3ggx

HIV Protease, pseudo-symmetric inhibitors

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

V-1 protease

Human immunodeficiency virus 1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	;methyl [(1S)-1-{[(1R,3S,4S)-4-{[(2S)-3,3-dimethyl-2-{3-[(6-methylpyridin-2-yl)methyl]-2-oxo-2,3-dihydro-1H-imidazol-1-yl}butanoyl]amino}-3-hydroxy-5-phenyl-1-(4-pyridin-2-ylbenzyl)pentyl]carbamoyl}-2,2-dimethylpropyl]carbamate ; × 1	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	;methyl [(1S)-1-{[(1R,3S,4S)-4-{[(2S)-3,3-dimethyl-2-{3-[(6-methylpyridin-2-yl)methyl]-2-oxo-2,3-dihydro-1H-imidazol-1-yl}butanoyl]amino}-3-hydroxy-5-phenyl-1-(4-pyridin-2-ylbenzyl)pentyl]carbamoyl}-2,2-dimethylpropyl]carbamate ; × 1	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	;methyl [(1S)-1-{[(1R,3S,4S)-4-{[(2S)-3,3-dimethyl-2-{3-[(6-methylpyridin-2-yl)methyl]-2-oxo-2,3-dihydro-1H-imidazol-1-yl}butanoyl]amino}-3-hydroxy-5-phenyl-1-(4-pyridin-2-ylbenzyl)pentyl]carbamoyl}-2,2-dimethylpropyl]carbamate ; × 1	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	;methyl [(1S)-1-{[(1R,3S,4S)-4-{[(2S)-3,3-dimethyl-2-{3-[(6-methylpyridin-2-yl)methyl]-2-oxo-2,3-dihydro-1H-imidazol-1-yl}butanoyl]amino}-3-hydroxy-5-phenyl-1-(4-pyridin-2-ylbenzyl)pentyl]carbamoyl}-2,2-dimethylpropyl]carbamate ; × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9Q2G8_9HIV1
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99 作者链 B； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99 作者链 C； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99 作者链 D； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99 作者链 E； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99 作者链 F； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99 作者链 G； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99 作者链 H； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3ggx
沉积日期 deposition_date	2009-03-02
结构标题 title	HIV Protease, pseudo-symmetric inhibitors
关键词 keywords	HIV Protease, pseudo-symmetric inhibitors, Hydrolase, Protease; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3ggx__assembly_4__model_1

Assembly 4 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3ggx__assembly_4__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3ggx__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	18.11 Å
Rg（电子密度）	17.12 Å
总 Rg	18.16 Å
原子数	1574
残基数	198
排除体积	28794 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3ggx__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3ggx__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3ggx__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3ggx__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d3ggxa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.50 — Acid proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.50.1 — Acid proteases
家族 Family family	b.50.1.1 — Retroviral protease (retropepsin)

结构域编号 domain_id	d3ggxb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.50 — Acid proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.50.1 — Acid proteases
家族 Family family	b.50.1.1 — Retroviral protease (retropepsin)

结构域编号 domain_id	d3ggxc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.50 — Acid proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.50.1 — Acid proteases
家族 Family family	b.50.1.1 — Retroviral protease (retropepsin)

结构域编号 domain_id	d3ggxd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.50 — Acid proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.50.1 — Acid proteases
家族 Family family	b.50.1.1 — Retroviral protease (retropepsin)

结构域编号 domain_id	d3ggxe_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.50 — Acid proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.50.1 — Acid proteases
家族 Family family	b.50.1.1 — Retroviral protease (retropepsin)

结构域编号 domain_id	d3ggxf_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.50 — Acid proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.50.1 — Acid proteases
家族 Family family	b.50.1.1 — Retroviral protease (retropepsin)

结构域编号 domain_id	d3ggxg_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.50 — Acid proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.50.1 — Acid proteases
家族 Family family	b.50.1.1 — Retroviral protease (retropepsin)

结构域编号 domain_id	d3ggxh_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.50 — Acid proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.50.1 — Acid proteases
家族 Family family	b.50.1.1 — Retroviral protease (retropepsin)

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	3ggxA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acid Proteases

结构域编号 domain_id	3ggxB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acid Proteases

结构域编号 domain_id	3ggxC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acid Proteases

结构域编号 domain_id	3ggxD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acid Proteases

结构域编号 domain_id	3ggxE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acid Proteases

结构域编号 domain_id	3ggxF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acid Proteases

结构域编号 domain_id	3ggxG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acid Proteases

结构域编号 domain_id	3ggxH00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acid Proteases

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晶胞边长 a length_a	42.654 Å
晶胞边长 b length_b	195.569 Å
晶胞边长 c length_c	50.371 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.19 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	42.650 Å
R 因子 r_factor	0.2080
R_work r_work	0.2054
R_free r_free	0.2546

描述 description	V-1 protease
分子量 formula_weight	10803.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	6278

HIV Protease, pseudo-symmetric inhibitors

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

V-1 protease

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3ggx__assembly_4__model_1

3ggx__assembly_4__model_1 | I(q)

3ggx__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

HIV Protease, pseudo-symmetric inhibitors

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

V-1 protease

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3ggx__assembly_4__model_1

3ggx__assembly_4__model_1 | I(q)

3ggx__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)