SAXSdb — 3fbd

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Colicin-E7

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 445–576	片段：NUCLEASE DOMAIN 突变：D493Q	5'-D(DGPDGPDAPDAPDTPDTPDCPDGPDAPDTPDCPDGPDAPDAPDTPDTPDCPDC)-3' × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；15% PEG 3350, 16.25% MPD, 0.15M ammonium acetate, 0.025M sodium acetate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.90 Å R-free 0.264
2	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 D； UniProt 445–576	片段：NUCLEASE DOMAIN 突变：D493Q	5'-D(DGPDGPDAPDAPDTPDTPDCPDGPDAPDTPDCPDGPDAPDAPDTPDTPDCPDC)-3' × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；15% PEG 3350, 16.25% MPD, 0.15M ammonium acetate, 0.025M sodium acetate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.90 Å R-free 0.264

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3FBD	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1M08 Crystal structure of the unbound nuclease domain of ColE7 提交 2002-06-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 447–576（130 aa）片段：Nuclease Domain 链 B 447–576（130 aa）片段：Nuclease Domain	未记录	ZN ZINC ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；sodium phosphate, Sodium Chloride, zinc chloride, ammonium acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.10 Å R-free 0.240
1MZ8 CRYSTAL STRUCTURES OF THE NUCLEASE DOMAIN OF COLE7/IM7 IN COMPLEX WITH A PHOSPHATE ION AND A ZINC ION 提交 2002-10-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 446–576（131 aa）片段：nuclease domain	未记录	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；298 K；PEG4000, sodium phosphate, ammonium acetate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.230
1MZ8 CRYSTAL STRUCTURES OF THE NUCLEASE DOMAIN OF COLE7/IM7 IN COMPLEX WITH A PHOSPHATE ION AND A ZINC ION 提交 2002-10-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 446–576（131 aa）片段：nuclease domain	未记录	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；298 K；PEG4000, sodium phosphate, ammonium acetate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.230
1PT3 Crystal structures of nuclease-ColE7 complexed with octamer DNA 提交 2003-06-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：octameric	链 A 449–576（128 aa）片段：residues 449-576 链 B 449–576（128 aa）片段：residues 449-576	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；298 K；2.5 mM EDTA, 12.5 mM Tris-HCl (pH 7.5), 0.1 M Ammonium Formate, and 10 % PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K, pH 7.50	分辨率 2.50 Å R-free 0.289
1UJZ Crystal structure of the E7_C/Im7_C complex; a computationally designed interface between the colicin E7 DNase and the Im7 Immunity protein 提交 2003-08-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 446–573（128 aa）片段：residues 446-573	突变：K528Q, T539R, H569A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；PEGMME 2000, ammonium sulfate, Sodium Acetate, Glycerol, DMSO, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.270
1ZNS Crystal structure of N-ColE7/12-bp DNA/Zn complex 提交 2005-05-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 444–576（133 aa）片段：nuclease domain	突变：H545E	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；25mM Tris-HCl, 0.1M Ammonium chloride, 10.5% MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.287
1ZNV How a His-metal finger endonuclease ColE7 binds and cleaves DNA with a transition metal ion cofactor 提交 2005-05-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 444–576（133 aa）片段：Nuclease domain	突变：H545E	NI NICKEL (II) ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；298 K；0.3M phosphate buffer, 50mM NaCl, 20% PEG550 MME, 10% glycerol, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.235
1ZNV How a His-metal finger endonuclease ColE7 binds and cleaves DNA with a transition metal ion cofactor 提交 2005-05-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 444–576（133 aa）片段：Nuclease domain	突变：H545E	NI NICKEL (II) ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；298 K；0.3M phosphate buffer, 50mM NaCl, 20% PEG550 MME, 10% glycerol, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.235
2AXC Crystal structure of ColE7 translocation domain 提交 2005-09-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 60–316（257 aa）片段：N-terminal Translocation domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；0.1M Tris-HCl pH 8.5, 1.5M (NH4)2SO4, 12% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.70 Å R-free 0.208
2ERH Crystal Structure of the E7_G/Im7_G complex; a designed interface between the colicin E7 DNAse and the Im7 immunity protein 提交 2005-10-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 447–573（127 aa）	突变：N516T, N517Q, K525R, K528Q, T539Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；30% PEG 4K, 0.6M ammonium acetate, 50mM Na acetate, 25% glycerol, 5% DMSO, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.271
2IVH Crystal structure of the nuclease domain of ColE7 (H545Q mutant) in complex with an 18-bp duplex DNA 提交 2006-06-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 449–576（128 aa）片段：NUCLEASE DOMAIN, RESIDUES 449-576	突变：YES	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD BY MIXING 1 MICRO L COMPLEX SOLUTION AND 1 MICRO L RESERVOIR SOLUTION CONSISTING OF 40 % MPD, 0.4 M AMMONIUM FORMATE AND 0.1 M ACETATE BUFFER (PH4.8) AT ROOM TEMPERATURE., pH 4.80	分辨率 2.80 Å R-free 0.265
2JAZ CRYSTAL STRUCTURE OF THE MUTANT N560D OF THE NUCLEASE DOMAIN OF COLE7 IN COMPLEX WITH IM7 提交 2006-12-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 446–576（131 aa）片段：NUCLEASE DOMAIN, RESIDUES 446-576 链 D 446–576（131 aa）片段：NUCLEASE DOMAIN, RESIDUES 446-576	突变：YES 突变：YES	ZN ZINC ION × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；20 % W/V PEG3350 AND 0.1 M DI-AMMONIUM HYDROGEN CITRATE, pH 7.00	分辨率 2.03 Å R-free 0.249
2JB0 CRYSTAL STRUCTURE OF THE MUTANT H573A OF THE NUCLEASE DOMAIN OF COLE7 IN COMPLEX WITH IM7 提交 2006-12-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 446–576（131 aa）片段：NUCLEASE DOMAIN, RESIDUES 446-576	突变：YES	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；20 % W/V PEG3350 AND 0.2 M DI-AMMONIUM HYDROGEN CITRATE, pH 7.00	分辨率 1.91 Å R-free 0.250
2JBG crystal structure of the mutant N560A of the nuclease domain of ColE7 in complex with Im7 提交 2006-12-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 446–576（131 aa）片段：NUCLEASE DOMAIN, RESIDUES 446-576 链 D 446–576（131 aa）片段：NUCLEASE DOMAIN, RESIDUES 446-576	突变：YES 突变：YES	ZN ZINC ION × 4 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；20 % W/V POLYETHYLENE GLYCOL MONOMETHYL ETHER 2000, 0.2 M AMMONIUM SULFATE, AND 0.1 M SODIUM ACETATE TRIHYDRATE AT PH 4.6	分辨率 2.20 Å R-free 0.249
3GJN Following evolutionary paths to high affinity and selectivity protein-protein interactions using Colicin7 and Immunity proteins 提交 2009-03-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 446–576（131 aa）片段：UNP residues 446-576	突变：N1024D, D1026E, T1027A, S1028T, V1034D, V1037I, Y1055W	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 10.5；292 K；30% PEG40, pH10.5, Microbatch under oil, temperature 292K	分辨率 2.48 Å R-free 0.276
3GJN Following evolutionary paths to high affinity and selectivity protein-protein interactions using Colicin7 and Immunity proteins 提交 2009-03-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 446–576（131 aa）片段：UNP residues 446-576	突变：N1024D, D1026E, T1027A, S1028T, V1034D, V1037I, Y1055W	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 10.5；292 K；30% PEG40, pH10.5, Microbatch under oil, temperature 292K	分辨率 2.48 Å R-free 0.276
3GKL Following evolutionary paths to high affinity and selectivity protein-protein interactions using Colicin7 and Immunity proteins 提交 2009-03-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 446–576（131 aa）片段：UNP residues 446-576	突变：T20A, N24D, T27A, S28T, V34D, V37I, E41G, K57E	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；292 K；30% PEG 400, 0.1 CHES pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.20 Å R-free 0.277
3GKL Following evolutionary paths to high affinity and selectivity protein-protein interactions using Colicin7 and Immunity proteins 提交 2009-03-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 446–576（131 aa）片段：UNP residues 446-576	突变：T20A, N24D, T27A, S28T, V34D, V37I, E41G, K57E	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；292 K；30% PEG 400, 0.1 CHES pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.20 Å R-free 0.277
3ZFK N-terminal truncated Nuclease Domain of Colicin E7 提交 2012-12-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 450–573（124 aa）片段：COLICIN E7 METALLONUCLEASE DOMAIN, RESIDUES 450-573	未记录	ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；0.1 M LITHIUM SULFATE, 50 MM SODIUM ACETATE PH 4.5, 25 % W/V PEG 400	分辨率 1.70 Å R-free 0.234
3ZFK N-terminal truncated Nuclease Domain of Colicin E7 提交 2012-12-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 450–573（124 aa）片段：COLICIN E7 METALLONUCLEASE DOMAIN, RESIDUES 450-573	未记录	ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；0.1 M LITHIUM SULFATE, 50 MM SODIUM ACETATE PH 4.5, 25 % W/V PEG 400	分辨率 1.70 Å R-free 0.234
7CEI THE ENDONUCLEASE DOMAIN OF COLICIN E7 IN COMPLEX WITH ITS INHIBITOR IM7 PROTEIN 提交 1998-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–206（206 aa）片段：ENDONUCLEASE DOMAIN	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；15 MG/ML PROTEIN COMPLEX, 5 MM NA CITRATE, 0.25 M NH4 ACETATE, 10% PEG4000, PH 6.0 VAPOR DIFFUSION AGAINST 22.5% PEG4000	分辨率 2.30 Å R-free 0.270

共 16 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CEA7_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–132； UniProt 445–576 作者链 D； PDB构建体 1–132； UniProt 445–576

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3fbd
沉积日期 deposition_date	2008-11-19
结构标题 title	Crystal structure of the nuclease domain of COLE7(D493Q mutant) in complex with an 18-BP duplex DNA
关键词 keywords	;Computational redesign, Protein engineering, Protein-nucleic acid interactions, DNase, DNA hydrolysis., Antibiotic, Antimicrobial, Bacteriocin, Endonuclease, Hydrolase, Metal-binding, Nuclease, Plasmid, Zinc, HYDROLASE-DNA COMPLEX ;; HYDROLASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.44 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.05 Å
零角强度 I(0) i0	69215900.00
分子量 molecular_weight	52256.0 kDa
排除体积 excluded_volume	58878 Å³
包络体积 envelope_volume	90614 Å³
水化壳体积 shell_volume	19528 Å³
包络直径 envelope_diameter	130.1 Å
壳层 Rg shell_rg	42.79 Å
包络 Rg envelope_rg	40.70 Å
形状 Rg shape_rg	42.12 Å
总 Rg total_rg	41.90 Å
总原子数 total_atoms	3592
残基数 n_residues	335
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	121.0 Å
Rg (实空间) rg_real	39.75 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.47 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.8340e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0320e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	69180000.0000
解质量估计 total_estimate	0.4344
解质量评级 solution_quality	SUSPICIOUS a SUSPICIOUS solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	24.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.450
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.955
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.5840
最高正则化参数 α highest_alpha	2295000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.292; Stabil: 0.895; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.080; Smooth: 0.006

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Colicin-E7
分子量 formula_weight	15162.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
突变 mutation	D493Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	3663

SKRNKPGKATGKGKPVNNKWLNNAGKDLGSPVPDRIANKLRDKEFKSFQDFRKKFWEEVSKDPELSKQFSRNNNDRMKVGKAPKTRTQDVSGKRTSFELHHEKPISQNGGVYDMDNISVVTPKRHIDIHRGK

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(DGPDGPDAPDAPDTPDTPDCPDGPDAPDTPDCPDGPDAPDAPDTPDTPDCPDC)-3'
分子量 formula_weight	5515.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B,C,E,F

GGAATTCGATCGAATTCC

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	71

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3fbda_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.4 — His-Me finger endonucleases
超家族 Superfamily superfamily	d.4.1 — His-Me finger endonucleases
家族 Family family	d.4.1.1 — HNH-motif

结构域编号 domain_id	d3fbdd_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.4 — His-Me finger endonucleases
超家族 Superfamily superfamily	d.4.1 — His-Me finger endonucleases
家族 Family family	d.4.1.1 — HNH-motif

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3fbdA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	540 — Colicin E7 immunity protein; Chain B, fragment: Endonuclease domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Colicin/pyocin, DNase domain

结构域编号 domain_id	3fbdD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	540 — Colicin E7 immunity protein; Chain B, fragment: Endonuclease domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Colicin/pyocin, DNase domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	60.587 Å
晶胞边长 b length_b	49.423 Å
晶胞边长 c length_c	92.400 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	102.64 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	27.200 Å
R 因子 r_factor	0.2010
R_work r_work	0.2010
R_free r_free	0.2640

fit	/app/data/saxs_computation/fb/3fbd/3fbd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fb/3fbd/3fbd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fb/3fbd/3fbd.dat

Crystal structure of the nuclease domain of COLE7(D493Q mutant) in complex with an 18-BP duplex DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Colicin-E7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)