340e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.7560e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.38 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	19340000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8469
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.307
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.155
角度范围 angular_range	— – 0.3550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4753000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.678; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.981; Smooth: 0.992

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d3faua1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.68 — IF3-like
超家族 Superfamily superfamily	d.68.8 — SMR domain-like
家族 Family family	d.68.8.1 — Smr domain

结构域编号 domain_id	d3faua2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3faub1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.68 — IF3-like
超家族 Superfamily superfamily	d.68.8 — SMR domain-like
家族 Family family	d.68.8.1 — Smr domain

结构域编号 domain_id	d3faub2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3fauc1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.68 — IF3-like
超家族 Superfamily superfamily	d.68.8 — SMR domain-like
家族 Family family	d.68.8.1 — Smr domain

结构域编号 domain_id	d3fauc2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3faud1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.68 — IF3-like
超家族 Superfamily superfamily	d.68.8 — SMR domain-like
家族 Family family	d.68.8.1 — Smr domain

结构域编号 domain_id	d3faud2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3fauA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1370 — Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	3fauB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1370 — Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	3fauC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1370 — Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	3fauD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1370 — Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	34.490 Å
晶胞边长 b length_b	57.106 Å
晶胞边长 c length_c	71.356 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.91 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	44.419 Å
R 因子 r_factor	0.1900
R_work r_work	0.1870
R_free r_free	0.2420

描述 description	NEDD4-binding protein 2
分子量 formula_weight	9157.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.-.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	2736

Crystal Structure of human small-MutS related domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NEDD4-binding protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	304

fit	/app/data/saxs_computation/fa/3fau/3fau.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fa/3fau/3fau.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fa/3fau/3fau.dat