Helicobacter pylori
| Assembly | 物理组成 | 蛋白状态 | 分子拷贝数 | 共同组分 | 数据核对 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白–DNA | 同源多聚体 | 蛋白 2 DNA 2 | 5'-(*DCP*DTP*DCP*DGP*DAP*DCP*DGP*DTP*DAP*DGP*DA)-3' × 1 5'-(*DTP*DAP*DCP*DGP*DTP*DCP*DGP*DAP*DGP*DTP*DC)-3' × 1 ZINC ION × 4 SODIUM ION × 3 PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 water × 4 | 与全部聚合物一致 |
| UniProt名称 | Q9ZL26_HELPJ |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 11–200； UniProt 1–190 作者链 B； PDB构建体 11–200； UniProt 1–190 |
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| 条目编号 entry_id | 3gox |
| 沉积日期 deposition_date | 2009-03-20 |
| 结构标题 title | Crystal structure of the beta-beta-alpha-Me type II restriction endonuclease Hpy99I in the absence of EDTA |
| 关键词 keywords | ENDONUCLEASE-DNA COMPLEX, RESTRICTION ENZYME, HPY99I, PSEUDOPALINDROME, HYDROLASE-DNA COMPLEX; HYDROLASE/DNA |
| 实验方法 method | X-RAY DIFFRACTION |
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Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)
| Rg（Guinier） | 23.63 Å |
| Rg（电子密度） | 24.10 Å |
| 总 Rg | 24.69 Å |
| 原子数 | 3410 |
| 残基数 | 398 |
| 排除体积 | 59764 ų |
| 最大 q | 0.500 Å⁻¹ |
| 结构域编号 domain_id | 3goxA01 |
| 类 Class class | 2 — Mainly Beta |
| 架构 Architecture architecture | 30 — Roll |
| 拓扑 Topology topology | 30 — SH3 type barrels. |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 140 — |
| 结构域编号 domain_id | 3goxA02 |
| 类 Class class | 3 — Alpha Beta |
| 架构 Architecture architecture | 30 — 2-Layer Sandwich |
| 拓扑 Topology topology | 60 — Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 130 — |
| 结构域编号 domain_id | 3goxA03 |
| 类 Class class | 3 — Alpha Beta |
| 架构 Architecture architecture | 40 — 3-Layer(aba) Sandwich |
| 拓扑 Topology topology | 1800 — His-Me finger endonuclease fold |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 10 — His-Me finger endonucleases |
| 结构域编号 domain_id | 3goxB01 |
| 类 Class class | 2 — Mainly Beta |
| 架构 Architecture architecture | 30 — Roll |
| 拓扑 Topology topology | 30 — SH3 type barrels. |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 140 — |
| 结构域编号 domain_id | 3goxB02 |
| 类 Class class | 3 — Alpha Beta |
| 架构 Architecture architecture | 30 — 2-Layer Sandwich |
| 拓扑 Topology topology | 60 — Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 130 — |
| 结构域编号 domain_id | 3goxB03 |
| 类 Class class | 3 — Alpha Beta |
| 架构 Architecture architecture | 40 — 3-Layer(aba) Sandwich |
| 拓扑 Topology topology | 1800 — His-Me finger endonuclease fold |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 10 — His-Me finger endonucleases |