SAXSdb — 3fvf

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Prostasin

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 45–305	片段：UNP residues 45-305, Peptidase S1 domain 突变：C122S,N127Q,C170S	GOL GLYCEROL × 1 1JZ 1-[4-(hydroxymethyl)phenyl]guanidine × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；20% PEG-6000 buffered with 0.1M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.192

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3FVF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3DFJ Crystal structure of human Prostasin 提交 2008-06-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 45–289（245 aa）片段：Serine protease domain of prostasin heavy chain: Residues 45-289	突变：C154S, C203A	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.8；298 K；100mM Bis-Tris pH 5.8, 21-26% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 1.45 Å R-free 0.213
3DFL Crystal structure of human Prostasin complexed to 4-guanidinobenzoic acid 提交 2008-06-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 45–289（245 aa）片段：Serine protease domain of prostasin heavy chain: Residues 45-289	突变：C154S, C203A	GBS 4-carbamimidamidobenzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.8；298 K；100mM Bis-Tris pH 5.8, 21-26% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.225
3E0N The X-ray structure of Human Prostasin in complex with DFFR-chloromethyl ketone inhibitor 提交 2008-07-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 45–309（265 aa）片段：UNP residues 45-305	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.70 Å R-free 0.202
3E0P The X-ray structure of Human Prostasin in complex with a covalent benzoxazole inhibitor 提交 2008-07-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 45–305（261 aa）片段：UNP residues 45-305	未记录	B3C benzyl [(1R)-1-({(2S,4R)-2-({(1S)-5-amino-1-[(S)-1,3-benzoxazol-2-yl(hydroxy)methyl]pentyl}carbamoyl)-4-[(4-methylbenzyl)oxy]pyrrolidin-1-yl}carbonyl)-3-phenylpropyl]carbamate × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；28% PEGME-5000 buffered with 0.1M Mes, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.70 Å R-free 0.224
3E16 X-ray structure of human prostasin in complex with Benzoxazole warhead peptidomimic, lysine in P3 提交 2008-08-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 45–305（261 aa）片段：UNP residues 45-305	未记录	GOL GLYCEROL × 1 B4C benzyl [(1S)-5-amino-1-{[(1S)-1-({(1S)-5-amino-1-[(S)-1,3-benzoxazol-2-yl(hydroxy)methyl]pentyl}carbamoyl)-3-phenylpropyl]carbamoyl}pentyl]carbamate × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；20% PEG-6000 buffered with 0.1M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.229
3E1X The Crystal Structure of Apo Prostasin at 1.7 Angstroms Resolution 提交 2008-08-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 45–305（261 aa）片段：UNP residues 45-305	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；30% Peg-6000 in 0.1M MES buffer, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.70 Å R-free 0.215
3GYL Structure of Prostasin at 1.3 Angstroms resolution in complex with a Calcium Ion. 提交 2009-04-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 45–305（261 aa）片段：UNP residues 45-305, Peptidase S1 Domain of Prostasin heavy chain	突变：C122S,N127Q,C170S	CA CALCIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；20% Peg-3000, 0.2M Calcium Acetate buffered with 0.1M Tris at pH 7.0,, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.30 Å R-free 0.178
3GYM Structure of Prostasin in Complex with Aprotinin 提交 2009-04-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 45–305（261 aa）片段：UNP residues 45-305, Peptidase S1 domain	突变：C122S,N127Q,C170S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；1.6M potassium hydrogen phosphate, 0.4M sodium dihydrogen phosphate, 0.2M sodium chloride in an imidazole buffer at pH 8.0., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.271
3GYM Structure of Prostasin in Complex with Aprotinin 提交 2009-04-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 45–305（261 aa）片段：UNP residues 45-305, Peptidase S1 domain	突变：C122S,N127Q,C170S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；1.6M potassium hydrogen phosphate, 0.4M sodium dihydrogen phosphate, 0.2M sodium chloride in an imidazole buffer at pH 8.0., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.271

共 8 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PRSS8_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–261； UniProt 45–305

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3fvf
沉积日期 deposition_date	2009-01-15
结构标题 title	The Crystal Structure of Prostasin Complexed with Camostat at 1.6 Angstroms Resolution
关键词 keywords	;PROSTASIN, HCAP-1, CHANNEL ACTIVATING PROTEASE, INHIBITOR, SERINE PROTEASE, ENAC, Cell membrane, Glycoprotein, Hydrolase, Membrane, Protease, Secreted, Transmembrane, Zymogen ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.22 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.07 Å
零角强度 I(0) i0	13467300.00
分子量 molecular_weight	27136.0 kDa
排除体积 excluded_volume	33779 Å³
包络体积 envelope_volume	38264 Å³
水化壳体积 shell_volume	18297 Å³
包络直径 envelope_diameter	58.9 Å
壳层 Rg shell_rg	23.77 Å
包络 Rg envelope_rg	17.53 Å
形状 Rg shape_rg	17.06 Å
总 Rg total_rg	18.10 Å
总原子数 total_atoms	1910
残基数 n_residues	213
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	58.8 Å
Rg (实空间) rg_real	18.11 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.32 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3470e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6300e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.13 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	13470000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8855
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.176
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.354
角度范围 angular_range	— – 0.4350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3768000.0000
实空间数据点数 n_real_points	75
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.841; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.993

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Prostasin
分子量 formula_weight	29608.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.-
突变 mutation	C122S,N127Q,C170S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	2177

ITGGSSAVAGQWPWQVSITYEGVHVCGGSLVSEQWVLSAAHCFPSEHHKEAYEVKLGAHQLDSYSEDAKVSTLKDIIPHPSYLQEGSQGDIALLQLSRPITFSRYIRPISLPAAQASFPNGLHCTVTGWGHVAPSVSLLTPKPLQQLEVPLISRETCNSLYNIDAKPEEPHFVQEDMVCAGYVEGGKDACQGDSGGPLSCPVEGLWYLTGIVSWGDACGARNRPGVYTLASSYASWIQSKVTELQPRVVPQTQESQPDSNLHHHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1-[4-(hydroxymethyl)phenyl]guanidine
分子量 formula_weight	165.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	247

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d3fvfb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3fvfB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	3fvfB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	53.296 Å
晶胞边长 b length_b	53.752 Å
晶胞边长 c length_c	82.924 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	45.105 Å
R 因子 r_factor	0.1596
R_work r_work	0.1579
R_free r_free	0.1918

fit	/app/data/saxs_computation/fv/3fvf/3fvf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fv/3fvf/3fvf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fv/3fvf/3fvf.dat

The Crystal Structure of Prostasin Complexed with Camostat at 1.6 Angstroms Resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Prostasin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction