SAXSdb — 3fmg

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycoprotein VP7

Simian rotavirus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Fab of neutralizing antibody 4F8, light chain × 3 Fab of neutralizing antibody 4F8, heavy chain × 3 CALCIUM ION × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VS09_ROTHR
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–276； UniProt 51–326

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3fmg
沉积日期 deposition_date	2008-12-22
结构标题 title	Structure of rotavirus outer capsid protein VP7 trimer in complex with a neutralizing Fab
关键词 keywords	;antibody-antigen complex, calcium dependent trimer, antiparallel beta-sandwich, jelly roll, alpha-beta-alpha sandwich, Rossmann fold, Capsid protein, Endoplasmic reticulum, Glycoprotein, Membrane, Transmembrane, Virion, IMMUNE SYSTEM ;; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3fmg__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3fmg__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3fmg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	47.73 Å
Rg（电子密度）	46.89 Å
总 Rg	47.20 Å
原子数	15498
残基数	2001
排除体积	275490 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3fmg__assembly_1__model_1`	nonameric （9）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Fab of neutralizing antibody 4F8, light chain
分子量 formula_weight	23252.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L
原子数 atom_count	5166

DIQMTQSPASLSASVGETVTITCRPSENIYSYLAWYQQKQGKSPQLLVYKAKTLPEGVPSRFSGSGSGTHFSLKISSVQPEDFGTYYCQHHNGPPLTFGAGTKLELKRADAAPTVSIFPPSSKQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNR

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Fab of neutralizing antibody 4F8, heavy chain
分子量 formula_weight	23716.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

QVQLQQSGAELMKPGALVKISCKATGYTFSSYWIEWVKQRPGHGLEWIGEILPGSGSINYNEKFKGKATFTADTSSNTAYMQLNSLTSEDSAVYYCARNHGSPDFHVMDYWGQGTSITVSSAKTTAPPVYPLAPGSAAQTNSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSPRPSETVTCNVAHPASSTKVDKKIVPR

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Glycoprotein VP7
分子量 formula_weight	31232.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

QNYGINLPITGSMDTAYANSTQEETFLTSTLCLYYPTEAATEINDNSWKDTLSQLFLTKGWPTGSVYFKEYTDIASFSVDPQLYCDYNVVLMKYDATLQLDMSELADLILNEWLCNPMDITLYYYQQTDEANKWISMGSSCTIKVCPLNTQTLGIGCLTTDTATFEEVATAEKLVITDVVDGVNHKLDVTTATCTIRNCKKLGPRENVAVIQVGGSDVLDITADPTTAPQTERMMRINWKKWWQVFYTVVDYVNQIIQAMSKRSRSLNSAAFYYRI

来源 Source

来源生物 organism	Simian rotavirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10922
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3fmgl1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d3fmgl2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	3fmgA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11130 — Glycoprotein VP7, domain 1

结构域编号 domain_id	3fmgA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	800 — Rotavirus outer-layer protein VP7, domain 2

结构域编号 domain_id	3fmgH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3fmgH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3fmgL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3fmgL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	244.179 Å
晶胞边长 b length_b	244.179 Å
晶胞边长 c length_c	244.179 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 41 3 2
空间群编号 int_tables_number	213
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.400 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2236
R_free r_free	0.2377

Structure of rotavirus outer capsid protein VP7 trimer in complex with a neutralizing Fab

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycoprotein VP7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3fmg__assembly_1__model_1

3fmg__assembly_1__model_1 | I(q)

3fmg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of rotavirus outer capsid protein VP7 trimer in complex with a neutralizing Fab

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycoprotein VP7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3fmg__assembly_1__model_1

3fmg__assembly_1__model_1 | I(q)

3fmg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)