SAXSdb — 3fie

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE F

Clostridium botulinum

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–419	片段：residues 1-419, catalytic domain	fragment of Vesicle-associated membrane protein 2 × 1 （P63027） ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；0.1M Bis-tris, 25% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.279
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–419	片段：residues 1-419, catalytic domain	fragment of Vesicle-associated membrane protein 2 × 1 （P63027） ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；0.1M Bis-tris, 25% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.279

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3FIE	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3FII Crystal structure of Clostridium botulinum neurotoxin serotype F catalytic domain with an inhibitor (inh2) 提交 2008-12-11	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–419（419 aa）片段：residues 1-419, catalytic domain	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；0.1M Bis-tris, 25% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.17 Å R-free 0.290
3FUQ Glycosylated SV2 and Gangliosides as Dual Receptors for Botulinum Neurotoxin Serotype F 提交 2009-01-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 862–1278（417 aa）片段：sequence database residues 862-1278	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；292 K；0.1 M Tris-HCL, 18% ethanol and 150 mM NaCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.10 Å R-free 0.243
3RSJ Structure of HCRF in complex with Ganglioside GD1a 提交 2011-05-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 866–1278（413 aa）片段：Receptor Binding Domain (UNP Residues 866-1276)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；292 K；0.1 M Hepes pH 7.0, 24% PEG3350, 200 mM Mg(NO3)2, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K	分辨率 2.00 Å R-free 0.263
3RSJ Structure of HCRF in complex with Ganglioside GD1a 提交 2011-05-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 866–1278（413 aa）片段：Receptor Binding Domain (UNP Residues 866-1276)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；292 K；0.1 M Hepes pH 7.0, 24% PEG3350, 200 mM Mg(NO3)2, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K	分辨率 2.00 Å R-free 0.263
3RSJ Structure of HCRF in complex with Ganglioside GD1a 提交 2011-05-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 866–1278（413 aa）片段：Receptor Binding Domain (UNP Residues 866-1276)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；292 K；0.1 M Hepes pH 7.0, 24% PEG3350, 200 mM Mg(NO3)2, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K	分辨率 2.00 Å R-free 0.263
3RSJ Structure of HCRF in complex with Ganglioside GD1a 提交 2011-05-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 866–1278（413 aa）片段：Receptor Binding Domain (UNP Residues 866-1276)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；292 K；0.1 M Hepes pH 7.0, 24% PEG3350, 200 mM Mg(NO3)2, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K	分辨率 2.00 Å R-free 0.263

共 3 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q57236_CLOBO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–419； UniProt 1–419 作者链 B； PDB构建体 1–419； UniProt 1–419

fragment of Vesicle-associated membrane protein 2

物种未注明

UniProt P63027

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 22–58	片段：residues 22-58 突变：Q58DCY 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE F × 1 （Q57236） ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；0.1M Bis-tris, 25% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.279
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 22–58	片段：residues 22-58 突变：Q58DCY 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE F × 1 （Q57236） ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；0.1M Bis-tris, 25% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.279

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3FIE	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3FII Crystal structure of Clostridium botulinum neurotoxin serotype F catalytic domain with an inhibitor (inh2) 提交 2008-12-11	构建体不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 22–53（32 aa）片段：residues 27-58	突变：Q58DCY 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；0.1M Bis-tris, 25% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.17 Å R-free 0.290
3RK2 Truncated SNARE complex 提交 2011-04-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 28–60（33 aa）片段：UNP residues 28-60	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；294 K；0.05 M calcium acetate, 27% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5-7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K	分辨率 2.20 Å R-free 0.268
3RK2 Truncated SNARE complex 提交 2011-04-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 28–60（33 aa）片段：UNP residues 28-60	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；294 K；0.05 M calcium acetate, 27% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5-7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K	分辨率 2.20 Å R-free 0.268
3RK3 Truncated SNARE complex with complexin 提交 2011-04-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 28–60（33 aa）片段：UNP residues 28-60	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；294 K；13-15% polyethyleneglycol (PEG) 5000MME, 0.2 M ammonium sulfate, 0.01 M EDTA, 0.1 M Tris pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K	分辨率 3.50 Å R-free 0.316
3RL0 Truncated SNARE complex with complexin (P1) 提交 2011-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 28–60（33 aa）片段：UNP residues 28-60	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；294 K；13-15% polyethyleneglycol (PEG) 5000MME, 0.2 M ammonium sulfate, 0.01 M EDTA, and 0.1 M Tris pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K	分辨率 3.80 Å R-free 0.345
3RL0 Truncated SNARE complex with complexin (P1) 提交 2011-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 E 28–60（33 aa）片段：UNP residues 28-60	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；294 K；13-15% polyethyleneglycol (PEG) 5000MME, 0.2 M ammonium sulfate, 0.01 M EDTA, and 0.1 M Tris pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K	分辨率 3.80 Å R-free 0.345
3RL0 Truncated SNARE complex with complexin (P1) 提交 2011-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 I 28–60（33 aa）片段：UNP residues 28-60	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；294 K；13-15% polyethyleneglycol (PEG) 5000MME, 0.2 M ammonium sulfate, 0.01 M EDTA, and 0.1 M Tris pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K	分辨率 3.80 Å R-free 0.345
3RL0 Truncated SNARE complex with complexin (P1) 提交 2011-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 M 28–60（33 aa）片段：UNP residues 28-60	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；294 K；13-15% polyethyleneglycol (PEG) 5000MME, 0.2 M ammonium sulfate, 0.01 M EDTA, and 0.1 M Tris pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K	分辨率 3.80 Å R-free 0.345
3RL0 Truncated SNARE complex with complexin (P1) 提交 2011-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 Q 28–60（33 aa）片段：UNP residues 28-60	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；294 K；13-15% polyethyleneglycol (PEG) 5000MME, 0.2 M ammonium sulfate, 0.01 M EDTA, and 0.1 M Tris pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K	分辨率 3.80 Å R-free 0.345
3RL0 Truncated SNARE complex with complexin (P1) 提交 2011-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 U 28–60（33 aa）片段：UNP residues 28-60	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；294 K；13-15% polyethyleneglycol (PEG) 5000MME, 0.2 M ammonium sulfate, 0.01 M EDTA, and 0.1 M Tris pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K	分辨率 3.80 Å R-free 0.345
3RL0 Truncated SNARE complex with complexin (P1) 提交 2011-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 Y 28–60（33 aa）片段：UNP residues 28-60	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；294 K；13-15% polyethyleneglycol (PEG) 5000MME, 0.2 M ammonium sulfate, 0.01 M EDTA, and 0.1 M Tris pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K	分辨率 3.80 Å R-free 0.345
3RL0 Truncated SNARE complex with complexin (P1) 提交 2011-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 c 28–60（33 aa）片段：UNP residues 28-60	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；294 K；13-15% polyethyleneglycol (PEG) 5000MME, 0.2 M ammonium sulfate, 0.01 M EDTA, and 0.1 M Tris pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K	分辨率 3.80 Å R-free 0.345
7UDC cryo-EM structures of a synaptobrevin-Munc18-1-syntaxin-1 complex class1 提交 2022-03-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 29–83（55 aa）	突变：Q36C	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
9CKX Crystal structure of Dsk2 Sti1 domain bound to a transmembrane domain 提交 2024-07-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 95–114（20 aa）链 B 95–114（20 aa）	突变：I98A,I102A,I106A,I108A,I110A,I111A (Uniprot Vamp2 numbering) in the Vamp2 segment 突变：I98A,I102A,I106A,I108A,I110A,I111A (Uniprot Vamp2 numbering) in the Vamp2 segment	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；2.5% MPD, 100 mM Tris pH 8.5	分辨率 1.98 Å R-free 0.232

共 6 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VAMP2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–37； UniProt 22–58 作者链 D； PDB构建体 1–37； UniProt 22–58

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3fie
沉积日期 deposition_date	2008-12-11
结构标题 title	Crystal structure of Clostridium botulinum neurotoxin serotype F catalytic domain with an inhibitor (inh1)
关键词 keywords	;Clostridium botulinum, BoNT F, VAMP, inhibitor, complex structure, Acetylation, Cell junction, HYDROLASE, TOXIN-PROTEIN TRANSPORT COMPLEX ;; HYDROLASE, TOXIN/PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.61 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.74 Å
零角强度 I(0) i0	150909000.00
分子量 molecular_weight	99742.0 kDa
排除体积 excluded_volume	125440 Å³
包络体积 envelope_volume	151820 Å³
水化壳体积 shell_volume	40782 Å³
包络直径 envelope_diameter	101.4 Å
壳层 Rg shell_rg	38.24 Å
包络 Rg envelope_rg	30.58 Å
形状 Rg shape_rg	30.72 Å
总 Rg total_rg	31.43 Å
总原子数 total_atoms	7041
残基数 n_residues	875
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	99.5 Å
Rg (实空间) rg_real	31.58 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.76 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5090e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3160e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.60 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	150900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9032
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	33.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.294
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.552
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	44030000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.935; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.934

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE F
分子量 formula_weight	48745.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.24.69
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7390

MPVVINSFNYNDPVNDDTILYMQIPYEEKSKKYYKAFEIMRNVWIIPERNTIGTDPSDFDPPASLENGSSAYYDPNYLTTDAEKDRYLKTTIKLFKRINSNPAGEVLLQEISYAKPYLGNEHTPINEFHPVTRTTSVNIKSSTNVKSSIILNLLVLGAGPDIFENSSYPVRKLMDSGGVYDPSNDGFGSINIVTFSPEYEYTFNDISGGYNSSTESFIADPAISLAHELIHALHGLYGARGVTYKETIKVKQAPLMIAEKPIRLEEFLTFGGQDLNIITSAMKEKIYNNLLANYEKIATRLSRVNSAPPEYDINEYKDYFQWKYGLDKNADGSYTVNENKFNEIYKKLYSFTEIDLANKFKVKCRNTYFIKYGFLKVPNLLDDDIYTVSEGFNIGNLAVNNRGQNIKLNPKIIDSIPDKLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Clostridium botulinum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1491
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	fragment of Vesicle-associated membrane protein 2
分子量 formula_weight	4280.8 kDa
突变 mutation	Q58DCY
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

PPPNLTSNRRLQQTQAQVDEVVDIMRVNVDKVLERDCX

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	349

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3fiea_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family family	d.92.1.7 — Clostridium neurotoxins, catalytic domain

结构域编号 domain_id	d3fieb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family family	d.92.1.7 — Clostridium neurotoxins, catalytic domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3fieA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1240 — Zincin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like

结构域编号 domain_id	3fieB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1240 — Zincin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	55.637 Å
晶胞边长 b length_b	61.389 Å
晶胞边长 c length_c	70.027 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	94.24 °
晶胞夹角 β angle_beta	89.92 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	113.27 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	40.650 Å
R 因子 r_factor	0.2281
R_work r_work	0.2280
R_free r_free	0.2790

fit	/app/data/saxs_computation/fi/3fie/3fie.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fi/3fie/3fie.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fi/3fie/3fie.dat

Crystal structure of Clostridium botulinum neurotoxin serotype F catalytic domain with an inhibitor (inh1)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE F

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

fragment of Vesicle-associated membrane protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)