SAXSdb — 3fgc

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Alkanal monooxygenase alpha chain

Vibrio harveyi

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–355	未记录	Alkanal monooxygenase beta chain × 1 （P07739） FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；100 mM Na+/K+ phosphate pH 7.5 and 1.65 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.241
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–355	未记录	Alkanal monooxygenase beta chain × 1 （P07739） PO4 PHOSPHATE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；100 mM Na+/K+ phosphate pH 7.5 and 1.65 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.241

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3FGC	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BRL THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF BACTERIAL LUCIFERASE FROM VIBRIO HARVEYI AT 2.4 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1995-03-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–355（355 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å
1BRL THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF BACTERIAL LUCIFERASE FROM VIBRIO HARVEYI AT 2.4 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1995-03-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–355（355 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å
1LUC BACTERIAL LUCIFERASE 提交 1996-05-10	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–355（355 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.50 Å

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LUXA_VIBHA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–355； UniProt 1–355 作者链 C； PDB构建体 1–355； UniProt 1–355

Alkanal monooxygenase beta chain

Vibrio harveyi

UniProt P07739

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–324	未记录	Alkanal monooxygenase alpha chain × 1 （P07740） FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；100 mM Na+/K+ phosphate pH 7.5 and 1.65 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.241
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–324	未记录	Alkanal monooxygenase alpha chain × 1 （P07740） PO4 PHOSPHATE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；100 mM Na+/K+ phosphate pH 7.5 and 1.65 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.241

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3FGC	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BRL THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF BACTERIAL LUCIFERASE FROM VIBRIO HARVEYI AT 2.4 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1995-03-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–324（324 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å
1BRL THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF BACTERIAL LUCIFERASE FROM VIBRIO HARVEYI AT 2.4 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1995-03-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–324（324 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å
1BSL STRUCTURE OF ALKANAL MONOOXYGENASE BETA CHAIN 提交 1996-10-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–324（324 aa）片段：BETA SUBUNIT 链 B 1–324（324 aa）片段：BETA SUBUNIT	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.95 Å
1LUC BACTERIAL LUCIFERASE 提交 1996-05-10	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–324（324 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.50 Å
1XKJ BACTERIAL LUCIFERASE BETA2 HOMODIMER 提交 1996-10-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–324（324 aa）链 B 1–324（324 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；277 K；SITTING DROP, 277 KELVIN, 12% PEG 4000, 17-21% ISOPROPANOL, 0.006M DTT, 0.1M CITRATE PH 6.2. 50 MG/ML PROTEIN., vapor diffusion - sitting drop	分辨率 2.50 Å R-free 0.249

共 4 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LUXB_VIBHA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–324； UniProt 1–324 作者链 D； PDB构建体 1–324； UniProt 1–324

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3fgc
沉积日期 deposition_date	2008-12-05
结构标题 title	Crystal Structure of the Bacterial Luciferase:Flavin Complex Reveals the Basis of Intersubunit Communication
关键词 keywords	FMN bacterial luciferase mobile loop, Flavoprotein, FMN, Luminescence, Monooxygenase, Oxidoreductase, Photoprotein; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.41 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.47 Å
零角强度 I(0) i0	372588000.00
分子量 molecular_weight	152740.0 kDa
排除体积 excluded_volume	188500 Å³
包络体积 envelope_volume	242340 Å³
水化壳体积 shell_volume	50752 Å³
包络直径 envelope_diameter	148.7 Å
壳层 Rg shell_rg	44.37 Å
包络 Rg envelope_rg	41.29 Å
形状 Rg shape_rg	41.46 Å
总 Rg total_rg	41.66 Å
总原子数 total_atoms	10724
残基数 n_residues	1339
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	138.8 Å
Rg (实空间) rg_real	41.70 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.11 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7260e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.6900e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.41 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	372500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8201
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	36.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.503
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.457
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	142900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.754; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.887; Smooth: 0.508

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Alkanal monooxygenase alpha chain
分子量 formula_weight	40197.1 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.14.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	11895

MKFGNFLLTYQPPELSQTEVMKRLVNLGKASEGCGFDTVWLLEHHFTEFGLLGNPYVAAAHLLGATETLNVGTAAIVLPTAHPVRQAEDVNLLDQMSKGRFRFGICRGLYDKDFRVFGTDMDNSRALMDCWYDLMKEGFNEGYIAADNEHIKFPKIQLNPSAYTQGGAPVYVVAESASTTEWAAERGLPMILSWIINTHEKKAQLDLYNEVATEHGYDVTKIDHCLSYITSVDHDSNRAKDICRNFLGHWYDSYVNATKIFDDSDQTKGYDFNKGQWRDFVLKGHKDTNRRIDYSYEINPVGTPEECIAIIQQDIDATGIDNICCGFEANGSEEEIIASMKLFQSDVMPYLKEKQ

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio harveyi
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	669
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Alkanal monooxygenase beta chain
分子量 formula_weight	37455.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.14.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MKFGLFFLNFMNSKRSSDQVIEEMLDTAHYVDQLKFDTLAVYENHFSNNGVVGAPLTVAGFLLGMTKNAKVASLNHVITTHHPVRVAEEACLLDQMSEGRFAFGFSDCEKSADMRFFNRPTDSQFQLFSECHKIINDAFTTGYCHPNNDFYSFPKISVNPHAFTEGGPAQFVNATSKEVVEWAAKLGLPLVFRWDDSNAQRKEYAGLYHEVAQAHGVDVSQVRHKLTLLVNQNVDGEAARAEARVYLEEFVRESYSNTDFEQKMGELLSENAIGTYEESTQAARVAIECCGAADLLMSFESMEDKAQQRAVIDVVNANIVKYHSLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio harveyi
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	669
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	FLAVIN MONONUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	456.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	781

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_id	d3fgca_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.16 — Bacterial luciferase-like
家族 Family family	c.1.16.1 — Bacterial luciferase (alkanal monooxygenase)

结构域编号 domain_id	d3fgcb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.16 — Bacterial luciferase-like
家族 Family family	c.1.16.1 — Bacterial luciferase (alkanal monooxygenase)

结构域编号 domain_id	d3fgcc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.16 — Bacterial luciferase-like
家族 Family family	c.1.16.1 — Bacterial luciferase (alkanal monooxygenase)

结构域编号 domain_id	d3fgcd1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.16 — Bacterial luciferase-like
家族 Family family	c.1.16.1 — Bacterial luciferase (alkanal monooxygenase)

结构域编号 domain_id	d3fgcd2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3fgcA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Luciferase-like domain

结构域编号 domain_id	3fgcB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Luciferase-like domain

结构域编号 domain_id	3fgcC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Luciferase-like domain

结构域编号 domain_id	3fgcD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Luciferase-like domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	58.886 Å
晶胞边长 b length_b	109.301 Å
晶胞边长 c length_c	301.419 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	27.330 Å
R 因子 r_factor	0.1867
R_work r_work	0.1839
R_free r_free	0.2409

fit	/app/data/saxs_computation/fg/3fgc/3fgc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fg/3fgc/3fgc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fg/3fgc/3fgc.dat

Crystal Structure of the Bacterial Luciferase:Flavin Complex Reveals the Basis of Intersubunit Communication

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Alkanal monooxygenase alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Alkanal monooxygenase beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)