3fzm

Crystal Structures of Hsc70/Bag1 in Complex with Small Molecule Inhibitors

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 85.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Heat shock cognate 71 kDa protein

Homo sapiens

UniProt P11142

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 4–381 片段:UNP residues 4-381 BAG family molecular chaperone regulator 1 × 1 (Q99933) 3GO 4-[[(2R,3S,4R,5R)-5-[6-amino-8-(quinolin-6-ylmethylamino)purin-9-yl]-3,4-dihydroxy-oxolan-2-yl]methoxymethyl]benzonitri le × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;293 K;15% PEG3350, 0.1M Tris buffer, 25mM sodium-potassium tartrate, pH8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.30 Å R-free 0.254

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 37 个其他 PDB 条目、66 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HSP7C_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–381; UniProt 4–381

BAG family molecular chaperone regulator 1

Homo sapiens

UniProt Q99933

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 222–334 片段:UNP residues 222-334 Heat shock cognate 71 kDa protein × 1 (P11142) 3GO 4-[[(2R,3S,4R,5R)-5-[6-amino-8-(quinolin-6-ylmethylamino)purin-9-yl]-3,4-dihydroxy-oxolan-2-yl]methoxymethyl]benzonitri le × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;293 K;15% PEG3350, 0.1M Tris buffer, 25mM sodium-potassium tartrate, pH8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.30 Å R-free 0.254

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 28 个其他 PDB 条目、47 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BAG1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 2–114; UniProt 222–334

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3fzm

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3fzm
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3fzm
沉积日期 deposition_date2009-01-26
结构标题 titleCrystal Structures of Hsc70/Bag1 in Complex with Small Molecule Inhibitors
关键词 keywords;HSP70, HSC70, BAG1, heat shock, chaperone, protein folding, adenosine, nucleotide, nucleotide exchange factor, small molecule inhibitor, ATP-binding, nucleotide-binding, stress response, apoptosis ;; CHAPERONE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.69
回转半径 Rg (电子) rg_electron24.85
零角强度 I(0) i049725100.00
分子量 molecular_weight54597.0 kDa
排除体积 excluded_volume68440 ų
包络体积 envelope_volume85105 ų
水化壳体积 shell_volume28540 ų
包络直径 envelope_diameter87.2
壳层 Rg shell_rg32.03
包络 Rg envelope_rg24.93
形状 Rg shape_rg24.84
总 Rg total_rg25.71
总原子数 total_atoms3843
残基数 n_residues488
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax85.0
Rg (实空间) rg_real25.62
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.49
I(0) (实空间) i0_real4.9730e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.0530e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal25.64
I(0) (倒空间) i0_reciprocal49730000.0000
解质量估计 total_estimate0.8931
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary31.5
偏度 Skewness skewness0.248
峰度 Kurtosis kurtosis-0.377
角度范围 angular_range— – 0.3100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha11260000.0000
实空间数据点数 n_real_points63
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.872; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.989

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd3fzma1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family familyc.55.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3fzma2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family familyc.55.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3fzmb1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.7 — Spectrin repeat-like
超家族 Superfamily superfamilya.7.7 — BAG domain
家族 Family familya.7.7.1 — BAG domain
结构域编号 domain_idd3fzmb2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id3fzmA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id3fzmA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Defensin A-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30
结构域编号 domain_id3fzmA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id3fzmA04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4
结构域编号 domain_id3fzmB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily120 — BAG domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)