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3fuq

Glycosylated SV2 and Gangliosides as Dual Receptors for Botulinum Neurotoxin Serotype F

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 79.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BoNT/F (Neurotoxin type F)

Clostridium botulinum

UniProt Q57236

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 862–1278 片段：sequence database residues 862-1278 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；292 K；0.1 M Tris-HCL, 18% ethanol and 150 mM NaCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K 分辨率 2.10 Å R-free 0.243

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3FUQ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3FIE Crystal structure of Clostridium botulinum neurotoxin serotype F catalytic domain with an inhibitor (inh1) 提交 2008-12-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–419（419 aa） 片段：residues 1-419, catalytic domain
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；0.1M Bis-tris, 25% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.10 Å R-free 0.279
3FIE Crystal structure of Clostridium botulinum neurotoxin serotype F catalytic domain with an inhibitor (inh1) 提交 2008-12-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–419（419 aa） 片段：residues 1-419, catalytic domain
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；0.1M Bis-tris, 25% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.10 Å R-free 0.279
3FII Crystal structure of Clostridium botulinum neurotoxin serotype F catalytic domain with an inhibitor (inh2) 提交 2008-12-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–419（419 aa） 片段：residues 1-419, catalytic domain
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；0.1M Bis-tris, 25% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.17 Å R-free 0.290
3RSJ Structure of HCRF in complex with Ganglioside GD1a 提交 2011-05-02 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 866–1278（413 aa） 片段：Receptor Binding Domain (UNP Residues 866-1276)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；292 K；0.1 M Hepes pH 7.0, 24% PEG3350, 200 mM Mg(NO3)2, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
分辨率 2.00 Å R-free 0.263
3RSJ Structure of HCRF in complex with Ganglioside GD1a 提交 2011-05-02 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 866–1278（413 aa） 片段：Receptor Binding Domain (UNP Residues 866-1276)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；292 K；0.1 M Hepes pH 7.0, 24% PEG3350, 200 mM Mg(NO3)2, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
分辨率 2.00 Å R-free 0.263
3RSJ Structure of HCRF in complex with Ganglioside GD1a 提交 2011-05-02 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 866–1278（413 aa） 片段：Receptor Binding Domain (UNP Residues 866-1276)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；292 K；0.1 M Hepes pH 7.0, 24% PEG3350, 200 mM Mg(NO3)2, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
分辨率 2.00 Å R-free 0.263
3RSJ Structure of HCRF in complex with Ganglioside GD1a 提交 2011-05-02 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 866–1278（413 aa） 片段：Receptor Binding Domain (UNP Residues 866-1276)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；292 K；0.1 M Hepes pH 7.0, 24% PEG3350, 200 mM Mg(NO3)2, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
分辨率 2.00 Å R-free 0.263

共 3 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q57236_CLOBO
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–417； UniProt 862–1278

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3fuq

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3fuq
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3fuq
沉积日期 deposition_date2009-01-14
结构标题 titleGlycosylated SV2 and Gangliosides as Dual Receptors for Botulinum Neurotoxin Serotype F
关键词 keywordsBotulinum Neurotoxin, Ganglioside, SV2, receptor binding, Neurotoxin, TOXIN; TOXIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.46 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.28 Å
零角强度 I(0) i036406500.00
分子量 molecular_weight46467.0 kDa
排除体积 excluded_volume58119 ų
包络体积 envelope_volume67644 ų
水化壳体积 shell_volume24762 ų
包络直径 envelope_diameter80.1 Å
壳层 Rg shell_rg29.99 Å
包络 Rg envelope_rg23.38 Å
形状 Rg shape_rg23.25 Å
总 Rg total_rg24.18 Å
总原子数 total_atoms3285
残基数 n_residues399
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax79.5 Å
Rg (实空间) rg_real24.50 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.54 Å
I(0) (实空间) i0_real3.6410e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.9420e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.49 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal36410000.0000
解质量估计 total_estimate0.8885
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary26.5 Å
偏度 Skewness skewness0.405
峰度 Kurtosis kurtosis-0.328
角度范围 angular_range— – 0.3250 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha6454000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.870; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.972; Smooth: 0.964
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd3fuqa1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamilyb.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family familyb.29.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3fuqa2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.42 — beta-Trefoil
超家族 Superfamily superfamilyb.42.4 — STI-like
家族 Family familyb.42.4.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3fuqA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200 —
结构域编号 domain_id3fuqA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture80 — Trefoil
拓扑 Topology topology10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)