SAXSdb — 3gcd

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RTX toxin RtxA

Vibrio cholerae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	ethyl (5S,8S,14S)-14-hydroxy-5,8,11-tris(2-methylpropyl)-3,6,9,12-tetraoxo-1-phenyl-2-oxa-4,7,10,11-tetraazapentadecan-15-oate × 1 INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 SODIUM ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	ethyl (5S,8S,14S)-14-hydroxy-5,8,11-tris(2-methylpropyl)-3,6,9,12-tetraoxo-1-phenyl-2-oxa-4,7,10,11-tetraazapentadecan-15-oate × 1 INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 SODIUM ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	ethyl (5S,8S,14S)-14-hydroxy-5,8,11-tris(2-methylpropyl)-3,6,9,12-tetraoxo-1-phenyl-2-oxa-4,7,10,11-tetraazapentadecan-15-oate × 1 INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 SODIUM ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	ethyl (5S,8S,14S)-14-hydroxy-5,8,11-tris(2-methylpropyl)-3,6,9,12-tetraoxo-1-phenyl-2-oxa-4,7,10,11-tetraazapentadecan-15-oate × 1 INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 SODIUM ION × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9KS12_VIBCH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–209； UniProt 3442–3650 作者链 B； PDB构建体 1–209； UniProt 3442–3650 作者链 C； PDB构建体 1–209； UniProt 3442–3650 作者链 D； PDB构建体 1–209； UniProt 3442–3650

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3gcd
沉积日期 deposition_date	2009-02-21
结构标题 title	Structure of the V. cholerae RTX cysteine protease domain in complex with an aza-Leucine peptide inhibitor
关键词 keywords	V. cholerae, repeats-in-toxin, MARTX, cysteine protease, inositol hexakisphosphate, aza-peptide, aza-Leu, TOXIN-INHIBITOR complex; TOXIN/INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3gcd__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3gcd__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3gcd__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	17.00 Å
Rg（电子密度）	15.65 Å
总 Rg	16.62 Å
原子数	1633
残基数	202
排除体积	28372 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3gcd__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3gcd__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3gcd__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3gcd__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	RTX toxin RtxA
分子量 formula_weight	22709.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	6677

ADGKILHNQNVNSWGPITVTPTTDGGETRFDGQIIVQMENDPVVAKAAANLAGKHAESSVVVQLDSDGNYRVVYGDPSKLDGKLRWQLVGHGRDHSETNNTRLSGYSADELAVKLAKFQQSFNQAENINNKPDHISIVGCSLVSDDKQKGFGHQFINAMDANGLRVDVSVRSSELAVDEAGRKHTKDANGDWVQKAENNKVSLSWDAQG

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio cholerae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	666
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ethyl (5S,8S,14S)-14-hydroxy-5,8,11-tris(2-methylpropyl)-3,6,9,12-tetraoxo-1-phenyl-2-oxa-4,7,10,11-tetraazapentadecan-15-oate
分子量 formula_weight	592.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE
分子量 formula_weight	660.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	145

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3gcdA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11050 — MARTX cysteine protease (CPD) domain

结构域编号 domain_id	3gcdB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11050 — MARTX cysteine protease (CPD) domain

结构域编号 domain_id	3gcdC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11050 — MARTX cysteine protease (CPD) domain

结构域编号 domain_id	3gcdD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11050 — MARTX cysteine protease (CPD) domain

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晶胞边长 a length_a	48.560 Å
晶胞边长 b length_b	65.854 Å
晶胞边长 c length_c	254.880 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.350 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2206
R_work r_work	0.2183
R_free r_free	0.2650

Structure of the V. cholerae RTX cysteine protease domain in complex with an aza-Leucine peptide inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RTX toxin RtxA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3gcd__assembly_3__model_1

3gcd__assembly_3__model_1 | I(q)

3gcd__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of the V. cholerae RTX cysteine protease domain in complex with an aza-Leucine peptide inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RTX toxin RtxA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3gcd__assembly_3__model_1

3gcd__assembly_3__model_1 | I(q)

3gcd__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)