3gsd

2.05 Angstrom structure of a divalent-cation tolerance protein (CutA) from Yersinia pestis

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Divalent-cation tolerance protein cutA

Yersinia pestis CO92

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	SODIUM ION × 6 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 3 1,2-ETHANEDIOL × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	SODIUM ION × 6 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 3 1,2-ETHANEDIOL × 1 water × 3	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	SODIUM ION × 5 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 3 1,2-ETHANEDIOL × 1 water × 3	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	SODIUM ION × 5 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 4 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CUTA_YERPE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–122； UniProt 1–119 作者链 B； PDB构建体 4–122； UniProt 1–119 作者链 C； PDB构建体 4–122； UniProt 1–119 作者链 D； PDB构建体 4–122； UniProt 1–119 作者链 E； PDB构建体 4–122； UniProt 1–119 作者链 F； PDB构建体 4–122； UniProt 1–119 作者链 G； PDB构建体 4–122； UniProt 1–119 作者链 H； PDB构建体 4–122； UniProt 1–119 作者链 I； PDB构建体 4–122； UniProt 1–119 作者链 J； PDB构建体 4–122； UniProt 1–119 作者链 K； PDB构建体 4–122； UniProt 1–119 作者链 L； PDB构建体 4–122； UniProt 1–119

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3gsd
沉积日期 deposition_date	2009-03-26
结构标题 title	2.05 Angstrom structure of a divalent-cation tolerance protein (CutA) from Yersinia pestis
关键词 keywords	;CutA, idp00456, divalent-cation tolerance protein, Metal-binding, Structural Genomics, Center for Structural Genomics of Infectious Diseases, CSGID, METAL BINDING PROTEIN ;; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3gsd__assembly_4__model_1

Assembly 4 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3gsd__assembly_4__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3gsd__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	19.95 Å
Rg（电子密度）	18.52 Å
总 Rg	19.50 Å
原子数	2576
残基数	315
排除体积	46403 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3gsd__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3gsd__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3gsd__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3gsd__assembly_4__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Divalent-cation tolerance protein cutA
分子量 formula_weight	13547.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	12069

SNAMSDSDAMTDPNAVSYSNAIVVLCTAPDEASAQNLAAQVLGEKLAACVTLLPGATSLYYWEGKLEQEYEVQLLFKSNTDHQQALLTYIKQHHPYQTPELLVLPVRDGDKDYLSWLNASLL

来源 Source

来源生物 organism	Yersinia pestis CO92
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	214092
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	22

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	13

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1187

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d3gsda_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.5 — GlnB-like
家族 Family family	d.58.5.2 — Divalent ion tolerance proteins CutA (CutA1)

结构域编号 domain_id	d3gsdb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.5 — GlnB-like
家族 Family family	d.58.5.2 — Divalent ion tolerance proteins CutA (CutA1)

结构域编号 domain_id	d3gsdc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.5 — GlnB-like
家族 Family family	d.58.5.2 — Divalent ion tolerance proteins CutA (CutA1)

结构域编号 domain_id	d3gsdd_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.5 — GlnB-like
家族 Family family	d.58.5.2 — Divalent ion tolerance proteins CutA (CutA1)

结构域编号 domain_id	d3gsde_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.5 — GlnB-like
家族 Family family	d.58.5.2 — Divalent ion tolerance proteins CutA (CutA1)

结构域编号 domain_id	d3gsdf_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.5 — GlnB-like
家族 Family family	d.58.5.2 — Divalent ion tolerance proteins CutA (CutA1)

结构域编号 domain_id	d3gsdg_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.5 — GlnB-like
家族 Family family	d.58.5.2 — Divalent ion tolerance proteins CutA (CutA1)

结构域编号 domain_id	d3gsdh_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.5 — GlnB-like
家族 Family family	d.58.5.2 — Divalent ion tolerance proteins CutA (CutA1)

结构域编号 domain_id	d3gsdi_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.5 — GlnB-like
家族 Family family	d.58.5.2 — Divalent ion tolerance proteins CutA (CutA1)

结构域编号 domain_id	d3gsdj_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.5 — GlnB-like
家族 Family family	d.58.5.2 — Divalent ion tolerance proteins CutA (CutA1)

结构域编号 domain_id	d3gsdk_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.5 — GlnB-like
家族 Family family	d.58.5.2 — Divalent ion tolerance proteins CutA (CutA1)

结构域编号 domain_id	d3gsdl_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.5 — GlnB-like
家族 Family family	d.58.5.2 — Divalent ion tolerance proteins CutA (CutA1)

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	3gsdA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	3gsdB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	3gsdC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	3gsdD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	3gsdE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	3gsdF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	3gsdG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	3gsdH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	3gsdI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	3gsdJ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	3gsdK00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	3gsdL00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

▶

晶胞边长 a length_a	140.782 Å
晶胞边长 b length_b	157.914 Å
晶胞边长 c length_c	157.132 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	96

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.050 Å
最低分辨率 resolution_low	29.590 Å
R 因子 r_factor	0.1587
R_work r_work	0.1565
R_free r_free	0.2004

2.05 Angstrom structure of a divalent-cation tolerance protein (CutA) from Yersinia pestis

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Divalent-cation tolerance protein cutA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3gsd__assembly_4__model_1

3gsd__assembly_4__model_1 | I(q)

3gsd__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

2.05 Angstrom structure of a divalent-cation tolerance protein (CutA) from Yersinia pestis

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Divalent-cation tolerance protein cutA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3gsd__assembly_4__model_1

3gsd__assembly_4__model_1 | I(q)

3gsd__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)