SAXSdb — 3gi8

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Uncharacterized protein MJ0609

Methanocaldococcus jannaschii

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	7F11 Anti-ApcT Monoclonal Fab Light Chain × 1 7F11 Anti-ApcT Monoclonal Fab Heavy Chain × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Y609_METJA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–435； UniProt 1–435

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3gi8
沉积日期 deposition_date	2009-03-05
结构标题 title	Crystal Structure of ApcT K158A Transporter Bound to 7F11 Monoclonal Fab Fragment
关键词 keywords	;membrane protein, transporter, antibody, Cell membrane, Membrane, Transmembrane, TRANSPORT PROTEIN, Structural Genomics, PSI-2, Protein Structure Initiative, New York Consortium on Membrane Protein Structure, NYCOMPS ;; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3gi8__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3gi8__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3gi8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	37.43 Å
Rg（电子密度）	38.05 Å
总 Rg	38.30 Å
原子数	6720
残基数	875
排除体积	121500 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3gi8__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Uncharacterized protein MJ0609
分子量 formula_weight	48272.1 kDa
突变 mutation	K158A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	6924

MELKNKKLSLWEAVSMAVGVMIGASIFSIFGVGAKIAGRNLPETFILSGIYALLVAYSYTKLGAKIVSNAGPIAFIHKAIGDNIITGALSILLWMSYVISIALFAKGFAGYFLPLINAPINTFNIAITEIGIVAFFTALNFFGSKAVGRAEFFIVLVALLILGLFIFAGLITIHPSYVIPDLAPSAVSGMIFASAIFFLSYMGFGVITNASEHIENPKKNVPRAIFISILIVMFVYVGVAISAIGNLPIDELIKASENALAVAAKPFLGNLGFLLISIGALFSISSAMNATIYGGANVAYSLAKDGELPEFFERKVWFKSTEGLYITSALGVLFALLFNMEGVASITSAVFMVIYLFVILSHYILIDEVGGRKEIVIFSFIVVLGVFLLLLYYQWITNRFVFYGIIATFIGVLIFEIIYRKVTKRTFSNNMYVKSLESSGLVPR

来源 Source

来源生物 organism	Methanocaldococcus jannaschii
通用名 common_name	Methanococcus jannaschii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2190
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	7F11 Anti-ApcT Monoclonal Fab Light Chain
分子量 formula_weight	24284.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

DIVMTQSPSSLAMSVGQKVTLSCKSSQSLLNTSNQKNYLAWYQQKPGQSPKLLVYFASTRESGVPDRFIGSGSGTDFTLTISSVQAEDLSDFFCQQHYSTPYTFGGGTKLEIKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Mus musculus

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	7F11 Anti-ApcT Monoclonal Fab Heavy Chain
分子量 formula_weight	23984.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

QVQLLQPGAELVKPGASVKLSCKASGYTFTSYWMYWVKQRPGQGLEWIGEIDPSDSYTNYNQNFKGKATLTVDKSSSTAFMQLSSLTSQDSAVYFCARSPHYYGTTYNYPMDYWGQGTSVTVSSAKTTPPSVYPLAPGCGDTTGSSVTLGCLVKGYFPESVTVTWNSGSLSSSVHTFPALLQSGLYTMSSSVTVPSSTWPSQTVTCSVAHPASSTTVDKKLEP

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Mus musculus

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	204

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d3gi8c_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.54 — SNF-like
超家族 Superfamily superfamily	f.54.1 — SNF-like
家族 Family family	f.54.1.2 — Amino acid antiporter-like

结构域编号 domain_id	d3gi8l1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3gi8l2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	3gi8C00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1740 — Amino acid/polyamine transporter I
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Amino acid/polyamine transporter I

结构域编号 domain_id	3gi8H01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3gi8H02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3gi8L01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3gi8L02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	46.039 Å
晶胞边长 b length_b	111.188 Å
晶胞边长 c length_c	115.674 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.92 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.590 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2563
R_work r_work	0.2536
R_free r_free	0.3069

Crystal Structure of ApcT K158A Transporter Bound to 7F11 Monoclonal Fab Fragment

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Uncharacterized protein MJ0609

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3gi8__assembly_1__model_1

3gi8__assembly_1__model_1 | I(q)

3gi8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of ApcT K158A Transporter Bound to 7F11 Monoclonal Fab Fragment

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Uncharacterized protein MJ0609

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3gi8__assembly_1__model_1

3gi8__assembly_1__model_1 | I(q)

3gi8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)