3gfs

Structure of YhdA, K109D/D137K variant

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FMN-dependent NADPH-azoreductase

Bacillus subtilis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 4 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 4 water × 4	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 4 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AZR_BACSU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–174； UniProt 1–174 作者链 B； PDB构建体 1–174； UniProt 1–174 作者链 C； PDB构建体 1–174； UniProt 1–174 作者链 D； PDB构建体 1–174； UniProt 1–174 作者链 E； PDB构建体 1–174； UniProt 1–174 作者链 F； PDB构建体 1–174； UniProt 1–174 作者链 G； PDB构建体 1–174； UniProt 1–174 作者链 H； PDB构建体 1–174； UniProt 1–174 作者链 I； PDB构建体 1–174； UniProt 1–174 作者链 J； PDB构建体 1–174； UniProt 1–174 作者链 K； PDB构建体 1–174； UniProt 1–174 作者链 L； PDB构建体 1–174； UniProt 1–174

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3gfs
沉积日期 deposition_date	2009-02-27
结构标题 title	Structure of YhdA, K109D/D137K variant
关键词 keywords	FLAVOPROTEINS, QUINONE REDUCTASE, FLAVODOXIN, OLIGOMERIZATION, Flavoprotein, FMN, NADP, Oxidoreductase; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3gfs__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3gfs__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3gfs__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.47 Å
Rg（电子密度）	24.41 Å
总 Rg	25.29 Å
原子数	5238
残基数	666
排除体积	94213 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3gfs__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3gfs__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3gfs__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	FMN-dependent NADPH-azoreductase
分子量 formula_weight	18925.9 kDa
EC 编号 ec_number	1.7.-.-
突变 mutation	K109D, D137K
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	16728

MNMLVINGTPRKHGRTRIAASYIAALYHTDLIDLSEFVLPVFNGEAEQSELLKVQELKQRVTKADAIVLLSPEYHSGMSGALKNALDFLSSEQFKYKPVALLAVAGGGDGGINALNNMRTVMRGVYANVIPKQLVLKPVHIDVENATVAENIKESIKELVEELSMFAKAGNPGV

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus subtilis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1423
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	FLAVIN MONONUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	456.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	977

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d3gfsa_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.5 — Flavoproteins
家族 Family family	c.23.5.4 — NADPH-dependent FMN reductase

结构域编号 domain_id	d3gfsb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.5 — Flavoproteins
家族 Family family	c.23.5.4 — NADPH-dependent FMN reductase

结构域编号 domain_id	d3gfsc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.5 — Flavoproteins
家族 Family family	c.23.5.4 — NADPH-dependent FMN reductase

结构域编号 domain_id	d3gfsd_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.5 — Flavoproteins
家族 Family family	c.23.5.4 — NADPH-dependent FMN reductase

结构域编号 domain_id	d3gfse_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.5 — Flavoproteins
家族 Family family	c.23.5.4 — NADPH-dependent FMN reductase

结构域编号 domain_id	d3gfsf_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.5 — Flavoproteins
家族 Family family	c.23.5.4 — NADPH-dependent FMN reductase

结构域编号 domain_id	d3gfsg_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.5 — Flavoproteins
家族 Family family	c.23.5.4 — NADPH-dependent FMN reductase

结构域编号 domain_id	d3gfsh_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.5 — Flavoproteins
家族 Family family	c.23.5.4 — NADPH-dependent FMN reductase

结构域编号 domain_id	d3gfsi_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.5 — Flavoproteins
家族 Family family	c.23.5.4 — NADPH-dependent FMN reductase

结构域编号 domain_id	d3gfsj_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.5 — Flavoproteins
家族 Family family	c.23.5.4 — NADPH-dependent FMN reductase

结构域编号 domain_id	d3gfsk_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.5 — Flavoproteins
家族 Family family	c.23.5.4 — NADPH-dependent FMN reductase

结构域编号 domain_id	d3gfsl_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.5 — Flavoproteins
家族 Family family	c.23.5.4 — NADPH-dependent FMN reductase

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	3gfsA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	360 — Flavodoxin domain

结构域编号 domain_id	3gfsB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	360 — Flavodoxin domain

结构域编号 domain_id	3gfsC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	360 — Flavodoxin domain

结构域编号 domain_id	3gfsD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	360 — Flavodoxin domain

结构域编号 domain_id	3gfsE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	360 — Flavodoxin domain

结构域编号 domain_id	3gfsF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	360 — Flavodoxin domain

结构域编号 domain_id	3gfsG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	360 — Flavodoxin domain

结构域编号 domain_id	3gfsH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	360 — Flavodoxin domain

结构域编号 domain_id	3gfsI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	360 — Flavodoxin domain

结构域编号 domain_id	3gfsJ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	360 — Flavodoxin domain

结构域编号 domain_id	3gfsK00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	360 — Flavodoxin domain

结构域编号 domain_id	3gfsL00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	360 — Flavodoxin domain

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晶胞边长 a length_a	68.625 Å
晶胞边长 b length_b	170.132 Å
晶胞边长 c length_c	93.289 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	92.25 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.105 Å
最低分辨率 resolution_low	29.341 Å
R 因子 r_factor	0.1870
R_work r_work	0.1850
R_free r_free	0.2210

Structure of YhdA, K109D/D137K variant

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FMN-dependent NADPH-azoreductase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3gfs__assembly_3__model_1

3gfs__assembly_3__model_1 | I(q)

3gfs__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of YhdA, K109D/D137K variant

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FMN-dependent NADPH-azoreductase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3gfs__assembly_3__model_1

3gfs__assembly_3__model_1 | I(q)

3gfs__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)