3fky

Crystal structure of the glutamine synthetase Gln1deltaN18 from the yeast Saccharomyces cerevisiae

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamine synthetase

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 10	CITRATE ANION × 10	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 10	CITRATE ANION × 10	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GLNA_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–370； UniProt 1–370 作者链 B； PDB构建体 1–370； UniProt 1–370 作者链 C； PDB构建体 1–370； UniProt 1–370 作者链 D； PDB构建体 1–370； UniProt 1–370 作者链 E； PDB构建体 1–370； UniProt 1–370 作者链 F； PDB构建体 1–370； UniProt 1–370 作者链 G； PDB构建体 1–370； UniProt 1–370 作者链 H； PDB构建体 1–370； UniProt 1–370 作者链 I； PDB构建体 1–370； UniProt 1–370 作者链 J； PDB构建体 1–370； UniProt 1–370 作者链 K； PDB构建体 1–370； UniProt 1–370 作者链 L； PDB构建体 1–370； UniProt 1–370 作者链 M； PDB构建体 1–370； UniProt 1–370 作者链 N； PDB构建体 1–370； UniProt 1–370 作者链 O； PDB构建体 1–370； UniProt 1–370 作者链 P； PDB构建体 1–370； UniProt 1–370 作者链 Q； PDB构建体 1–370； UniProt 1–370 作者链 R； PDB构建体 1–370； UniProt 1–370 作者链 S； PDB构建体 1–370； UniProt 1–370 作者链 T； PDB构建体 1–370； UniProt 1–370

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3fky
沉积日期 deposition_date	2008-12-18
结构标题 title	Crystal structure of the glutamine synthetase Gln1deltaN18 from the yeast Saccharomyces cerevisiae
关键词 keywords	BETA-GRASP, CATALYTIC DOMAIN, Acetylation, Cytoplasm, Ligase, Ubl conjugation; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3fky__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3fky__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3fky__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	47.56 Å
Rg（电子密度）	46.60 Å
总 Rg	47.06 Å
原子数	26740
残基数	3360
排除体积	469700 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3fky__assembly_1__model_1`	decameric （10）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3fky__assembly_2__model_1`	decameric （10）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 40 domains

CATH v4.4 (40 domains)

结构域编号 domain_id	3fkyA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Glutamine synthetase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	3fkyA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	590 — Creatine Kinase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain

结构域编号 domain_id	3fkyB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Glutamine synthetase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	3fkyB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	590 — Creatine Kinase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain

结构域编号 domain_id	3fkyC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Glutamine synthetase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	3fkyC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	590 — Creatine Kinase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain

结构域编号 domain_id	3fkyD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Glutamine synthetase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	3fkyD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	590 — Creatine Kinase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain

结构域编号 domain_id	3fkyE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Glutamine synthetase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	3fkyE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	590 — Creatine Kinase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain

结构域编号 domain_id	3fkyF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Glutamine synthetase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	3fkyF02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	590 — Creatine Kinase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain

结构域编号 domain_id	3fkyG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Glutamine synthetase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	3fkyG02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	590 — Creatine Kinase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain

结构域编号 domain_id	3fkyH01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Glutamine synthetase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	3fkyH02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	590 — Creatine Kinase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain

结构域编号 domain_id	3fkyI01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Glutamine synthetase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	3fkyI02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	590 — Creatine Kinase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain

结构域编号 domain_id	3fkyJ01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Glutamine synthetase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	3fkyJ02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	590 — Creatine Kinase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain

结构域编号 domain_id	3fkyK01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Glutamine synthetase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	3fkyK02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	590 — Creatine Kinase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain

结构域编号 domain_id	3fkyL01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Glutamine synthetase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	3fkyL02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	590 — Creatine Kinase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain

结构域编号 domain_id	3fkyM01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Glutamine synthetase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	3fkyM02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	590 — Creatine Kinase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain

结构域编号 domain_id	3fkyN01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Glutamine synthetase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	3fkyN02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	590 — Creatine Kinase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain

结构域编号 domain_id	3fkyO01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Glutamine synthetase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	3fkyO02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	590 — Creatine Kinase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain

结构域编号 domain_id	3fkyP01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Glutamine synthetase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	3fkyP02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	590 — Creatine Kinase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain

结构域编号 domain_id	3fkyQ01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Glutamine synthetase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	3fkyQ02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	590 — Creatine Kinase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain

结构域编号 domain_id	3fkyR01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Glutamine synthetase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	3fkyR02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	590 — Creatine Kinase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain

结构域编号 domain_id	3fkyS01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Glutamine synthetase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	3fkyS02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	590 — Creatine Kinase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain

结构域编号 domain_id	3fkyT01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Glutamine synthetase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	3fkyT02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	590 — Creatine Kinase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain

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晶胞边长 a length_a	128.650 Å
晶胞边长 b length_b	129.940 Å
晶胞边长 c length_c	135.610 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	93.46 °
晶胞夹角 β angle_beta	104.61 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	104.01 °
晶胞分子数 Z z_pdb	20

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.950 Å
最低分辨率 resolution_low	65.218 Å
R 因子 r_factor	0.2260
R_work r_work	0.2250
R_free r_free	0.2580

描述 description	Glutamine synthetase
分子量 formula_weight	41759.9 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.1.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	20

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T
原子数 atom_count	53518

Crystal structure of the glutamine synthetase Gln1deltaN18 from the yeast Saccharomyces cerevisiae

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamine synthetase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3fky__assembly_2__model_1

3fky__assembly_2__model_1 | I(q)

3fky__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 40 domains

CATH v4.4 (40 domains)

7. 引用文献 (1)

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	CITRATE ANION
分子量 formula_weight	189.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	20

Crystal structure of the glutamine synthetase Gln1deltaN18 from the yeast Saccharomyces cerevisiae

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamine synthetase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3fky__assembly_2__model_1

3fky__assembly_2__model_1 | I(q)

3fky__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 40 domains

CATH v4.4 (40 domains)

7. 引用文献 (1)