SAXSdb — 3gfx

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Klebsiella pneumoniae BlrP1

Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae MGH 78578

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2 ;9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) ; × 2 CALCIUM ION × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A6T8V8_KLEP7
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 9–413； UniProt 1–405 作者链 B； PDB构建体 9–413； UniProt 1–405

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3gfx
沉积日期 deposition_date	2009-02-27
结构标题 title	Klebsiella pneumoniae BlrP1 pH 4.5 calcium/cy-diGMP complex
关键词 keywords	TIM-barrel, BLUF-domain, EAL-domain, HYDROLASE, SIGNALING PROTEIN; HYDROLASE, SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3gfx__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3gfx__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3gfx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.80 Å
Rg（电子密度）	28.65 Å
总 Rg	29.43 Å
原子数	6319
残基数	786
排除体积	112790 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3gfx__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Klebsiella pneumoniae BlrP1
分子量 formula_weight	45934.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6725

ISEFGSSRMLTTLIYRSQVHPDRPPVDLDALVHRASSKNLPLGITGILLFNGLQFFQVLEGTEEALESLFSEIQSDPRHRDVVELMRDYSAYRRFHGTGMRILDLRLFETDGALEEILRFSTFGVTEPVNDRMFRLLSAFIADGGRYCLPEPLQPSRWMMMPASGTAAPQHLPGQPCQFALQAIVEPAKKRVSSFEALIRSPTGGSPVEMFAAIAAEDRYRFDLESKAYAFALAGQLPLGKHQLAINLLPGSLYHHPDAVGWLMDSLLAAGLRPDQVLIEVTETEVITCFDQFRKVLKALRVAGMKLAIDDFGAGYSGLSLLTRFQPDKIKVDAELVRDIHISGTKQAIVASVVRCCEDLGITVVAEGVETLEEWCWLQSVGIRLFQGFLFSRPCLNGIGEICWPVARQAMDL

来源 Source

来源生物 organism	Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae MGH 78578
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	272620
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	FLAVIN MONONUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	456.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	;9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) ;
分子量 formula_weight	690.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	406

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3gfxA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

结构域编号 domain_id	3gfxA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	450 — EAL domain

结构域编号 domain_id	3gfxB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

结构域编号 domain_id	3gfxB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	450 — EAL domain

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晶胞边长 a length_a	69.000 Å
晶胞边长 b length_b	96.900 Å
晶胞边长 c length_c	128.500 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	15.000 Å
R 因子 r_factor	0.2321
R_work r_work	0.2297
R_free r_free	0.2771

Klebsiella pneumoniae BlrP1 pH 4.5 calcium/cy-diGMP complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Klebsiella pneumoniae BlrP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3gfx__assembly_1__model_1

3gfx__assembly_1__model_1 | I(q)

3gfx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Klebsiella pneumoniae BlrP1 pH 4.5 calcium/cy-diGMP complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Klebsiella pneumoniae BlrP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3gfx__assembly_1__model_1

3gfx__assembly_1__model_1 | I(q)

3gfx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)