3gk0

Crystal structure of pyridoxal phosphate biosynthetic protein from Burkholderia pseudomallei

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Pyridoxine 5'-phosphate synthase ;

Burkholderia pseudomallei

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	PHOSPHATE ION × 2 1-DEOXY-D-XYLULOSE-5-PHOSPHATE × 2 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	PHOSPHATE ION × 1 1-DEOXY-D-XYLULOSE-5-PHOSPHATE × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	PHOSPHATE ION × 3 1-DEOXY-D-XYLULOSE-5-PHOSPHATE × 1 water × 4	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	PHOSPHATE ION × 2 water × 2	与蛋白数一致
5	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	PHOSPHATE ION × 1 1-DEOXY-D-XYLULOSE-5-PHOSPHATE × 1 water × 2	与蛋白数一致
6	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	PHOSPHATE ION × 1 1-DEOXY-D-XYLULOSE-5-PHOSPHATE × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PDXJ_BURP1
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 22–278； UniProt 1–257 作者链 B； PDB构建体 22–278； UniProt 1–257 作者链 C； PDB构建体 22–278； UniProt 1–257 作者链 D； PDB构建体 22–278； UniProt 1–257 作者链 E； PDB构建体 22–278； UniProt 1–257 作者链 F； PDB构建体 22–278； UniProt 1–257 作者链 G； PDB构建体 22–278； UniProt 1–257 作者链 H； PDB构建体 22–278； UniProt 1–257

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3gk0
沉积日期 deposition_date	2009-03-09
结构标题 title	Crystal structure of pyridoxal phosphate biosynthetic protein from Burkholderia pseudomallei
关键词 keywords	;deCODE, SSGCID, NIAID, SBRI, Pyridoxine biosynthesis, Transferase, Structural Genomics, Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease ;; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3gk0__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3gk0__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3gk0__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.20 Å
Rg（电子密度）	25.67 Å
总 Rg	26.38 Å
原子数	3730
残基数	497
排除体积	65642 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3gk0__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3gk0__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3gk0__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3gk0__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`3gk0__assembly_5__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`3gk0__assembly_6__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;Pyridoxine 5'-phosphate synthase ;
分子量 formula_weight	29837.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.6.99.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	15737

MAHHHHHHMGTLEAQTQGPGSMSFFLTTPAAIDLGVNIDHVATLRNARGTAYPDPVRAALAAEDAGADAITLHLREDRRHIVDADVRTLRPRVKTRMNLECAVTPEMLDIACEIRPHDACLVPEKRSELTTEGGLDVVGHFDAVRAACKQLADAGVRVSLFIDPDEAQIRAAHETGAPVIELHTGRYADAHDAAEQQREFERIATGVDAGIALGLKVNAGHGLHYTNVQAIAALPGIAELNIGHAIVAHAVFVGWDNAVREMKAIMVAARVAALHGGR

来源 Source

来源生物 organism	Burkholderia pseudomallei
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	320372
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1-DEOXY-D-XYLULOSE-5-PHOSPHATE
分子量 formula_weight	214.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	851

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d3gk0a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.24 — Pyridoxine 5'-phosphate synthase
家族 Family family	c.1.24.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3gk0b_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.24 — Pyridoxine 5'-phosphate synthase
家族 Family family	c.1.24.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3gk0c_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.24 — Pyridoxine 5'-phosphate synthase
家族 Family family	c.1.24.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3gk0d_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.24 — Pyridoxine 5'-phosphate synthase
家族 Family family	c.1.24.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3gk0e_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.24 — Pyridoxine 5'-phosphate synthase
家族 Family family	c.1.24.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3gk0f_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.24 — Pyridoxine 5'-phosphate synthase
家族 Family family	c.1.24.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3gk0g_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.24 — Pyridoxine 5'-phosphate synthase
家族 Family family	c.1.24.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3gk0h_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.24 — Pyridoxine 5'-phosphate synthase
家族 Family family	c.1.24.0 — automated matches

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	3gk0A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	3gk0B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	3gk0C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	3gk0D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	3gk0E00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	3gk0F00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	3gk0G00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	3gk0H00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

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晶胞边长 a length_a	90.090 Å
晶胞边长 b length_b	91.864 Å
晶胞边长 c length_c	90.024 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	118.48 °
晶胞夹角 β angle_beta	116.81 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	93.50 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.280 Å
最低分辨率 resolution_low	46.500 Å
R 因子 r_factor	0.1890
R_work r_work	0.1860
R_free r_free	0.2450

Crystal structure of pyridoxal phosphate biosynthetic protein from Burkholderia pseudomallei

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Pyridoxine 5'-phosphate synthase ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3gk0__assembly_2__model_1

3gk0__assembly_2__model_1 | I(q)

3gk0__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of pyridoxal phosphate biosynthetic protein from Burkholderia pseudomallei

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Pyridoxine 5'-phosphate synthase ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3gk0__assembly_2__model_1

3gk0__assembly_2__model_1 | I(q)

3gk0__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)