SAXSdb — 3g0h

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP-dependent RNA helicase DDX19B

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 单体蛋白 × 1 RNA 1 PDB 声明：dimeric（2）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 54–475	片段：UNP residues 54-275	5'-R(PUPUPUPUPUPUPU)-3' × 1 ANP* PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；14% PEGMME 2000, 0.25M trimethylamine n-oxide, 0.1 M Tris, pH 8, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.275

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3G0H	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3EWS Human DEAD-box RNA-helicase DDX19 in complex with ADP 提交 2008-10-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 54–475（422 aa）片段：Helicase ATP-binding domain, Helicase C-terminal domain, UNP residues 54-475	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；0.1M ammonium acetate, 0.1M Bis-Tris, 17% PEG-10000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.260
3EWS Human DEAD-box RNA-helicase DDX19 in complex with ADP 提交 2008-10-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 54–475（422 aa）片段：Helicase ATP-binding domain, Helicase C-terminal domain, UNP residues 54-475	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；0.1M ammonium acetate, 0.1M Bis-Tris, 17% PEG-10000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.260
3FHC Crystal structure of human Dbp5 in complex with Nup214 提交 2008-12-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 68–302（235 aa）片段：Nterminal RecA-like domain, UNP residues 68-302	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；50mM MES pH 6.0, 900mM Na citrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.260
3FHT Crystal structure of human Dbp5 in complex with AMPPNP and RNA 提交 2008-12-10	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 68–479（412 aa）片段：Helicase ATP-binding domain, C-terminal domain, residues 68-479	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；100mM Tris pH 7.0, 20% PEG 2000 mono-methyl-ether, 3% PEG 3350, 30mM NaF, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.225
3FHT Crystal structure of human Dbp5 in complex with AMPPNP and RNA 提交 2008-12-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 B 68–479（412 aa）片段：Helicase ATP-binding domain, C-terminal domain, residues 68-479	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；100mM Tris pH 7.0, 20% PEG 2000 mono-methyl-ether, 3% PEG 3350, 30mM NaF, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.225
3FMO Crystal structure of the nucleoporin Nup214 in complex with the DEAD-box helicase Ddx19 提交 2008-12-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–300（300 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；298 K；sodium di-hydrogen phosphate, di-potassium hydrogen phosphate, sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.51 Å R-free 0.242
3FMP Crystal structure of the nucleoporin Nup214 in complex with the DEAD-box helicase Ddx19 提交 2008-12-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–479（479 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.5；298 K；PEG 3000, CHES buffer, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.19 Å R-free 0.283
3FMP Crystal structure of the nucleoporin Nup214 in complex with the DEAD-box helicase Ddx19 提交 2008-12-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–479（479 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.5；298 K；PEG 3000, CHES buffer, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.19 Å R-free 0.283
6B4I Crystal structure of human Gle1 CTD-Nup42 GBM-DDX19B(ADP) complex 提交 2017-09-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 54–479（426 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；13 % (w/v) PEG 3350, 0.2 M sodium potassium phosphate	分辨率 3.62 Å R-free 0.281
6B4I Crystal structure of human Gle1 CTD-Nup42 GBM-DDX19B(ADP) complex 提交 2017-09-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 54–479（426 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；13 % (w/v) PEG 3350, 0.2 M sodium potassium phosphate	分辨率 3.62 Å R-free 0.281
6B4J Crystal structure of human Gle1 CTD-Nup42 GBM-DDX19B(AMPPNP) complex 提交 2017-09-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 54–479（426 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；15 % (w/v) PEG 3350, 0.3 M sodium potassium phosphate pH 6.6	分辨率 3.40 Å R-free 0.313
6B4J Crystal structure of human Gle1 CTD-Nup42 GBM-DDX19B(AMPPNP) complex 提交 2017-09-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 54–479（426 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；15 % (w/v) PEG 3350, 0.3 M sodium potassium phosphate pH 6.6	分辨率 3.40 Å R-free 0.313
6B4K Crystal structure of human DDX19B(AMPPNP) 提交 2017-09-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 54–479（426 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MLI MALONATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M MIB buffer pH 5.0 (malonate, imidazole, borate), 13 % (w/v) PEG 1500	分辨率 2.20 Å R-free 0.248
6B4K Crystal structure of human DDX19B(AMPPNP) 提交 2017-09-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 54–479（426 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MLI MALONATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M MIB buffer pH 5.0 (malonate, imidazole, borate), 13 % (w/v) PEG 1500	分辨率 2.20 Å R-free 0.248

共 8 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DD19B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–424； UniProt 54–475

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3g0h
沉积日期 deposition_date	2009-01-28
结构标题 title	Human dead-box RNA helicase DDX19, in complex with an ATP-analogue and RNA
关键词 keywords	;PROTEIN-RNA COMPLEX, DBP5, Structural Genomics, Structural Genomics Consortium, SGC, ATP-binding, Helicase, Hydrolase, Membrane, mRNA transport, Nuclear pore complex, Nucleotide-binding, Nucleus, Phosphoprotein, Protein transport, RNA-binding, Translocation, Transport, polyURACIL, HYDROLASE-RNA COMPLEX ;; HYDROLASE/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.18 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.30 Å
零角强度 I(0) i0	41720700.00
分子量 molecular_weight	48537.0 kDa
排除体积 excluded_volume	60187 Å³
包络体积 envelope_volume	70195 Å³
水化壳体积 shell_volume	26617 Å³
包络直径 envelope_diameter	69.9 Å
壳层 Rg shell_rg	28.72 Å
包络 Rg envelope_rg	21.54 Å
形状 Rg shape_rg	21.31 Å
总 Rg total_rg	22.11 Å
总原子数 total_atoms	3388
残基数 n_residues	415
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	67.8 Å
Rg (实空间) rg_real	22.04 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.29 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.1720e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.9400e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.07 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	41720000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9039
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.208
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.403
角度范围 angular_range	— – 0.3600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11950000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.921; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.992

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ATP-dependent RNA helicase DDX19B
分子量 formula_weight	48025.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3388

SMEDRAAQSLLNKLIRSNLVDNTNQVEVLQRDPNSPLYSVKSFEELRLKPQLLQGVYAMGFNRPSKIQENALPLMLAEPPQNLIAQSQSGTGKTAAFVLAMLSQVEPANKYPQCLCLSPTYELALQTGKVIEQMGKFYPELKLAYAVRGNKLERGQKISEQIVIGTPGTVLDWCSKLKFIDPKKIKVFVLDEADVMIATQGHQDQSIRIQRMLPRNCQMLLFSATFEDSVWKFAQKVVPDPNVIKLKREEETLDTIKQYYVLCSSRDEKFQALCNLYGAITIAQAMIFCHTRKTASWLAAELSKEGHQVALLSGEMMVEQRAAVIERFREGKEKVLVTTNVCARGIDVEQVSVVINFDLPVDKDGNPDNETYLHRIGRTGRFGKRGLAVNMVDSKHSMNILNRIQEHFNKKIERLDTDDLDEIE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5'-R(PUPUPUPUPUPUP*U)-3'
分子量 formula_weight	2098.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	E

UUUUUUU

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	506.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3g0ha1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3g0ha2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	3g0hA01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2170 —

结构域编号 domain_id	3g0hA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3g0hA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	41.570 Å
晶胞边长 b length_b	81.080 Å
晶胞边长 c length_c	124.740 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	29.620 Å
R 因子 r_factor	0.2201
R_work r_work	0.2172
R_free r_free	0.2752

fit	/app/data/saxs_computation/g0/3g0h/3g0h.fit
pddf	/app/data/pr_computation/g0/3g0h/3g0h.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/g0/3g0h/3g0h.dat

Human dead-box RNA helicase DDX19, in complex with an ATP-analogue and RNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP-dependent RNA helicase DDX19B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)